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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oga | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of minimal i-motif domain | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / i-motif / DNA non-canonical structure / minor groove tetrad | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Mir, B. / Serrano, I. / Buitrago, D. / Orozco, M. / Escaja, N. / Gonzalez, C. | ![]() ![]() タイトル: Prevalent Sequences in the Human Genome Can Form Mini i-Motif Structures at Physiological pH. 著者: Mir, B. / Serrano, I. / Buitrago, D. / Orozco, M. / Escaja, N. / Gonzalez, C. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6275.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.5 mM LL3, 90% H2O/10% D2O / Label: LL3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.5 mM / 構成要素: LL3 / Isotopic labeling: none |
試料状態 | イオン強度: 10 mM NaPi mM / Label: LL3 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: null | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |