[日本語] English
万見
- PDB-5ofo: Cryo EM structure of the E. coli disaggregase ClpB (BAP form, DWB... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofo
タイトルCryo EM structure of the E. coli disaggregase ClpB (BAP form, DWB mutant), in the ATPgammaS state, bound to the model substrate casein
要素Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
キーワードCHAPERONE / disaggregase / ClpB / AAA
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / response to heat / protein refolding / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / proteolysis ...endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / response to heat / protein refolding / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain ...ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Deville, C. / Carroni, M. / Franke, K.B. / Topf, M. / Bukau, B. / Mogk, A. / Saibil, H.R.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Structural pathway of regulated substrate transfer and threading through an Hsp100 disaggregase.
著者: Célia Deville / Marta Carroni / Kamila B Franke / Maya Topf / Bernd Bukau / Axel Mogk / Helen R Saibil /
要旨: Refolding aggregated proteins is essential in combating cellular proteotoxic stress. Together with Hsp70, Hsp100 chaperones, including ClpB, form a powerful disaggregation machine that threads ...Refolding aggregated proteins is essential in combating cellular proteotoxic stress. Together with Hsp70, Hsp100 chaperones, including ClpB, form a powerful disaggregation machine that threads aggregated polypeptides through the central pore of tandem adenosine triphosphatase (ATPase) rings. To visualize protein disaggregation, we determined cryo-electron microscopy structures of inactive and substrate-bound ClpB in the presence of adenosine 5'--(3-thiotriphosphate), revealing closed AAA+ rings with a pronounced seam. In the substrate-free state, a marked gradient of resolution, likely corresponding to mobility, spans across the AAA+ rings with a dynamic hotspot at the seam. On the seam side, the coiled-coil regulatory domains are locked in a horizontal, inactive orientation. On the opposite side, the regulatory domains are accessible for Hsp70 binding, substrate targeting, and activation. In the presence of the model substrate casein, the polypeptide threads through the entire pore channel and increased nucleotide occupancy correlates with higher ATPase activity. Substrate-induced domain displacements indicate a pathway of regulated substrate transfer from Hsp70 to the ClpB pore, inside which a spiral of loops contacts the substrate. The seam pore loops undergo marked displacements, along with ordering of the regulatory domains. These asymmetric movements suggest a mechanism for ATPase activation and substrate threading during disaggregation.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3776
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
F: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
E: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
D: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
B: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
A: Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)589,48917
ポリマ－583,7336
非ポリマー5,75611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex stable by gel filtration and stable on EM grids
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47030 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area192730 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質
Chaperone protein ClpB,ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA,Chaperone protein ClpB / Heat shock protein F84.1


分子量: 97288.914 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
株: K12
遺伝子: clpB, htpM, b2592, JW2573, clpA, lopD, b0882, JW0866
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63284, UniProt: P0ABH9
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: ClpB, BAP form, double walker B mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.57 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mmol/LtrisTrisHCl1
225 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
310 mmol/Lmagnesium chlorideMgCl21
42 mmol/Ladenosine 5'-O-(3-thio)triphosphateATPgammaS1
51 mmol/LdithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Agar lacey carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 50

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正for CTF estimation
7iMODFITモデルフィッティング
8Flex-EMモデルフィッティング
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 500000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Local correlation coefficient
詳細: Initial models of the monomer were generated using MODELLER v9.17 with previously determined crystal structures of ClpB or ClpB domains as templates (PDB ids 4CIU, 1QVR, 4HSE and 4LJ9). The ...詳細: Initial models of the monomer were generated using MODELLER v9.17 with previously determined crystal structures of ClpB or ClpB domains as templates (PDB ids 4CIU, 1QVR, 4HSE and 4LJ9). The crystal structure of E. coli ClpB (4CIU) was used as a main template, the crystal structure of T. thermophilus (1QVR) was used to model positions of the NTD and the crystal structures of AAA1 and AAA2 of E. coli ClpB (4HSE and 4LJ9) were used to model the pore loops disordered in other crystal structures. Initial rigid body fitting of the monomers in the map was manually done in Chimera using the Fit-in-Map tool. iMODFIT was used for fitting involving large domain motions. FlexEM was then used for refinement of secondary structures and loops in the map. Quality and improvement of the fit was assessed with TEMPy using the Segment based Manders Overlap Coefficient (SMOC) scores and segment based cross correlation scores. Ridig body fitting of ATPgammaS (structure extracted from PDB id 3EIH) into the nucleotide biding sides was manually done in Chimera using the Fit-in-Map tool. The target map for fitting of ATPgammaS was the difference map between experimental map and map generated using the nucleotide-free protein model revealing nucleotide densities. A round of real-space refinement was performed in phenix using energy minimization to fix the model's geometry and clashes.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00833963
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.11245806
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.98521099
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0585160
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0085999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る