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- PDB-5ohe: Globin sensor domain of AfGcHK (FeIII form) in complex with cyanide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ohe
タイトルGlobin sensor domain of AfGcHK (FeIII form) in complex with cyanide
要素Globin-coupled histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Heme / Sensor protein / Oxygen sensor / Globin sensor domain / globin domain / cyanide
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-histidine phosphorylation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / oxygen binding / heme binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protoglobin, globin sensor domain / : / Globin-sensor domain / Protoglobin / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...Protoglobin, globin sensor domain / : / Globin-sensor domain / Protoglobin / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Globin/Protoglobin / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Globin-like superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-coupled histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaeromyxobacter sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Skalova, T. / Kolenko, P. / Dohnalek, J. / Stranava, M. / Martinkova, M.
資金援助 チェコ, 5件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-19883S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.1.05/1.1.00/02.109 チェコ
Grant Agency of the Czech Technical UniversitySGS16/246/OHK4/3T/14 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015043 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Coordination and redox state-dependent structural changes of the heme-based oxygen sensor AfGcHK associated with intraprotein signal transduction.
著者: Stranava, M. / Man, P. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Blaha, J. / Fojtikova, V. / Martinek, V. / Dohnalek, J. / Lengalova, A. / Rosulek, M. / Shimizu, T. / Martinkova, M.
履歴
登録2017年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年1月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin-coupled histidine kinase
B: Globin-coupled histidine kinase
C: Globin-coupled histidine kinase
D: Globin-coupled histidine kinase
E: Globin-coupled histidine kinase
F: Globin-coupled histidine kinase
G: Globin-coupled histidine kinase
H: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,22027
ポリマ－146,9678
非ポリマー5,25319
水20,1231117
1
A: Globin-coupled histidine kinase
B: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Rg from SAXS: 22A, Rg from structure coordinates for dimer: 20A, gel filtration, - column - Superdex 200 - buffer 20mM Tris, 150mM NaCl, pH 8,0 - molecular mass in solution (by gel ...根拠: SAXS, Rg from SAXS: 22A, Rg from structure coordinates for dimer: 20A, gel filtration, - column - Superdex 200 - buffer 20mM Tris, 150mM NaCl, pH 8,0 - molecular mass in solution (by gel filtration) - 40000 Da (calibrated by ovalbumin - 43 kDa, bovie serum albumin - 66 kDa, aldolase - 158 kDa) - molecular mass according to aminoacid sequence - 18341 Da, equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation: buffer 20mM Tris, 150mM NaCl, pH 8,0 sw=3,090 and sw(20,w)=3.207 molecular mass in solution (by AUC) - 38999 Da molecular mass according to amino acid sequence - 18341 Da
  • 38.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0627
ポリマ－36,7422
非ポリマー1,3205
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
2
C: Globin-coupled histidine kinase
D: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0366
ポリマ－36,7422
非ポリマー1,2944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
3
E: Globin-coupled histidine kinase
F: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0597
ポリマ－36,7422
非ポリマー1,3175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
4
G: Globin-coupled histidine kinase
H: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0627
ポリマ－36,7422
非ポリマー1,3205
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.069, 78.069, 441.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Globin-coupled histidine kinase / AfGcHK / Heme-based oxygen-sensor histidine kinase


分子量: 18370.861 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaeromyxobacter sp. (strain Fw109-5) (バクテリア)
遺伝子: gchK, Anae109_2438 / プラスミド: pET21c(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A7HD43, histidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 1136分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: Crystal shape - red wedge block 300x80x80 um
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20.7% (w/v) PEG3350, 200 mM MgCl2, 0.01 M KCN, 7.5% (v/v) glycerol, 0.1 M MMT buffer system (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris, NaOH, HCl), pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.82 Å / Num. obs: 118539 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.157 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5739 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.517 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W31

2w31


解像度: 1.85→46.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / SU B: 2.986 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24133 5826 4.9 %Random selection
Rwork0.19242 ---
obs0.19438 118348 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→46.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9891 0 361 1117 11369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01910677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.98614559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.071322270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.09751237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.14521.218550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.262151662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3515140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6872.1814898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6842.1814896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5573.2636108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5573.2636109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1132.4465779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1122.4465777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3283.5678437
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.32426.82913750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.02525.93213149
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 425 4.9 %
Rwork0.285 8197 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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