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- PDB-5om2: Crystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant DBS-I1: a dr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5om2
タイトルCrystal structure of Alpha1-antichymotrypsin variant DBS-I1: a drug-binding serpin for doxycycline
要素(Alpha-1-antichymotrypsin) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Serpin / alpha1-Antichymotrypsin / protein design / Doxycycline-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of lipid metabolic process / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / blood microparticle ...maintenance of gastrointestinal epithelium / regulation of lipid metabolic process / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / blood microparticle / inflammatory response / Neutrophil degranulation / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXT / Alpha-1-antichymotrypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Schmidt, K. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK-1962 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Design of an allosterically modulated doxycycline and doxorubicin drug-binding protein.
著者: Schmidt, K. / Gardill, B.R. / Kern, A. / Kirchweger, P. / Borsch, M. / Muller, Y.A.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-antichymotrypsin
B: Alpha-1-antichymotrypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1214
ポリマ－46,6152
非ポリマー5072
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.917, 84.917, 98.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

HOH

21A-891-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3


分子量: 41870.371 Da / 分子数: 1
変異: L24R W194F W215Y E242Q K244N L269S P270Q K274A W276F R277F V355L K356E I357V T358L L359F L360Q S361G A362P P382D T383H D384F Q386W N387S
由来タイプ: 組換発現
詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-1-antichymotrypsin / ACT / Cell growth-inhibiting gene 24/25 protein / Serpin A3


分子量: 4744.624 Da / 分子数: 1
変異: L24R W194F W215Y E242Q K244N L269S P270Q K274A W276F R277F V355L K356E I357V T358L L359F L360Q S361G A362P P382D T383H D384F Q386W N387S
由来タイプ: 組換発現
詳細: all residues that are present in the sample sequence but not in the PDB file could not be modelled due to missing electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA3, AACT, GIG24, GIG25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P01011
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DXT / (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE / DOXYTETRACYCLINE / DOXYCYCLINE / ドキシサイクリン


分子量: 444.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→42.5 Å / Num. obs: 69528 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.47→1.56 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10730 / CC1/2: 0.726 / Rrim(I) all: 0.992 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→40.892 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 3474 5 %
Rwork0.1726 --
obs0.1741 69473 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→40.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 36 365 3343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0634238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5661160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.25489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4698-1.490.25841230.28412348X-RAY DIFFRACTION89
1.49-1.51120.30921330.28512527X-RAY DIFFRACTION96
1.5112-1.53380.29591370.26182601X-RAY DIFFRACTION99
1.5338-1.55780.27571370.24082610X-RAY DIFFRACTION99
1.5578-1.58330.23911400.23592647X-RAY DIFFRACTION99
1.5833-1.61060.24531370.22842601X-RAY DIFFRACTION99
1.6106-1.63990.26721370.2212600X-RAY DIFFRACTION99
1.6399-1.67140.27731390.21882645X-RAY DIFFRACTION99
1.6714-1.70560.23031380.21452617X-RAY DIFFRACTION100
1.7056-1.74260.26841380.20582640X-RAY DIFFRACTION100
1.7426-1.78320.23971400.20242651X-RAY DIFFRACTION100
1.7832-1.82780.21861380.2072620X-RAY DIFFRACTION100
1.8278-1.87720.20351390.19412640X-RAY DIFFRACTION100
1.8772-1.93240.22381410.19932688X-RAY DIFFRACTION100
1.9324-1.99480.24471390.18512625X-RAY DIFFRACTION100
1.9948-2.06610.21241400.1812662X-RAY DIFFRACTION100
2.0661-2.14880.19791390.1752651X-RAY DIFFRACTION100
2.1488-2.24660.20971410.17032682X-RAY DIFFRACTION100
2.2466-2.3650.19491410.15942671X-RAY DIFFRACTION100
2.365-2.51320.19211400.15552659X-RAY DIFFRACTION100
2.5132-2.70720.17781410.16192687X-RAY DIFFRACTION100
2.7072-2.97960.17761420.16322685X-RAY DIFFRACTION100
2.9796-3.41050.1821430.15342732X-RAY DIFFRACTION100
3.4105-4.29620.16471440.14322721X-RAY DIFFRACTION100
4.2962-40.90790.19661470.15572789X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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