PDB-5ocr: Crystal structure of the kappa-carrageenase zobellia_236 from Zob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ocr

タイトル

Crystal structure of the kappa-carrageenase zobellia_236 from Zobellia galactanivorans

要素

Kappa-carrageenase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase 16 / kappa-carrageenase / beta-jellyroll / marine polysaccharidase

機能・相同性

機能・相同性情報

kappa-carrageenase / kappa-carrageenase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zobellia galactanivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Czjzek, M. / Matard-Mann, M. / Michel, G. / Jeudy, A. / Larocque, R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into marine carbohydrate degradation by family GH16 kappa-carrageenases.
著者: Matard-Mann, M. / Bernard, T. / Leroux, C. / Barbeyron, T. / Larocque, R. / Prechoux, A. / Jeudy, A. / Jam, M. / Nyvall Collen, P. / Michel, G. / Czjzek, M.

履歴

登録	2017年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ocr.cif.gz	490.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ocr.ent.gz	403 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ocr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ocqC 1dypS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uw5-1 4jvl-1 7l9i-3 4yu9-3 6z28-d 7cp0-3 3kol-1 3t8j-d 3d9w-3 3avf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Kappa-carrageenase

B: Kappa-carrageenase

C: Kappa-carrageenase

D: Kappa-carrageenase

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kappa-carrageenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The biological macromolecule is secreted as a monomer. The 4 copies present in the crystal structure are due to crystallization conditions.
33.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kappa-carrageenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Kappa-carrageenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Kappa-carrageenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.960, 83.040, 85.710
Angle α, β, γ (deg.)	72.56, 88.34, 89.48
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 30 - 307 / Label seq-ID: 9 - 286

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.999971, -0.00751, 0.000829), (0.007414, 0.996487, 0.083418), (-0.001452, -0.08341, 0.996514)	-1.01273, 25.16297, -41.46136
3	given	(0.99985, 0.016276, -0.005857), (0.015738, -0.996468, -0.082488), (-0.007179, 0.082384, -0.996575)	-20.7817, 9.6117, 44.72337
4	given	(0.999821, 0.018552, -0.003754), (0.01856, -0.999826, 0.002096), (-0.003714, -0.002166, -0.999991)	-20.26209, 34.57153, 2.9206

#1: タンパク質	Kappa-carrageenase 分子量: 33510.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The discrepancies to the coordinate file are due to sequencing errors of the Uniprot entry (the sequence was deposited in early sequencing days). The GenBank sequence CAZ94309.1 is part of a ...詳細: The discrepancies to the coordinate file are due to sequencing errors of the Uniprot entry (the sequence was deposited in early sequencing days). The GenBank sequence CAZ94309.1 is part of a more recent genome sequencing project - and that has the exact same sequence as our crystal structure 由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア) 遺伝子: cgkA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O84907, UniProt: G0L921*PLUS, kappa-carrageenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 % / 解説: rather thin, long and rectangular plates
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27-29 % PEG 3350, 100 mM MES buffer at pH 6.5, 0.3 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日
放射	モノクロメーター: optical mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→81.7 Å / Num. obs: 132172 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.98 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/av σ(I): 11.97 / Net I/σ(I): 11.97
反射シェル	解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 20564 / CC_1/2: 0.771 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DYP

1dyp

解像度: 1.66→81.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20599	5682	4.7 %	RANDOM
R_work	0.16807	-	-	-
obs	0.16986	114681	94.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.59 Å²	0.2 Å²	-0.32 Å²
2-	-	0 Å²	-0.4 Å²
3-	-	-	-1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.66→81.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9208	0	44	780	10032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	10044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.104	1.916	13748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.424	5	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.491	25.164	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.909	15	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.226	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.167	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1075	medium positional	0.17	0.5
B	1075	medium positional	0.15	0.5
C	1075	medium positional	0.16	0.5
D	1075	medium positional	0.16	0.5
A	1088	loose positional	0.28	5
B	1088	loose positional	0.27	5
C	1088	loose positional	0.26	5
D	1088	loose positional	0.26	5
A	1075	medium thermal	3.03	2
B	1075	medium thermal	2.25	2
C	1075	medium thermal	2.8	2
D	1075	medium thermal	2.33	2
A	1088	loose thermal	3.29	10
B	1088	loose thermal	3	10
C	1088	loose thermal	3.05	10
D	1088	loose thermal	3.03	10

