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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oma | ||||||||||||
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タイトル | CH3 chimera of human 14-3-3 sigma with the StARD1 peptide including Ser57 | ||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 proteins / Protein chimera / phosphopeptide-binding | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of bile acid biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division ...positive regulation of bile acid biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / regulation of steroid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / glucocorticoid metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / Mitochondrial protein degradation / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / cholesterol metabolic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / mitochondrial intermembrane space / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chimeric 14-3-3 proteins for unraveling interactions with intrinsically disordered partners. 著者: Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 313.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDH
#1: タンパク質 | 分子量: 27835.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: residues 75-77 were replaced by alanines to reduce surface entropy and improve crystallization 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Used to model a piece of the disordered peptide fused to the 14-3-3 protein core, of undetermined sequence. Most likely correspond to a continuation of chain D'. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 4分子 ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-TRS / |
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#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M bis-Trispropane pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.89→47 Å / Num. obs: 12047 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.71 % / Biso Wilson estimate: 136.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 6.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LU1 (monomer) 解像度: 3.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.751
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原子変位パラメータ | Biso max: 300 Å2 / Biso mean: 198.79 Å2 / Biso min: 86.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.59 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.9→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.9→4.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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