PDB-5o87: Crystal structure of wild type Aplysia californica AChBP in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o87

タイトル

Crystal structure of wild type Aplysia californica AChBP in complex with nicotine

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dawson, A. / Hunter, W.N. / de Souza, J.O. / Trumper, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Engineering a surrogate human heteromeric alpha / beta glycine receptor orthosteric site exploiting the structural homology and stability of acetylcholine-binding protein.
著者: Dawson, A. / Trumper, P. / de Souza, J.O. / Parker, H. / Jones, M.J. / Hales, T.G. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2017年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5o87.ent.gz	383.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5o87_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o87_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o8tC 5oa0C 5oadC 5oajC 5oalC 5oanC 5obgC 2xysS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqo-1 5obg-d 6sgv-1 6sh0-1 5oan-d 5oa0-d 6qkk-1 4bqt-d 2br7-d 6sh0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

292 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Soluble acetylcholine receptor

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Soluble acetylcholine receptor

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	210.781, 131.999, 130.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	20 - 224	20 - 224
2	1	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
1	2	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	2	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
1	3	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	3	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
1	4	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	4	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
1	5	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	5	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	6	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	6	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
1	7	GLU	GLU	A	A	20 - 223	20 - 223
2	7	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	8	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	8	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	9	ARG	ARG	A	A	20 - 225	20 - 225
2	9	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	10	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	10	ARG	ARG	C	C	20 - 224	20 - 224
1	11	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	11	ARG	ARG	D	D	20 - 224	20 - 224
1	12	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	12	ARG	ARG	E	E	20 - 224	20 - 224
1	13	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	13	ARG	ARG	F	F	20 - 224	20 - 224
1	14	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	14	ARG	ARG	G	G	20 - 224	20 - 224
1	15	GLU	GLU	B	B	20 - 223	20 - 223
2	15	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	16	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	16	ARG	ARG	I	I	20 - 224	20 - 224
1	17	ARG	ARG	B	B	20 - 224	20 - 224
2	17	ARG	ARG	J	J	20 - 224	20 - 224
1	18	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	18	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
1	19	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	19	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
1	20	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	20	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	21	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	21	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
1	22	GLU	GLU	C	C	20 - 223	20 - 223
2	22	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	23	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	23	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	24	ARG	ARG	C	C	20 - 225	20 - 225
2	24	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	25	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	25	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
1	26	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	26	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	27	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	27	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
1	28	GLU	GLU	D	D	20 - 223	20 - 223
2	28	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	29	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	29	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	30	ARG	ARG	D	D	20 - 225	20 - 225
2	30	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	31	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	31	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
1	32	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	32	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
1	33	GLU	GLU	E	E	20 - 223	20 - 223
2	33	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	34	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	34	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	35	ARG	ARG	E	E	20 - 225	20 - 225
2	35	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	36	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
2	36	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
1	37	GLU	GLU	F	F	20 - 223	20 - 223
2	37	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	38	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
2	38	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	39	ARG	ARG	F	F	20 - 225	20 - 225
2	39	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	40	GLU	GLU	G	G	20 - 223	20 - 223
2	40	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
1	41	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
2	41	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
1	42	ARG	ARG	G	G	20 - 225	20 - 225
2	42	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225
1	43	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
2	43	GLU	GLU	I	I	20 - 223	20 - 223
1	44	GLU	GLU	H	H	20 - 223	20 - 223
2	44	GLU	GLU	J	J	20 - 223	20 - 223
1	45	ARG	ARG	I	I	20 - 225	20 - 225
2	45	ARG	ARG	J	J	20 - 225	20 - 225