LS精密化シェル

解像度: 1.658→1.701 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	463	-
R_work	0.252	8422	-
obs	-	-	93.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1859	-0.1014	-0.0944	0.0631	0.0394	0.3907	0.0008	-0.0191	-0.0041	-0.0108	0.0191	-0.0122	-0.0362	-0.0068	-0.02	0.1136	-0.0049	0.0096	0.1261	0.0058	0.1449	0.774	-3.271	-0.035
2	0.847	-0.1136	-0.3264	1.7077	-0.239	0.2366	0.1055	-0.1146	0.1721	0.0336	-0.0779	-0.0449	-0.1299	0.0447	-0.0276	0.1585	0.0008	0.0313	0.0888	0.0023	0.149	2.541	17.528	-5.844
3	0.398	0.0032	-0.0211	0.0031	0.0088	0.8521	0.0609	0.0051	-0.0161	0.0118	0.0138	-0.0071	-0.0015	-0.0231	-0.0746	0.117	0.0075	-0.0026	0.1211	0.002	0.127	1.516	-31.822	38.923
4	1.4042	0.9264	0.1602	1.8977	-0.515	0.6355	0.1427	-0.0676	0.1514	0.2936	-0.1203	0.0239	-0.2791	-0.0114	-0.0223	0.1937	0.018	0.0524	0.0659	0.0087	0.1161	3.483	-10.625	34.85
5	0.0827	0.0671	0.0469	0.1073	0.3256	1.59	-0.0302	0.0073	-0.0045	-0.0301	-0.0066	0.0066	-0.0502	-0.0601	0.0367	0.1114	0.0129	-0.0095	0.1278	-0.0081	0.1234	21.659	9.552	45.529
6	2.1742	-1.4891	0.0499	1.9014	-0.4543	2.1902	-0.0198	0.2728	-0.0592	-0.1558	-0.2305	0.0198	0.6449	0.0616	0.2502	0.307	0.0028	0.0006	0.0389	0.0037	0.0906	23.842	-11.624	49.609
7	0.3365	0.0121	0.0312	0.1409	0.1758	0.7851	0.023	0.0008	0.0354	0.0289	0.0203	-0.0264	0.0384	-0.0133	-0.0433	0.1126	0.0009	-0.0068	0.1115	-0.0004	0.1393	20.311	38.273	2.778
8	0.787	-0.1509	0.3045	0.7987	-0.7667	1.0584	0.0993	0.0307	-0.045	-0.2021	-0.0571	-0.0259	0.4623	-0.0016	-0.0422	0.347	-0.0013	-0.0867	0.0394	0.0014	0.1016	22.542	17.511	8.7

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	74 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	107 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	291 - 307
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	267 - 290
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	30 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	74 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	107 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	3	B	291 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	67 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	4	B	96 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	4	B	267 - 290
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	30 - 66
16	X-RAY DIFFRACTION	5	C	74 - 95
17	X-RAY DIFFRACTION	5	C	107 - 266
18	X-RAY DIFFRACTION	5	C	291 - 307
19	X-RAY DIFFRACTION	6	C	67 - 73
20	X-RAY DIFFRACTION	6	C	96 - 106
21	X-RAY DIFFRACTION	6	C	267 - 290
22	X-RAY DIFFRACTION	7	D	30 - 66
23	X-RAY DIFFRACTION	7	D	74 - 95
24	X-RAY DIFFRACTION	7	D	107 - 266
25	X-RAY DIFFRACTION	7	D	291 - 307
26	X-RAY DIFFRACTION	8	D	67 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	8	D	96 - 106
28	X-RAY DIFFRACTION	8	D	267 - 290

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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