PDB-5ohs: A GH31 family sulfoquinovosidase mutant D455N in complex with pNPSQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ohs

タイトル

A GH31 family sulfoquinovosidase mutant D455N in complex with pNPSQ

要素

Alpha-glucosidase yihQ

キーワード

HYDROLASE / sulfoglycosidase / sulfoglycolysis / complex / general acid-base varient

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-glucosidase / : / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium radiobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Jin, Y. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Insights into the Function and Evolution of Sulfoquinovosidases.
著者: Abayakoon, P. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / John, A. / Ryan, E. / Wai-Ying Mui, J. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / Davies, G.J. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ohs.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ohs.ent.gz	1.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ohs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ohs_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ohs_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	5ohs_validation.xml.gz	200.2 KB	表示
CIF形式データ	5ohs_validation.cif.gz	280.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ohtC 5ohyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aee-1 1ted-1 5aeg-1 4iru-2 2b7r-d 3n92-d 3e1h-d 1vkl-2 3zyz-d 1m64-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-glucosidase yihQ

B: Alpha-glucosidase yihQ

C: Alpha-glucosidase yihQ

D: Alpha-glucosidase yihQ

E: Alpha-glucosidase yihQ

F: Alpha-glucosidase yihQ

G: Alpha-glucosidase yihQ

H: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

608 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

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75.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

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75.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

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76.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

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75.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Alpha-glucosidase yihQ

ヘテロ分子

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75.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.200, 169.190, 169.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Alpha-glucosidase yihQ 分子量: 75231.438 Da / 分子数: 8 / 変異: E370A, E371A, D455N, / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: SY94_3281 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV2, alpha-glucosidase
#6: 糖	ChemComp-NSQ / 4-nitrophenyl alpha-D-6-sulfoquinovoside / 4-NITROPHENYL-ALPHA-D-SULFOQUINOVOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 365.313 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₁₀S

-
非ポリマー , 6種, 2211分子

#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock at 45 mg/mL in the buffer of 50 mM NaPO4 and 500 mM NaCl is mixed with the precipitant of 0.2 M KSCN, 21% PEG3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5, at a ratio of 1.2: 1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→75.77 Å / Num. obs: 411803 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0779 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 30415 / CC_1/2: 0.558 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo

解像度: 1.97→75.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2026	20006	4.9 %	RANDOM
R_work	0.181	391797	-	-
obs	0.182	411803	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.4 Å² / B_iso mean: 34.7035 Å² / B_iso min: 4.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→75.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41583	0	368	2168	44119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	43123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	38307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.937	58625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.798	3	88348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.399	5	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.813	23.155	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.038	15	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.044	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	48939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	9852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	1.605	21184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.038	1.604	21175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.629	2.4	26458

