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- PDB-5ob5: fAb complex with GroBeta. AbVance: increasing our knowledge of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ob5
タイトルfAb complex with GroBeta. AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision-making in antibody drug discovery.
要素
  • C-X-C motif chemokine 2
  • fAb Heavy chain
  • fAb Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / fAb complex / AbVance project / Pistoia Alliance
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / neutrophil chemotaxis / response to molecule of bacterial origin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / G alpha (i) signalling events ...CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / neutrophil chemotaxis / response to molecule of bacterial origin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhao, B. / Ward, P. / Convery, M.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision-making in antibody drug discovery
著者: Convery, M.A.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 2
H: fAb Heavy chain
L: fAb Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,62510
ポリマ－53,9693
非ポリマー6577
水13,583754
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.190, 60.210, 68.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-689-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 C-X-C motif chemokine 2 / Growth-regulated protein beta / Gro-beta / Macrophage inflammatory protein 2-alpha / MIP2-alpha


分子量: 6950.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL2, GRO2, GROB, MIP2A, SCYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19875

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 fAb Heavy chain


分子量: 23661.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 fAb Light chain


分子量: 23356.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 3種, 761分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.5M lithium chloride. 5-30% glycerol added as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 70965 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 7047 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 1.65→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 4194 5.92 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.169 70836 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6279 Å20 Å2-2.3015 Å2
2---2.238 Å20 Å2
3---1.6101 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→24.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3779 0 39 754 4572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014033HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.125504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1360SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes593HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4033HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion533SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5319SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 300 5.81 %
Rwork0.314 4862 -
all0.316 5162 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.41270.8260.26550.5906-1.36651.84210.1304-0.05950.30.2066-0.23660.0484-0.21020.53470.1062-0.0986-0.0730.00870.1159-0.0161-0.106211.37634.7346-24.4003
20.4127-0.1313-0.31950.25730.14840.66850.00030.04390.0006-0.0203-0.03170.0216-0.0137-0.01340.03140.001-0.007-0.0093-0.0461-0.0028-0.013-31.26526.6582-15.6675
30.8915-0.0865-0.12290.28180.09760.43530.0042-0.1196-0.01470.0335-0.00960.04510.05640.01320.0054-0.0251-0.005-0.0034-0.03890.0028-0.0395-27.737624.11041.7304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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