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- PDB-5ols: Rhamnogalacturonan lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ols
タイトルRhamnogalacturonan lyase
要素Rhamnogalacturonan lyase
キーワードLYASE / Pectin / PL9 / polysaccharide lyase family 9 / Rhamnogalacturonan lyase / endo-acting enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / alpha-galactosidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4990 / Rhamnogalacturonan lyase BT_4170-like, C-terminal / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF4990 domain-containing protein / Pectate lyase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Basle, A. / Luis, A.S. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Dietary pectic glycans are degraded by coordinated enzyme pathways in human colonic Bacteroides.
著者: Luis, A.S. / Briggs, J. / Zhang, X. / Farnell, B. / Ndeh, D. / Labourel, A. / Basle, A. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Lowe, E.C. / McLean, R. / Shearer, K. / Schuckel, J. / ...著者: Luis, A.S. / Briggs, J. / Zhang, X. / Farnell, B. / Ndeh, D. / Labourel, A. / Basle, A. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Lowe, E.C. / McLean, R. / Shearer, K. / Schuckel, J. / Venditto, I. / Ralet, M.C. / Henrissat, B. / Martens, E.C. / Mosimann, S.C. / Abbott, D.W. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0455
ポリマ－56,9801
非ポリマー1,0654
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.420, 76.600, 122.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonan lyase


分子量: 56980.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2534_01516 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A139KMS2, UniProt: Q8A051*PLUS
#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 486.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DGalpAa1-2LRhapa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2211m-1a_1-5][a2112A-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-beta-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D- ...4-deoxy-beta-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 498.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112A-1b_1-5][a2211m-1a_1-5][a21eEA-1b_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpA]{[(4+1)][b-L-Rhap]{[(2+1)][a-D-4-deoxy-GlcpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 34.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM potassium chloride and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.7 Å / Num. obs: 22486 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1650 / CC1/2: 0.553 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OLQ

5olq


解像度: 2.2→61.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 25.522 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27105 1182 5.3 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.23506 21253 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å2-0 Å20 Å2
2--2.03 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→61.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3257 0 69 3 3329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9624621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9336917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3115424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.58124.938162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22815523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3662.1171699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3652.1171698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6263.1752122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6263.1752123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4072.2171704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4072.2181705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6063.3232500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.00125.1773579
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.00125.1873580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 91 -
Rwork0.385 1553 -
obs--99.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.586 Å / Origin y: 21.187 Å / Origin z: -25.988 Å
111213212223313233
T0.3246 Å2-0.0058 Å20.038 Å2-0.2514 Å20.0923 Å2--0.0872 Å2
L2.8231 °2-0.2399 °22.462 °2-6.3957 °2-0.102 °2--3.7563 °2
S-0.1122 Å °0.7357 Å °0.0851 Å °0.3685 Å °0.3316 Å °0.3886 Å °-0.0049 Å °0.4126 Å °-0.2194 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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