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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o4m | ||||||
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タイトル | Fresh crystals of HcgC from Methanococcus maripaludis cocrystallized with SAH and pyridinol | ||||||
![]() | HcgC | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferases / biosynthesis / protein structures / enzyme catalysis / mutagenesis / [Fe]-hydrogenase / pyridinol / Hmd | ||||||
機能・相同性 | FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / 6-carboxy methyl-4-hydroxy-2-pyridinol / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wagner, T. / Bai, L. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Water-Bridged H-Bonding Network Contributes to the Catalysis of the SAM-Dependent C-Methyltransferase HcgC. 著者: Bai, L. / Wagner, T. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30942.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: / 由来: (組換発現) ![]() 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: MMP1498 / 器官: / / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 538分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/9KH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/9KH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-9KH / #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: Thick transparent hexagonal brick |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The drop consists of 1 ul of enzyme solution containing ~5 mg/ml HcgC, 2 mM pyridinol (dissolved in 100% DMSO) and 2 mM SAH mixed with 1 ul of the reservoir solution : 100 mM HEPES/NaOH pH 7. ...詳細: The drop consists of 1 ul of enzyme solution containing ~5 mg/ml HcgC, 2 mM pyridinol (dissolved in 100% DMSO) and 2 mM SAH mixed with 1 ul of the reservoir solution : 100 mM HEPES/NaOH pH 7.5, 0.1 M NaCl, and 30% 2-Methyl-2,4-pentanediol. After only 4 days the crystals were immediately fished and frozen in liquid nitrogen for synchrotron radiation. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→47.11 Å / Num. obs: 63739 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 40.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9372 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.412 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5O4H 解像度: 2.1→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9475 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Blow DPI: 0.181
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原子変位パラメータ | Biso mean: 56.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.368 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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