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- PDB-5oen: Crystal Structure of STAT2 in complex with IRF9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oen
タイトルCrystal Structure of STAT2 in complex with IRF9
要素
  • Interferon regulatory factor 9
  • Signal transducer and activator of transcription
キーワードTRANSCRIPTION / STAT2 / IRF9
機能・相同性
機能・相同性情報


Interferon alpha/beta signaling / immune system process / cytokine-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction ...Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription / Interferon regulatory factor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.919 Å
データ登録者Rengachari, S. / Panne, D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of STAT2 recognition by IRF9 reveals molecular insights into ISGF3 function.
著者: Rengachari, S. / Groiss, S. / Devos, J.M. / Caron, E. / Grandvaux, N. / Panne, D.
履歴
登録2017年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 9
B: Signal transducer and activator of transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3392
ポリマ－39,3392
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.602, 124.037, 51.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 9 / IRF-9 / IFN-alpha-responsive transcription factor subunit / ISGF3 p48 subunit / Interferon- ...IRF-9 / IFN-alpha-responsive transcription factor subunit / ISGF3 p48 subunit / Interferon-stimulated gene factor 3 gamma / ISGF-3 gamma / Transcriptional regulator ISGF3 subunit gamma


分子量: 19100.721 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 206-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irf9, Isgf3g
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q61179
#2: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription


分子量: 20238.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stat2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q3UDU1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium formate and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.919→39.389 Å / Num. obs: 7970 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.919→2.93 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BF5

1bf5


解像度: 2.919→32.12 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 761 10.19 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.26 7469 88.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.919→32.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 0 19 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4633725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.021689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9003-3.1240.37551240.29821123X-RAY DIFFRACTION74
3.124-3.43810.33431610.28471268X-RAY DIFFRACTION85
3.4381-3.93480.33671400.26211408X-RAY DIFFRACTION93
3.9348-4.95450.27571870.22791437X-RAY DIFFRACTION96
4.9545-32.11790.28351490.24681472X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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