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万見
- PDB-4i06: Crystal structure of human Arginase-2 complexed with inhibitor 14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i06
タイトルCrystal structure of human Arginase-2 complexed with inhibitor 14
要素Arginase-2, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / metalloenzyme / alpha/beta fold / Arginine metabolism / Manganese / Mitochondrion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / Urea cycle / arginase ...negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / ureteric bud development / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / striated muscle contraction / nitric oxide biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of cellular senescence / manganese ion binding / adaptive immune response / mitochondrial matrix / innate immune response / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Chem-X8A / Arginase-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ruiz, F.X. / Whitehouse, D.L. / Golebiowski, A. / Ji, M. / Zhang, M. / Beckett, P. / Sheeler, R. / Andreoli, M. ...Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ruiz, F.X. / Whitehouse, D.L. / Golebiowski, A. / Ji, M. / Zhang, M. / Beckett, P. / Sheeler, R. / Andreoli, M. / Conway, B. / Mahboubi, K. / Schroeter, H. / Van Zandt, M.C. / Podjarny, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of (R)-2-Amino-6-borono-2-(2-(piperidin-1-yl)ethyl)hexanoic Acid and Congeners As Highly Potent Inhibitors of Human Arginases I and II for Treatment of Myocardial Reperfusion Injury.
著者: Van Zandt, M.C. / Whitehouse, D.L. / Golebiowski, A. / Ji, M.K. / Zhang, M. / Beckett, R.P. / Jagdmann, G.E. / Ryder, T.R. / Sheeler, R. / Andreoli, M. / Conway, B. / Mahboubi, K. / D'Angelo, ...著者: Van Zandt, M.C. / Whitehouse, D.L. / Golebiowski, A. / Ji, M.K. / Zhang, M. / Beckett, R.P. / Jagdmann, G.E. / Ryder, T.R. / Sheeler, R. / Andreoli, M. / Conway, B. / Mahboubi, K. / D'Angelo, G. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Ruiz, F.X. / Howard, E.I. / Podjarny, A.D. / Schroeter, H.
履歴
登録2012年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-2, mitochondrial
B: Arginase-2, mitochondrial
C: Arginase-2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,80521
ポリマ－99,6953
非ポリマー2,11118
水18,2491013
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Arginase-2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9357
ポリマ－33,2321
非ポリマー7046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Arginase-2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9357
ポリマ－33,2321
非ポリマー7046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Arginase-2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9357
ポリマ－33,2321
非ポリマー7046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.805, 127.805, 159.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

21C-592-

HOH

31C-732-

HOH

詳細biological assembly is a homotrimer with one copy in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Arginase-2, mitochondrial / Kidney-type arginase / Non-hepatic arginase / Type II arginase


分子量: 33231.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78540, arginase

-
非ポリマー , 5種, 1031分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-X8A / [(5R)-5-carboxy-5-(methylamino)-7-(piperidin-1-yl)heptyl](trihydroxy)borate(1-)


分子量: 317.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30BN2O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1013 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals in condition H3 from Silver Bullet screen (Hampton Research) using Tacsimate in the reservoir, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.70849 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月16日
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.70849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 121968 / Num. obs: 121968 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 11993 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1144精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1D3V

1d3v


解像度: 1.8→40.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.89 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 6120 5.02 %Random 5%
Rwork0.1643 ---
all0.1658 121877 --
obs0.1658 121877 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.97 Å2 / Biso mean: 20.6535 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7011 0 123 1013 8147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35210188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1261164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2472797
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7993-1.81980.27361950.234537723967100
1.8198-1.84120.26012280.220237934021100
1.8412-1.86370.27282350.209637613996100
1.8637-1.88720.24192100.205738054015100
1.8872-1.91210.23332080.192438354043100
1.9121-1.93830.21321890.189538184007100
1.9383-1.9660.22291900.185738544044100
1.966-1.99530.22751980.180838054003100
1.9953-2.02650.19862020.179137943996100
2.0265-2.05970.20232100.175538444054100
2.0597-2.09520.22572080.166938064014100
2.0952-2.13330.18831750.162738584033100
2.1333-2.17430.19571880.162538274015100
2.1743-2.21870.17911780.162438554033100
2.2187-2.2670.1781910.155938394030100
2.267-2.31970.20372260.157938404066100
2.3197-2.37770.19281880.153638494037100
2.3777-2.4420.1962100.153738294039100
2.442-2.51380.16792090.151638474056100
2.5138-2.5950.22822170.160238284045100
2.595-2.68770.19752210.169738294050100
2.6877-2.79530.1992000.166738734073100
2.7953-2.92250.20871930.172138794072100
2.9225-3.07650.22262030.170738834086100
3.0765-3.26920.19332180.173738764094100
3.2692-3.52140.19962040.154439034107100
3.5214-3.87560.19212120.148939184130100
3.8756-4.43580.14612070.141539574164100
4.4358-5.58640.1621900.145539954185100
5.5864-40.81950.19262170.17844185440299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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