PDB-3d1c: Crystal structure of Flavin-containing Putative Monooxygenase (NP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d1c

タイトル

Crystal structure of Flavin-containing Putative Monooxygenase (NP_373108.1) from STAPHYLOCOCCUS AUREUS MU50 at 2.40 A resolution

要素

Flavin-containing Putative Monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NP_373108.1 / Flavin-containing Putative Monooxygenase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a Baeyer-Villiger flavin-containing monooxygenase from Staphylococcus aureus MRSA strain MU50.
著者: Hwang, W.C. / Xu, Q. / Wu, B. / Godzik, A.

履歴

登録	2008年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.6	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d1c.cif.gz	85.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d1c.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d1c_validation.pdf.gz	697.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d1c_full_validation.pdf.gz	702.3 KB	表示
XML形式データ	3d1c_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	3d1c_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/3d1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/3d1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3r8e-1 4yu6-2 5tet-d 6v65-1 4yu5-1 4xvm-d 5z08-d 7bdv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 382610

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flavin-containing Putative Monooxygenase

ヘテロ分子

42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavin-containing Putative Monooxygenase

ヘテロ分子

A: Flavin-containing Putative Monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.247, 109.247, 87.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-372- SO4

詳細

AUTHOR STATE THAT ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Flavin-containing Putative Monooxygenase 分子量: 41640.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: NP_373108.1, SAV2584 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q99R54, UniProt: A0A0H3JN45*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.6000M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97920,0.91837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.91837	1

反射

解像度: 2.4→28.892 Å / Num. obs: 21169 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.4-2.46	4.9	0.682	1.1	7338	1512	0.682	100
2.46-2.53	4.8	0.575	1.3	7299	1507	0.575	100
2.53-2.6	4.8	0.481	1.6	7011	1446	0.481	100
2.6-2.68	4.9	0.393	2	6935	1429	0.393	100
2.68-2.77	4.8	0.311	2.4	6628	1370	0.311	100
2.77-2.87	4.8	0.256	3	6495	1342	0.256	100
2.87-2.98	4.8	0.211	3.6	6233	1291	0.211	100
2.98-3.1	4.8	0.159	4.7	5992	1242	0.159	100
3.1-3.24	4.8	0.128	5.8	5697	1184	0.128	100
3.24-3.39	4.8	0.095	7.7	5521	1146	0.095	100
3.39-3.58	4.8	0.078	9	5254	1097	0.078	100
3.58-3.79	4.7	0.072	9.1	4944	1042	0.072	100
3.79-4.06	4.7	0.068	9.5	4663	982	0.068	100
4.06-4.38	4.7	0.062	10.2	4337	918	0.062	100
4.38-4.8	4.7	0.051	12	4024	852	0.051	100
4.8-5.37	4.7	0.046	13.8	3614	769	0.046	100
5.37-6.2	4.6	0.05	13.7	3192	693	0.05	100
6.2-7.59	4.5	0.053	12.3	2678	590	0.053	99.9
7.59-10.73	4.4	0.04	16.3	2097	482	0.04	99.9
10.73-28.89	3.9	0.038	16.6	1076	275	0.038	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→28.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 12.376 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.212
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1087	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	21137	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2773	0	84	115	2972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.957	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.82	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.267	24.741	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.121	15	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.972	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.147	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.236	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.085	3	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.421	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.351	5	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.959	8	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.369	11	1121

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	88	-
R_work	0.252	1420	-
all	-	1508	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.2065 Å / Origin y: 28.2679 Å / Origin z: 25.7464 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.085 Å²	-0.0025 Å²	0.0022 Å²	-	-0.1121 Å²	0.0053 Å²	-	-	-0.0777 Å²
L	0.7248 °²	0.4477 °²	-0.2669 °²	-	2.6499 °²	0.1441 °²	-	-	1.1768 °²
S	0.002 Å °	0.1261 Å °	0.0451 Å °	-0.2706 Å °	0.0548 Å °	0.0213 Å °	0.0216 Å °	-0.1469 Å °	-0.0568 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 368	2 - 369
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	F	500	1

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