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- PDB-2q5w: The X-ray Crystal Structure of Molybdopterin Synthase from Staphy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2q5w | ||||||
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Title | The X-ray Crystal Structure of Molybdopterin Synthase from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / MOLYBDOPTERIN / MOCO / MPT SYNTHASE / MOAD / MOAE / MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS / beta-Grasp (ubiquitin-like) / alpha beta hammerhead fold | ||||||
Function / homology | ![]() molybdopterin adenylyltransferase complex / molybdopterin synthase / molybdopterin synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Daniels, J.N. / Schindelin, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a molybdopterin synthase-precursor Z complex: insight into its sulfur transfer mechanism and its role in molybdenum cofactor deficiency. Authors: Daniels, J.N. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H. | ||||||
History |
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Remark 650 | helix determination method: author determined |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 61.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 45.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 414.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 415.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2qieC ![]() 3biiC ![]() 1fm0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a heterotetramer generated by the two fold axis. |
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Components
#1: Protein | Mass: 17512.805 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 8878.092 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.99 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.3 Details: 2.0 M Sodium Formate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2004 |
Radiation | Monochromator: channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 16442 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / % possible all: 71.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1FM0 Resolution: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.848 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.14 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.645 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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