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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v65 | ||||||
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Title | Crystal structure of KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | ONCOPROTEIN / Neurofibromin / RAS / Legius syndrome / RasGAP / GAP / SPRED / K-Ras / EVH1 / GRD | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration ...regulation of protein deacetylation / negative regulation of lens fiber cell differentiation / stem cell factor receptor binding / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / negative regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of cell-matrix adhesion / forebrain morphogenesis / negative regulation of neurotransmitter secretion / hair follicle maturation / cell communication / regulation of blood vessel endothelial cell migration / smooth muscle tissue development / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / myelination in peripheral nervous system / myeloid leukocyte migration / phosphatidylcholine binding / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / phosphatidylethanolamine binding / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of Ras protein signal transduction / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / artery morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of neuroblast proliferation / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of MAPK cascade / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / pigmentation / regulation of GTPase activity / spinal cord development / Rac protein signal transduction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / regulation of MAPK cascade / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of astrocyte differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SHC1 events in ERBB4 signaling / neuroblast proliferation / Signalling to RAS / phosphatase binding / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / regulation of angiogenesis / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, W. / Simanshu, D.K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into the SPRED1-Neurofibromin-KRAS Complex and Disruption of SPRED1-Neurofibromin Interaction by Oncogenic EGFR. Authors: Yan, W. / Markegard, E. / Dharmaiah, S. / Urisman, A. / Drew, M. / Esposito, D. / Scheffzek, K. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 254.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 201.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6v6fC ![]() 3syxS ![]() 6ob2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 12853.724 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 37570.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 19328.811 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 5 types, 12 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-GNP / | #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 100 mM Tris pH7.8 100 mM ammonium sulfate 300 mM sodium formate 3% PEG3350, 3.5% PGA-LM 10% detergent ANAPOE-80 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.76→52.677 Å / Num. obs: 20234 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.346 % / Biso Wilson estimate: 75.724 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 87931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6OB2, 3SYX Resolution: 2.763→52.677 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 213.39 Å2 / Biso mean: 96.2587 Å2 / Biso min: 35.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.763→52.677 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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