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- PDB-5oll: Crystal structure of gurmarin, a sweet taste suppressing polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oll
タイトルCrystal structure of gurmarin, a sweet taste suppressing polypeptide
要素Gurmarin
キーワードPLANT PROTEIN / Gurmarin / sweet / taste / knottin / GPCR / inhibitor
機能・相同性Gurmarin/antifungal peptide / NICKEL (II) ION / Gurmarin
機能・相同性情報
生物種Gymnema sylvestre (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sigoillot, M. / Neiers, F. / Legrand, P. / Roblin, P. / Briand, L.
引用ジャーナル: Chem. Senses / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of Gurmarin, a Sweet Taste-Suppressing Protein: Identification of the Amino Acid Residues Essential for Inhibition.
著者: Sigoillot, M. / Brockhoff, A. / Neiers, F. / Poirier, N. / Belloir, C. / Legrand, P. / Charron, C. / Roblin, P. / Meyerhof, W. / Briand, L.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gurmarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4154
ポリマ－4,2391
非ポリマー1763
水66737
1
A: Gurmarin
ヘテロ分子

A: Gurmarin
ヘテロ分子

A: Gurmarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,24512
ポリマ－12,7173
非ポリマー5289
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area6520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.650, 53.650, 38.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

NI

21A-103-

NI

31A-204-

HOH

41A-231-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Gurmarin / Sweet taste-suppressing peptide


分子量: 4238.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gymnema sylvestre (植物) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P25810
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM MES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 50 mM CdCl2, 50 mM NiCl2 and 12% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si crystal 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 39858 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 24.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 524 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.378 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 362 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 7238 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6515 Å20 Å20 Å2
2---0.6515 Å20 Å2
3---1.3029 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数293 0 3 37 333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01341HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13469HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d122SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes11HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes47HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it341HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion38SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact437SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.62 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 103 5.01 %
Rwork0.2301 1952 -
all0.2316 2055 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.0763 Å / Origin y: 10.6025 Å / Origin z: 15.9414 Å
111213212223313233
T0.0261 Å2-0.014 Å2-0.0812 Å2--0.0111 Å20.0491 Å2--0.0884 Å2
L2.9403 °21.7049 °2-0.7095 °2-4.6367 °21.08 °2--2.378 °2
S-0.205 Å °-0.0156 Å °0.4939 Å °-0.3065 Å °-0.0174 Å °-0.0786 Å °-0.1273 Å °-0.0444 Å °0.2224 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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