PDB-2q5w: The X-ray Crystal Structure of Molybdopterin Synthase from Staphy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q5w

タイトル

The X-ray Crystal Structure of Molybdopterin Synthase from Staphylococcus aureus

要素

Molybdopterin converting factor, subunit 1
Molybdopterin-converting factor subunit 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

MOLYBDOPTERIN (モリブドプテリン) / MOCO /

MPT SYNTHASE /

MOAD / MOAE / MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS / beta-Grasp (ubiquitin-like) / alpha beta hammerhead fold

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin synthase /

molybdopterin synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process /

nucleotide binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Daniels, J.N. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a molybdopterin synthase-precursor Z complex: insight into its sulfur transfer mechanism and its role in molybdenum cofactor deficiency.
著者: Daniels, J.N. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H.

履歴

登録	2007年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

helix determination method: author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q5w.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q5w.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qieC 3biiC 1fm0S 1fma 1nvi 1nvj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yti-d 2qie-1 1yis-d 4hzd-d 5oen-d 5ljx-d 2ho7-d 3b4b-d 1ssq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

E: Molybdopterin-converting factor subunit 2

D: Molybdopterin converting factor, subunit 1

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Molybdopterin-converting factor subunit 2

D: Molybdopterin converting factor, subunit 1

ヘテロ分子

E: Molybdopterin-converting factor subunit 2

D: Molybdopterin converting factor, subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.922, 45.754, 41.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological assembly is a heterotetramer generated by the two fold axis.

#1: タンパク質	Molybdopterin-converting factor subunit 2 / MPT synthase subunit 2 / Molybdopterin synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis ...MPT synthase subunit 2 / Molybdopterin synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin-converting factor large subunit 分子量: 17512.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: moaE / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P65401
#2: タンパク質	Molybdopterin converting factor, subunit 1 分子量: 8878.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: moaD / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5HDT7, UniProt: Q7A441*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 2.0 M Sodium Formate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月26日
放射	モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16442 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FM0

1fm0

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.848 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19321	824	5 %	RANDOM
R_work	0.14866	-	-	-
obs	0.15087	15548	94.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.14 Å	0.152 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1761	0	6	151	1918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.947	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	3823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.771	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.473	25.385	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.586	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.417	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.275	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.162	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.252	1.5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.308	2	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.598	3	877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.638	4.5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	36	-
R_work	0.154	821	-
obs	-	-	69.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3867	0.8816	-0.645	7.4351	-0.447	9.6306	0.0706	0.3495	0.3834	-0.2342	0.1744	0.6621	-0.4	-0.4506	-0.245	-0.1253	0.0104	-0.0571	-0.1408	0.0236	-0.0221	29.44	11.084	12.238
2	3.9554	4.0108	-1.558	4.6134	-3.9819	14.5823	0.1817	0.295	0.5022	-0.0515	0.1554	1.0432	-0.5568	-0.369	-0.3371	-0.1349	0.0161	-0.0032	-0.1425	0.0322	0.1307	21.493	2.128	14.742
3	11.4313	-6.6578	7.658	11.3436	-1.2642	29.7134	0.5179	0.9909	-1.1373	-0.7955	-0.155	0.4948	1.3407	0.4661	-0.3629	-0.0207	-0.0322	-0.0276	-0.0818	-0.0471	0.0124	31.839	-1.009	8.767
4	3.7575	0.766	-3.9456	12.5188	1.7861	5.6994	0.208	-0.4267	0.1303	0.6953	0.0785	-0.2448	0.0807	0.31	-0.2865	-0.0851	-0.0136	0.0035	-0.177	-0.0217	-0.0956	34.124	3.509	24.079
5	3.5959	3.1979	-2.0125	2.9117	-1.4624	3.1691	0.2066	-0.0778	0.2339	0.2229	0.0052	0.3302	0.0092	-0.0321	-0.2118	-0.1233	0.0037	0.0039	-0.1765	-0.0139	-0.088	31.081	2.255	20.708
6	3.179	-1.2161	1.4702	0.5572	-0.9078	2.8619	-0.1412	-0.053	0.4179	0.0998	-0.0055	-0.1485	-0.4185	0.1936	0.1467	-0.1284	-0.0465	-0.0057	-0.1239	-0.0071	-0.1222	58.865	12.962	24.459
7	2.5725	0.2546	-0.5515	0.6656	0.7099	1.1175	0.0801	0.0428	0.0112	-0.0498	-0.0133	0.0413	0.2122	-0.1104	-0.0668	-0.1432	0.0082	0.0011	-0.1878	-0.0237	-0.1433	50.693	6.252	17.696
8	1.2076	-0.004	-0.4963	0.7284	0.3142	0.3381	0.1089	0.2699	0.129	-0.1212	0.0247	0.1162	-0.171	-0.0272	-0.1336	-0.1567	0.0061	0.0177	-0.0916	0.0154	-0.1486	53.076	14.06	13.052
9	3.8968	-1.8323	5.5464	3.7705	-4.0641	13.0018	0.1447	0.021	-0.1792	0.075	-0.2054	-0.1714	0.3672	0.2714	0.0606	-0.184	-0.0003	0.0289	-0.1338	0.0076	-0.1734	63	5.093	25.496
10	3.931	0.3352	2.3587	0.7856	-0.0941	2.4758	0.3455	0.5295	-0.3321	-0.2466	-0.2047	0.1203	0.5719	0.3871	-0.1408	-0.0712	0.0534	0.024	-0.0664	-0.0481	-0.1374	51.578	3.333	14.199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	B	1 - 21	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	B	22 - 41	22 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	B	42 - 48	42 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	B	49 - 55	49 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	B	56 - 77	56 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	A	1 - 37	1 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	A	38 - 77	38 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	A	78 - 90	78 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	A	91 - 103	91 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	A	104 - 131	104 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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