[日本語] English
万見
- PDB-5o6d: Structure of ScPif1 in complex with polydT and ATPgS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6d
タイトルStructure of ScPif1 in complex with polydT and ATPgS
要素
  • ATP-dependent DNA helicase PIF1
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase SF1 ssDNA ATP analog
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase inhibitor activity / centromeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance via recombination / double-strand break repair via break-induced replication / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear replication fork ...telomerase inhibitor activity / centromeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance via recombination / double-strand break repair via break-induced replication / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear replication fork / chromosome organization / translesion synthesis / DNA helicase activity / telomere maintenance / replication fork / mitochondrial membrane / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / mitochondrial inner membrane / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA helicase Pif1, 2B domain / : / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / ATP-dependent DNA helicase PIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.283 Å
データ登録者Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Xu, X.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Insights into the structural and mechanistic basis of multifunctional S. cerevisiae Pif1p helicase.
著者: Lu, K.Y. / Chen, W.F. / Rety, S. / Liu, N.N. / Wu, W.Q. / Dai, Y.X. / Li, D. / Ma, H.Y. / Dou, S.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _audit_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9478
ポリマ－126,8524
非ポリマー1,0954
水00
1
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9744
ポリマ－63,4262
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9744
ポリマ－63,4262
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.406, 90.783, 186.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase PIF1 / DNA repair and recombination helicase PIF1 / Petite integration frequency protein 1 / Telomere ...DNA repair and recombination helicase PIF1 / Petite integration frequency protein 1 / Telomere stability protein 1


分子量: 61645.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: PIF1, TST1, YML061C, YM9958.01C / プラスミド: PET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P07271, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM NaAc-HAc pH5.5 240mM NaF 14%-16% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→65 Å / Num. obs: 17964 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 82.89 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 3.28→3.4 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 1952 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O6B

5o6b


解像度: 3.283→65 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.57
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3219 950 5.31 %5%
Rwork0.2515 ---
obs0.2553 17899 89.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.283→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8372 222 64 0 8658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69711894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5975412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2834-3.45650.3595980.32221855X-RAY DIFFRACTION99
3.4565-3.67310.3931020.2911927X-RAY DIFFRACTION99
3.6731-3.95660.35891340.25452294X-RAY DIFFRACTION99
3.9566-4.35470.26221510.23992682X-RAY DIFFRACTION100
4.3547-4.98470.28811610.21962646X-RAY DIFFRACTION99
4.9847-6.27960.3681540.25472718X-RAY DIFFRACTION100
6.2796-69.10740.3131500.25032827X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33360.6005-0.5494.8746-0.3274.00280.0186-0.2565-0.1114-0.65940.1531.25460.4863-0.4241-0.10810.43-0.0488-0.14340.37580.11620.6431-64.6165105.9204208.1373
20.51380.43580.41451.4666-0.94562.0203-0.37270.932-0.1232-1.7912-0.014-0.4023-0.02760.4853-0.66191.9767-0.03670.06210.873-0.17450.4851-46.558591.2422189.6878
36.9017-0.1199-0.47121.3517-1.90894.2924-1.0429-0.0968-1.8471-1.09640.59-0.71011.6322-0.21730.12021.1294-0.29660.21690.567-0.19240.8997-44.365884.0135214.3421
43.08330.81710.76385.19520.39332.3614-0.3109-0.1781-0.20560.0871-0.1784-1.5022-0.03370.93840.48190.63780.0857-0.06760.86390.11340.8791-25.4691102.0378217.7194
52.07060.26751.82183.3247-0.37253.63680.13010.1433-0.3296-1.07250.12120.01380.4090.1946-0.29270.73150.01190.09840.4509-0.03170.4486-48.018991.9434206.9162
60.84140.6441-0.75352.84370.83051.56170.7277-0.08870.3533-1.7356-0.40431.4522-0.2234-0.2311-0.46331.8927-0.1821-0.32380.62120.16150.9075-64.4589100.299189.5201
71.2397-0.21420.22133.288-1.05073.2076-0.02830.01670.0582-0.4664-0.031-0.7351-0.09240.33270.05210.1864-0.0830.13030.3992-0.11510.447-51.501952.0412201.84
81.9255-1.0994-1.71373.95341.06482.52420.00310.05090.92120.5063-0.1358-0.8731-0.62840.4430.12690.3881-0.0717-0.15990.39390.12270.4894-69.494666.9987213.2879
92.4131-0.2387-0.89885.5731-1.12882.69390.0488-0.51240.51160.67210.19511.2374-0.2057-0.2614-0.20390.5026-0.01450.05170.8745-0.06540.365-85.680553.3887220.9836
101.86331.5263-1.03943.06030.02792.9837-0.0735-0.13180.0252-0.30780.14710.0690.096-0.0663-0.19790.20940.0166-0.1450.31040.05520.2867-65.729156.436203.009
112.00611.2542-0.16129.29373.33471.23380.2278-1.1671-1.23320.7579-0.54980.92971.8607-0.93790.17261.1869-0.1736-0.0510.68830.03080.6963-55.782989.0488209.5163
127.1133-0.82651.08536.4261-0.41724.21970.9105-0.59270.7213-0.1745-0.8578-0.8505-1.38460.9609-0.34580.7952-0.15460.11930.3295-0.19310.6272-55.549664.9792208.9874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 237 through 415 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 416 through 488 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 489 through 526 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 527 through 662 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 663 through 733 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 734 through 778 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 237 through 478 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 479 through 535 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 536 through 619 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 620 through 778 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 8 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 3 through 8 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る