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万見
- PDB-5odd: HUMAN MED26 N-TERMINAL DOMAIN (1-92) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odd
タイトルHUMAN MED26 N-TERMINAL DOMAIN (1-92)
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator complex transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression ...core mediator complex / mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription coactivator activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex subunit 26, C-terminal domain / Mediator complex subunit 26, middle domain / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26 / Mediator complex subunit 26 C-terminal / Mediator complex subunit 26 middle domain / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / TFIIS/LEDGF domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lens, Z. / Cantrelle, F.-X. / Perruzini, R. / Dewitte, F. / Hanoulle, X. / Villeret, V. / Verger, A. / Landrieu, I.
引用
ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2016
タイトル: 1H, 15N and 13C assignments of the N-terminal domain of the Mediator complex subunit MED26.
著者: Peruzzini, R. / Lens, Z. / Verger, A. / Dewitte, F. / Ferreira, E. / Baert, J.L. / Villeret, V. / Landrieu, I. / Cantrelle, F.X.
#1: ジャーナル: Data in Brief / 年: 2017
タイトル: Nuclear magnetic resonance data on the interaction of MED26 N-terminal domain with peptide ligands from TAF7 and EAF1 proteins
著者: Cantrelle, F.X. / Lens, Z. / Peruzzini, R. / Dewitte, F. / Ferreira, E. / Baert, J.L. / Monte, D. / Villeret, V. / Verger, A. / Landrieu, I.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年11月29日ID: 2MZO
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42020年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5571
ポリマ－10,5571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, 15N-Relaxation dynamics
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26 / Activator-recruited cofactor 70 kDa component / ARC70 / Cofactor required for Sp1 transcriptional ...Activator-recruited cofactor 70 kDa component / ARC70 / Cofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 7 / CRSP complex subunit 7 / Mediator complex subunit 26 / Transcriptional coactivator CRSP70


分子量: 10557.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED26, ARC70, CRSP7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95402

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HN(CA)CB
122isotropic13D HNCO
132isotropic13D HNCA
142isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
152isotropic13D (H)CCH-TOCSY
162isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
183isotropic13D 1H-15N TOCSY
173isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1103isotropic13D 1H-15N NOESY
1113isotropic13D HNHA
1122isotropic13D HN(CO)CA
1133isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution21.2 mM [U-13C; U-15N] MED26-NTD, 100% D2O20 mM Hepes, 100mM NaCl, 2.5 mM EDTA, 1 mM DTTU15N,13C-MED26100% D2O
solution31.2 mM [U-99% 15N] MED26-NTD, 95% H2O/5% D2O20 mM Hepes, 100mM NaCl, 2.5 mM EDTA, 1 mM DTTU15N-MED2695% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMMED26-NTD[U-13C; U-15N]2
1.2 mMMED26-NTD[U-99% 15N]3
試料状態詳細: 20 mM Hepes, 100mM NaCl, 2.5 mM EDTA, 1 mM DTT / イオン強度: 0.1 mM / Label: MED26 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
SPARTAShen and Baxchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: all restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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