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- PDB-5o1r: human Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o1r
タイトルhuman Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B
要素
  • GNA2132
  • IGH@ protein
  • Uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / cell outer membrane / heparin binding / adaptive immune response / cell adhesion / immune response / DNA binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / IGH@ protein / Neisserial heparin binding antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Malito, E. / Maritan, M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structures of NHBA elucidate a broadly conserved epitope identified by a vaccine induced antibody.
著者: Maritan, M. / Veggi, D. / Cozzi, R. / Dello Iacono, L. / Bartolini, E. / Lo Surdo, P. / Maruggi, G. / Spraggon, G. / Bottomley, M.J. / Malito, E.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GNA2132
B: GNA2132
H: IGH@ protein
I: IGH@ protein
L: Uncharacterized protein
M: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,83711
ポリマ－129,5276
非ポリマー3105
水82946
1
A: GNA2132
H: IGH@ protein
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, the complex was isolated by gel filtration chromatography showing an elution profile compatible with the complex. The fractions corresponding to the peak were also run in SDS- ...根拠: gel filtration, the complex was isolated by gel filtration chromatography showing an elution profile compatible with the complex. The fractions corresponding to the peak were also run in SDS-PAGE under both native and denaturant conditions, showing the presence of both the Fab and NHBA-C3
  • 64.9 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8885
ポリマ－64,7643
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GNA2132
I: IGH@ protein
M: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9506
ポリマ－64,7643
非ポリマー1863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.450, 119.450, 364.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 GNA2132 / Gna2132 / Heparin binding protein / Neisserial heparin binding antigen / Putative lipoprotein GNA2132


分子量: 13706.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: gna2132, nhba / Variant: p20 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: Q9JPP1
#2: 抗体 IGH@ protein


分子量: 27962.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the sequence provided includes the tag which was cleaved prior to crystallization
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 抗体 Uncharacterized protein


分子量: 23094.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX0
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.0 and 1.6 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→91.05 Å / Num. obs: 36688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 88.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.86→2.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2628 / CC1/2: 0.557 / Rpim(I) all: 0.875 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NYX

5nyx


解像度: 2.86→78.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9465 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9196 / SU R Cruickshank DPI: 0.826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.926 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 1775 4.85 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1799 36573 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5165 Å20 Å20 Å2
2---7.5165 Å20 Å2
3---15.0329 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.447 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.86→78.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8260 0 20 46 8326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018499HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2911543HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2808SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1251HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8499HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1108SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9131SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.94 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 149 5.12 %
Rwork0.2523 2762 -
all0.2526 2911 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.18460.9618-0.70863.3406-0.434.5068-0.13160.2319-0.09740.12560.1619-0.04410.6718-0.1984-0.03030.0983-0.00520.0067-0.1081-0.0179-0.2994-13.533821.224833.9923
24.8081-1.5356-1.20753.17760.23583.8809-0.04210.1213-0.0397-0.0690.08770.10070.5668-0.3236-0.04560.0394-0.1424-0.0251-0.0593-0.0036-0.231320.957513.4777-10.0893
30.7081-0.09990.06061.9509-0.98442.4879-0.0223-0.01570.19460.21810.02070.0433-0.0382-0.10330.0016-0.19930.09150.02950.02680.0116-0.0851-6.071352.598310.9504
41.28840.29930.05052.21281.15663.1310.00850.04670.1525-0.05440.0255-0.12020.01190.1561-0.034-0.2513-0.01650.012-0.00550.0788-0.072527.778345.107312.8121
51.2860.1909-0.55532.7228-1.59063.6329-0.01140.22320.1332-0.33210.017-0.15630.3045-0.1268-0.0056-0.24230.09750.0160.04160.0332-0.2329-2.621343.6713-4.9052
61.29670.132-0.01962.36561.03643.4812-0.0186-0.14060.28480.3792-0.00490.0474-0.0608-0.04970.0236-0.19970.02520.0112-0.04570.0248-0.206520.601138.523128.8653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|292 - A|407 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|292 - B|406 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|1 - H|223 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ I|1 - I|223 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|1 - L|211 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ M|1 - M|211 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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