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質

Soluble acetylcholine receptor

分子量: 28326.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1883分子

#2: 化合物	ChemComp-NCT / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / (S)-(-)-NICOTINE / 3-[(2S)-1-METHYL-2-PYRROLIDINYL] PYRIDINE / ニコチン分子量: 162.232 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₄N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1801 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 % / 解説: block
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.45 M ammonium phosphate monobasic 2 % glycerol 2 % IPA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54157 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月8日 / 詳細: Varimax Cu-VHF
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54157 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→25.2 Å / Num. obs: 176070 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.2 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 8731 / CC_1/2: 0.675 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xys

2xys

解像度: 2.2→25.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.302 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23515	8653	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20286	-	-	-
obs	0.20444	167118	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.93 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→25.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16502	0	568	1801	18871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	17469
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	15600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.979	23763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3.001	36263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.205	5.017	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.957	24.396	803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.99	15	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.259	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	19006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.902	3.039	8250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.902	3.038	8249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.849	4.529	10295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.849	4.531	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.273	3.846	9219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.272	3.846	9220
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.036	5.496	13469
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.976	38.507	19360
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.003	37.983	18945
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13198	0.04
1	2	B	13198	0.04
2	1	A	13390	0.04
2	2	C	13390	0.04
3	1	A	13320	0.05
3	2	D	13320	0.05
4	1	A	13362	0.04
4	2	E	13362	0.04
5	1	A	13320	0.04
5	2	F	13320	0.04
6	1	A	13336	0.05
6	2	G	13336	0.05
7	1	A	13214	0.04
7	2	H	13214	0.04
8	1	A	13324	0.05
8	2	I	13324	0.05
9	1	A	13316	0.04
9	2	J	13316	0.04
10	1	B	13278	0.03
10	2	C	13278	0.03
11	1	B	13240	0.04
11	2	D	13240	0.04
12	1	B	13278	0.04
12	2	E	13278	0.04
13	1	B	13290	0.04
13	2	F	13290	0.04
14	1	B	13232	0.04
14	2	G	13232	0.04
15	1	B	13232	0.04
15	2	H	13232	0.04
16	1	B	13262	0.04
16	2	I	13262	0.04
17	1	B	13284	0.04
17	2	J	13284	0.04
18	1	C	13392	0.04
18	2	D	13392	0.04
19	1	C	13444	0.02
19	2	E	13444	0.02
20	1	C	13432	0.03
20	2	F	13432	0.03
21	1	C	13434	0.04
21	2	G	13434	0.04
22	1	C	13270	0.03
22	2	H	13270	0.03
23	1	C	13428	0.03
23	2	I	13428	0.03
24	1	C	13414	0.03
24	2	J	13414	0.03
25	1	D	13400	0.04
25	2	E	13400	0.04
26	1	D	13356	0.05
26	2	F	13356	0.05
27	1	D	13488	0.04
27	2	G	13488	0.04
28	1	D	13276	0.05
28	2	H	13276	0.05
29	1	D	13454	0.04
29	2	I	13454	0.04
30	1	D	13356	0.05
30	2	J	13356	0.05
31	1	E	13458	0.02
31	2	F	13458	0.02
32	1	E	13354	0.04
32	2	G	13354	0.04
33	1	E	13266	0.03
33	2	H	13266	0.03
34	1	E	13414	0.04
34	2	I	13414	0.04
35	1	E	13458	0.02
35	2	J	13458	0.02
36	1	F	13350	0.04
36	2	G	13350	0.04
37	1	F	13232	0.04
37	2	H	13232	0.04
38	1	F	13410	0.04
38	2	I	13410	0.04
39	1	F	13484	0.03
39	2	J	13484	0.03
40	1	G	13238	0.03
40	2	H	13238	0.03
41	1	G	13456	0.03
41	2	I	13456	0.03
42	1	G	13342	0.05
42	2	J	13342	0.05
43	1	H	13264	0.04
43	2	I	13264	0.04
44	1	H	13224	0.04
44	2	J	13224	0.04
45	1	I	13440	0.04
45	2	J	13440	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	641	-
R_work	0.273	12260	-
obs	-	-	99.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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