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- PDB-5obt: Fully activated A. thaliana legumain isoform gamma in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5obt
タイトルFully activated A. thaliana legumain isoform gamma in complex with Ac-YVAD-CMK
要素
  • (Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme) x 2
  • Ac-YVAD-CMK
キーワードHYDROLASE / Legumain / Asparaginyl endopeptidase / Vacuolar processing enzyme / peptide cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic vacuole / protein storage vacuole / legumain / response to ethylene / response to salicylic acid / leaf senescence / vacuolar protein processing / response to jasmonic acid / proteolysis involved in protein catabolic process / response to wounding ...lytic vacuole / protein storage vacuole / legumain / response to ethylene / response to salicylic acid / leaf senescence / vacuolar protein processing / response to jasmonic acid / proteolysis involved in protein catabolic process / response to wounding / endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-TYR-VAL-ALA-ASP-CHLOROMETHYLKETONE / Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zauner, B.F. / Dall, E. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW_01213 オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural analyses ofArabidopsis thalianalegumain gamma reveal differential recognition and processing of proteolysis and ligation substrates.
著者: Zauner, F.B. / Elsasser, B. / Dall, E. / Cabrele, C. / Brandstetter, H.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
E: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
C: Ac-YVAD-CMK
B: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
F: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
D: Ac-YVAD-CMK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5586
ポリマ－66,5586
非ポリマー00
水12,070670
1
A: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
E: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
C: Ac-YVAD-CMK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2793
ポリマ－33,2793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
2
B: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
F: Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme
D: Ac-YVAD-CMK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2793
ポリマ－33,2793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.740, 78.070, 77.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme / Asparaginyl endopeptidase gamma-VPE / Gamma-VPE


分子量: 26987.801 Da / 分子数: 2 / 断片: Cleaved N-terminus, UNP residues 56-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue D176 is found to be converted to SNN
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g32940, F26P21.60 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q39119, legumain
#2: タンパク質 Vacuolar-processing enzyme gamma-isozyme / Asparaginyl endopeptidase gamma-VPE / Gamma-VPE


分子量: 5766.393 Da / 分子数: 2 / 断片: Cleaved C-terminus, UNP Residues 284-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue D176 is found to be converted to SNN
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g32940, F26P21.60 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q39119, legumain
#3: タンパク質・ペプチド Ac-YVAD-CMK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 524.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: ACE-TYR-VAL-ALA-ASP-CHLOROMETHYLKETONE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% PEG 4000, 100 mM sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→24.56 Å / Num. obs: 74201 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル最高解像度: 1.5 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7215 / Num. unique obs: 3597 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.24 / Rrim(I) all: 0.34 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nij

5nij


解像度: 1.5→24.558 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 3606 4.86 %
Rwork0.1516 --
obs0.1531 74167 93.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4395 0 2 670 5067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1346329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8911670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51970.26261380.23762571X-RAY DIFFRACTION91
1.5197-1.54060.23081410.21712812X-RAY DIFFRACTION96
1.5406-1.56260.25961320.21262789X-RAY DIFFRACTION96
1.5626-1.58590.2341140.19712803X-RAY DIFFRACTION95
1.5859-1.61070.22781160.18992798X-RAY DIFFRACTION95
1.6107-1.63710.24661220.19082723X-RAY DIFFRACTION94
1.6371-1.66530.24411630.18562697X-RAY DIFFRACTION94
1.6653-1.69560.19051370.18442688X-RAY DIFFRACTION92
1.6956-1.72820.241410.19162566X-RAY DIFFRACTION89
1.7282-1.76340.20631580.17862753X-RAY DIFFRACTION95
1.7634-1.80180.21111480.16832762X-RAY DIFFRACTION95
1.8018-1.84370.19061680.15932774X-RAY DIFFRACTION96
1.8437-1.88970.1981630.15562741X-RAY DIFFRACTION95
1.8897-1.94080.17751420.14942706X-RAY DIFFRACTION94
1.9408-1.99790.1921090.14852767X-RAY DIFFRACTION93
1.9979-2.06240.19181240.14862588X-RAY DIFFRACTION89
2.0624-2.1360.17371270.14352734X-RAY DIFFRACTION94
2.136-2.22150.15581430.14152781X-RAY DIFFRACTION95
2.2215-2.32250.17661340.1392754X-RAY DIFFRACTION94
2.3225-2.44490.15521170.14792760X-RAY DIFFRACTION94
2.4449-2.59790.17771390.1422662X-RAY DIFFRACTION91
2.5979-2.79820.16151160.14852682X-RAY DIFFRACTION92
2.7982-3.07930.19611570.1472704X-RAY DIFFRACTION93
3.0793-3.52380.16511640.13472650X-RAY DIFFRACTION91
3.5238-4.43540.14111300.1152621X-RAY DIFFRACTION89
4.4354-24.56140.14781630.13412675X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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