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- PDB-5oma: CH3 chimera of human 14-3-3 sigma with the StARD1 peptide includi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oma
タイトルCH3 chimera of human 14-3-3 sigma with the StARD1 peptide including Ser57
要素
  • 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
  • Undetermined peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 proteins / Protein chimera / phosphopeptide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of bile acid biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division ...positive regulation of bile acid biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / Mitochondrial protein degradation / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / cholesterol metabolic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / mitochondrial intermembrane space / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Steroidogenic acute regulatory protein / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / START-like domain superfamily / 14-3-3 protein sigma ...Steroidogenic acute regulatory protein / Steroidogenic acute regulatory protein-like / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / START-like domain superfamily / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 14-3-3 protein sigma / Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 ロシア, 英国, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation17-74-10053 ロシア
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust101528 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Chimeric 14-3-3 proteins for unraveling interactions with intrinsically disordered partners.
著者: Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
B: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
C: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
D: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
H: Undetermined peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0128
ポリマ－111,6995
非ポリマー3133
水181
1
A: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
C: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
H: Undetermined peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1244
ポリマ－56,0293
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
D: 14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8894
ポリマ－55,6702
非ポリマー2182
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.251, 123.251, 162.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDH

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma,Steroidogenic acute regulatory protein, mitochondrial / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin / StAR / START domain-containing protein 1 / StARD1


分子量: 27835.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 75-77 were replaced by alanines to reduce surface entropy and improve crystallization
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1, STAR, STARD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947, UniProt: P49675
#2: タンパク質・ペプチド Undetermined peptide


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Used to model a piece of the disordered peptide fused to the 14-3-3 protein core, of undetermined sequence. Most likely correspond to a continuation of chain D'.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 4分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.89→47 Å / Num. obs: 12047 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.71 % / Biso Wilson estimate: 136.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 6.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.89-4.1312.6582.8850.9718700.2143.00699.2
4.13-4.4113.0752.0831.4817940.4332.16899.9
4.41-4.7612.5271.2272.4416630.7621.28100
4.76-5.2113.4050.9413.2315330.8310.979100
5.21-5.8112.9650.8343.4714250.8690.86999.9
5.81-6.712.6570.4825.7312470.9580.50399.9
6.7-8.1712.8570.20911.9910860.9920.21899.9
8.17-11.3911.8690.06428.618760.9990.067100
11.39-4710.8370.05734.845530.9980.0697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LU1 (monomer)

5lu1


解像度: 3.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.751
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 951 7.96 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 11940 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 198.79 Å2 / Biso min: 86.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.9644 Å20 Å20 Å2
2--15.9644 Å20 Å2
3----31.9289 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7268 0 18 1 7287
Biso mean--194.97 119.76 -
残基数----924
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2693SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes219HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1050HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7383HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion952SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8242SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7383HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9939HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.13
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3041 236 8.46 %
Rwork0.2639 2552 -
all0.2672 2788 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3315-1.5594-3.75934.87911.25335.0586-0.2284-0.3149-0.6308-0.32410.01280.20080.43290.59860.2156-0.19950.2030.1140.01320.231-0.1407-26.0815-11.7876-21.6359
211.18515.8208-1.595915.28750.11592.1468-0.0123-0.65570.27330.35760.2767-0.5646-0.6620.3725-0.26440.38270.11520.304-0.1104-0.03750.4593-25.387328.4016-21.6784
33.46740.43140.43364.0461-1.81763.46370.23810.18140.15870.4511-0.08440.5519-0.4584-0.4811-0.15380.08760.07930.0118-0.2798-0.04270.1739-52.2355-8.28025.5157
43.5063-0.7438-0.04336.8191-1.70753.21570.2996-0.4516-0.65030.4617-0.06140.56450.3002-0.3084-0.2382-0.0961-0.1686-0.2898-0.2080.25190.2918-53.1374-45.379623.7714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|235 }A1 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|2 - C|231 }C2 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|0 - B|236 }B0 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|231 }D2 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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