PDB-3r8e: Crystal structure of a putative sugar kinase (CHU_1875) from Cyto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r8e

タイトル

Crystal structure of a putative sugar kinase (CHU_1875) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.65 A resolution

要素

Hypothetical sugar kinase

キーワード

TRANSFERASE / Ribonuclease H-like motif / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-biology

機能・相同性

機能・相同性情報

glucokinase / glucokinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical sugar kinase (CHU_1875) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2011年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年12月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r8e.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r8e.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/3r8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wtd-d 3d1c-1 6rto-d 6q26-2 6uj6-d 6rtm-d 6fmu-d 4x1b-d 2v6o-d 6rtj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 394547

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical sugar kinase

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical sugar kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.827, 78.359, 65.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-423- HOH

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Hypothetical sugar kinase 分子量: 35326.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア) 株: ATCC 33406 / 遺伝子: glk, CHU_1875 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q11TX3, UniProt: A0A6N4SS40*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.03 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% polyethylene glycol 3350, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97919

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→29.89 Å / Num. all: 45238 / Num. obs: 45238 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.111 / R_sym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 4.691 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 219449

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.65-1.69	4.6	0.85	0.754	1	14552	3175	0.387	0.85	0.754	1.9	96.3
1.69-1.74	4.9	0.736	0.658	1.2	15825	3247	0.324	0.736	0.658	2.2	100
1.74-1.79	4.9	0.576	0.515	1.5	15178	3109	0.255	0.576	0.515	2.7	100
1.79-1.84	4.9	0.462	0.412	1.9	14888	3051	0.205	0.462	0.412	3.2	100
1.84-1.91	4.9	0.378	0.337	2.2	14487	2958	0.168	0.378	0.337	3.9	100
1.91-1.97	4.9	0.305	0.272	2.8	14021	2871	0.136	0.305	0.272	4.7	100
1.97-2.05	4.9	0.238	0.212	3.5	13712	2789	0.106	0.238	0.212	5.8	100
2.05-2.13	4.9	0.207	0.184	3.9	13050	2661	0.093	0.207	0.184	6.7	100
2.13-2.22	4.9	0.173	0.154	4.3	12592	2558	0.078	0.173	0.154	7.7	100
2.22-2.33	4.9	0.151	0.134	5.1	12075	2457	0.068	0.151	0.134	8.6	100
2.33-2.46	4.9	0.134	0.119	5.7	11480	2341	0.061	0.134	0.119	9.7	100
2.46-2.61	4.9	0.122	0.108	6	10929	2222	0.055	0.122	0.108	10.4	100
2.61-2.79	4.9	0.115	0.102	6.4	10220	2098	0.052	0.115	0.102	11.5	100
2.79-3.01	4.9	0.11	0.098	6.6	9630	1960	0.05	0.11	0.098	12.9	100
3.01-3.3	4.9	0.09	0.08	7.9	8805	1802	0.041	0.09	0.08	14.4	100
3.3-3.69	4.9	0.079	0.07	9	8006	1649	0.036	0.079	0.07	16.5	100
3.69-4.26	4.8	0.077	0.068	9.2	7085	1468	0.035	0.077	0.068	17.5	100
4.26-5.22	4.7	0.072	0.064	9.9	5945	1252	0.032	0.072	0.064	18.6	100
5.22-7.38	4.6	0.085	0.076	8.5	4634	1000	0.039	0.085	0.076	17	100
7.38-29.891	4.1	0.076	0.066	10.2	2335	570	0.036	0.076	0.066	17.5	97

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SOLVE		位相決定
SCALA	3.3.15	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.8.0	精密化
Xpleo	0.9.0.2	モデル構築
MOSFLM		データ削減
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9335 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2346	2280	5.05 %	RANDOM
R_work	0.2137	-	-	-
obs	0.2147	45182	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.57 Å² / B_iso mean: 34.6557 Å² / B_iso min: 9.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1394 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.4807 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.6201 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2249	0	0	207	2456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1279	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	415	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2764	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	373	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3528	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2764	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3765	HARMONIC	2	1.02
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.95
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.92

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	149	4.71 %
R_work	0.2276	3017	-
all	0.2277	3166	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.9712 Å / Origin y: 10.8044 Å / Origin z: 18.6762 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1434 Å²	-0.0088 Å²	0.0478 Å²	-	-0.1438 Å²	-0.0192 Å²	-	-	-0.0075 Å²
L	1.161 °²	-0.0768 °²	0.1264 °²	-	2.0945 °²	0.1565 °²	-	-	0.3884 °²
S	0.0603 Å °	0.0992 Å °	0.1776 Å °	-0.0908 Å °	0.0627 Å °	-0.4793 Å °	-0.0461 Å °	0.0774 Å °	-0.123 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|0 - A|300 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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