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- PDB-5o2x: Extended catalytic domain of H. jecorina LPMO9A a.k.a EG4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2x
タイトルExtended catalytic domain of H. jecorina LPMO9A a.k.a EG4
要素Glycoside hydrolase family 61
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lytic polysaccharide monooxygenase Trichoderma reesei EG4
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / alpha-D-mannopyranose / Glycoside hydrolase family 61
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei QM6a (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Hansson, H. / Karkehabadi, S. / Mikkelsen, N.E. / Sandgren, M. / Kelemen, B. / Kaper, T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: High-resolution structure of a lytic polysaccharide monooxygenase from Hypocrea jecorina reveals a predicted linker as an integral part of the catalytic domain.
著者: Hansson, H. / Karkehabadi, S. / Mikkelsen, N. / Douglas, N.R. / Kim, S. / Lam, A. / Kaper, T. / Kelemen, B. / Meier, K.K. / Jones, S.M. / Solomon, E.I. / Sandgren, M.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 61
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,62922
ポリマ－26,1331
非ポリマー3,49621
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 61.550, 47.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 61


分子量: 26132.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First residue (histidine) is methylated: 4-METHYL-HISTIDINE (=>HIC)
由来: (組換発現) Trichoderma reesei QM6a (菌類) / 遺伝子: cel61a, TRIREDRAFT_73643 / 発現宿主: Trichoderma reesei RUT C-30 (菌類) / 参照: UniProt: G0R6T8

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糖 , 2種, 17分子

#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 376分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.6M AmSO4 0.1M Citric Acid pH 4.0 / Temp details: ambient room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972425 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→44.3 Å / Num. obs: 121945 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.78 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 0.9→0.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.679 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSNov. 2013データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.95→44.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.508 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.019 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12741 6451 5 %RANDOM
Rwork0.1152 ---
obs0.11582 121945 89.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.95→44.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 209 372 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8322.0743295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38634848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6235.085294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93226.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.23615283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.443151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.660.6411074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6550.641073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8920.9711359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8920.9721360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4060.8121279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0250.791267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2321.1511902
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.4457.262944
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.7876.3052678
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.60634414
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.633558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.96854658
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 281 -
Rwork0.368 6100 -
obs--60.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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