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	1330	-
R_work	0.331	29074	-
all	-	30404	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0979	0.0406	0.2232	1.4915	-0.3981	1.3714	0.021	-0.1765	-0.2031	0.1635	0.0418	0.0636	0.2001	-0.0072	-0.0629	0.0963	0.0009	0.0428	0.2101	0.055	0.2219	16.274	-14.072	47.48
2	0.6443	0.0396	0.0305	0.9135	-0.1166	0.5336	0.0045	-0.1534	-0.0464	0.1606	0.0065	0.0381	0.0815	0.0081	-0.0111	0.0874	0.008	0.0456	0.1711	0.0233	0.1978	12.682	-8.069	39.521
3	0.4894	-0.2051	-0.0787	0.6962	-0.0858	0.5088	-0.0076	-0.0308	0.0191	0.0548	0.0273	0.1191	-0.0514	-0.0186	-0.0197	0.0554	-0.004	0.0446	0.1485	0.0294	0.2865	-4.038	5.905	25.298
4	4.0079	1.9271	-0.6036	4.2826	-0.1263	2.3147	0.0009	0.2391	-0.0776	-0.4981	-0.0428	0.5209	0.2204	-0.1996	0.0419	0.1317	0.0072	-0.0421	0.1967	0	0.2703	-0.822	-8.326	2.809
5	11.3433	-4.9132	0.4855	8.4952	4.6877	7.4146	0.276	-0.0069	-0.691	0.2283	0.218	-0.1815	0.7864	0.2399	-0.4941	0.2503	0.0319	0.0425	0.0202	-0.0542	0.315	35.555	-109.128	41.435
6	0.7606	0.0173	0.1718	0.6023	0.1055	0.8396	0.0011	0.1812	-0.1657	-0.2132	-0.0029	-0.055	0.1179	-0.0064	0.0017	0.1165	-0.0112	0.0723	0.1562	-0.0415	0.2346	33.736	-87.883	42.245
7	0.6328	0.1466	-0.0105	0.7317	0.1328	0.6263	-0.0054	0.0256	-0.014	-0.0584	-0.0033	-0.1352	-0.0476	0.0309	0.0088	0.0552	-0.0066	0.0664	0.1577	-0.0119	0.2827	51.55	-73.809	58.684
8	5.7629	-2.0722	-1.2835	3.4848	0.5087	2.347	-0.0622	-0.4881	-0.2966	0.4126	-0.0291	-0.4766	0.2565	0.1506	0.0912	0.1464	-0.0446	-0.0131	0.212	0.0633	0.2886	48.757	-87.886	81.298
9	23.1949	-11.2674	-3.6488	22.3461	-0.2133	0.8159	0.2411	-0.5988	1.1312	0.5851	-0.1048	-0.9352	-0.1164	0.0828	-0.1362	0.4001	0.2066	-0.1806	0.655	-0.1516	0.1804	-51.357	-30.234	39.635
10	1.1996	-0.7616	-0.7033	1.1679	0.4028	0.8626	-0.1815	-0.336	0.2589	0.2844	0.319	-0.3063	0.1469	0.0264	-0.1375	0.1045	0.0796	-0.0851	0.1861	-0.1052	0.2029	-50.933	-38.059	17.847
11	0.7178	-0.6008	-0.3757	1.2096	0.3451	0.7434	-0.0397	-0.1596	0.3343	0.0318	0.2377	-0.5371	0.0211	0.1423	-0.198	0.0067	0.0228	-0.0073	0.1108	-0.1177	0.4154	-29.003	-48.745	2.765
12	11.4985	3.6705	-0.8284	1.7796	4.0004	30.3088	0.2023	0.3462	-0.6683	0.0655	0.1479	-0.3369	0.0566	0.3188	-0.3503	0.1351	0.0513	0.077	0.236	0.0252	0.7451	-6.316	-34.115	10.14
13	6.763	-1.5314	-2.2621	4.7221	1.9078	13.2192	-0.0393	0.3143	0.2094	-0.2405	0.1595	0.1355	-0.3151	-0.5921	-0.1202	0.2632	0.0147	-0.0994	0.2363	0.0501	0.1057	96.084	-110.211	47.958
14	0.724	0.1837	-0.2852	0.6171	-0.0569	0.5903	-0.0246	0.1529	0.0522	-0.1435	0.0568	0.0514	0.0014	0.0324	-0.0323	0.1146	-0.0357	-0.0069	0.1413	0.0101	0.1878	98.326	-118.071	67.578
15	0.6081	0.1077	-0.0594	1.0327	-0.0553	0.5839	0.0107	0.0134	0.0794	0.0147	0.0053	0.2891	0.0234	-0.0684	-0.016	0.0633	-0.0347	0.0367	0.1322	-0.0049	0.2865	77.271	-128.617	83.249
16	12.9322	-0.8561	-5.0793	5.3347	-3.8206	30.3303	0.2652	-0.2589	-0.144	0.026	0.0679	0.8133	-0.2769	-0.6542	-0.3331	0.0646	-0.0237	-0.0452	0.1963	0.0046	0.4659	54.658	-113.636	75.465
17	8.7342	-1.9732	1.9995	4.0114	-1.636	6.0809	-0.051	0.0882	-0.5693	0.0838	0.2175	0.3819	0.2648	-0.2769	-0.1666	0.1793	-0.0282	0.0585	0.1381	0.0038	0.2632	-88.829	-41.245	14.189
18	0.4711	-0.2029	-0.2054	0.6899	0.0032	0.6717	-0.0381	-0.0703	0.0127	0.0172	0.0513	0.0537	0.0479	0.0269	-0.0131	0.1127	0.0032	0.0003	0.1343	0.0026	0.179	-74.7	-30.593	4.482
19	0.5028	0.1142	-0.088	1.0696	0.0231	0.4937	0.0109	0.0813	0.0746	-0.2797	0.0231	0.088	-0.0402	-0.0051	-0.0339	0.1893	-0.0097	-0.0313	0.1212	0.0382	0.1489	-74.362	-16.164	-19.071
20	3.4411	-0.5446	0.014	3.4083	-0.1447	1.5938	-0.0176	0.3523	-0.4262	-0.5639	-0.0046	0.4546	0.0409	-0.2225	0.0222	0.3115	-0.0429	-0.167	0.1274	-0.052	0.1586	-87.306	-39.078	-33.296
21	10.4362	2.7263	-2.6925	2.7734	0.6272	9.9305	-0.1381	0.0892	-0.4736	-0.0894	0.0395	-0.4455	0.5306	0.3788	0.0987	0.1165	0.0564	0.0731	0.1011	-0.0052	0.331	139.401	-120.391	71.101
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25	8.5337	3.4209	2.6943	8.0217	-4.4216	8.5936	0.1969	-0.8103	-0.3389	1.1077	-0.5085	-0.168	-0.2877	0.4778	0.3116	0.283	0.0563	0.0144	0.4206	0.0243	0.1123	37.955	2.233	72.348
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28	4.4085	-3.0436	6.6726	25.2818	-16.6376	28.5558	-0.6511	0.0183	0.7378	-0.3562	0.6124	-0.4088	-1.485	0.3724	0.0388	0.2231	-0.1371	-0.0391	0.2709	-0.1563	0.3584	59.009	43.597	49.828
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30	0.7426	-0.1408	-0.0776	0.8697	0.183	0.6741	-0.0221	0.2081	-0.1703	-0.1895	0.0445	0.0384	0.1755	-0.0319	-0.0224	0.1223	-0.0439	0.0137	0.1891	-0.0132	0.1777	10.789	-78.158	32.845
31	0.517	-0.0173	-0.0577	0.7216	0.0181	0.763	-0.0223	0.041	-0.0453	-0.0011	0.0586	0.1452	0.0482	-0.0882	-0.0363	0.041	-0.0271	0.0131	0.1825	0.0547	0.2379	-6.484	-61.553	47.748
32	8.168	-0.4203	0.5449	10.4003	2.6333	15.7503	-0.1235	0.1722	0.4016	-0.1566	0.227	0.297	-0.4236	-0.4027	-0.1036	0.1677	0.0175	-0.0294	0.2453	0.1109	0.2282	-11.061	-39.417	30.967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 631
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	632 - 661
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	209 - 631
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	632 - 661
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 9
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	10 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	212 - 649
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	650 - 661
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	18 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	223 - 649
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	650 - 661
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 26
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	27 - 222
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	223 - 615
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	616 - 661
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 20
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	21 - 224
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	225 - 658
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	659 - 664
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	1 - 20
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	21 - 219
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	220 - 653
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	654 - 661
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	1 - 20
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	21 - 213
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	214 - 646
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	647 - 661

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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