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- PDB-5o0m: Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o0m
タイトルDeglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure 3
要素Reticulon-4 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / nervous system / signaling / leucine-rich repeat domain / disulfide structure
機能・相同性
機能・相同性情報


neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / regulation of synapse assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction ...neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / regulation of synapse assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of GTPase activity / axonal growth cone / axonogenesis / dendritic shaft / heparin binding / negative regulation of neuron projection development / growth cone / perikaryon / neuron projection / cell surface receptor signaling pathway / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulon-4 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pronker, M.F. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWOVidi 723.012.002 オランダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Nogo Receptor crystal structures with a native disulfide pattern suggest a novel mode of self-interaction.
著者: Pronker, M.F. / Tas, R.P. / Vlieg, H.C. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulon-4 receptor
B: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1287
ポリマ－72,0222
非ポリマー1,1065
水7,584421
1
A: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6754
ポリマ－36,0111
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Reticulon-4 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4543
ポリマ－36,0111
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.610, 112.070, 115.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Reticulon-4 receptor / Nogo receptor / NgR / Nogo-66 receptor / Nogo66 receptor-1 / NgR1


分子量: 36011.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rtn4r, Ngr1, Nogor / プラスミド: pUPE107.03 / Cell (発現宿主): HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GntI-/- / 参照: UniProt: Q99PI8
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.05 M MIB buffer pH 5.0, 12.5% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.03 Å / Num. obs: 48250 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.503 / Rsym value: 1.054 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OZN

1ozn


解像度: 1.9→56.03 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 2428 5.05 %
Rwork0.1793 --
obs0.1815 48088 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4606 0 70 421 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8696572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2371752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93880.33711460.30762659X-RAY DIFFRACTION99
1.9388-1.9810.32561420.27792594X-RAY DIFFRACTION99
1.981-2.0270.28781210.25992706X-RAY DIFFRACTION99
2.027-2.07770.26891450.22482607X-RAY DIFFRACTION99
2.0777-2.13390.27191430.22032693X-RAY DIFFRACTION99
2.1339-2.19670.23681400.20852627X-RAY DIFFRACTION99
2.1967-2.26760.24821490.20712666X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.34870.23061300.19192694X-RAY DIFFRACTION100
2.3487-2.44270.23351430.19042655X-RAY DIFFRACTION99
2.4427-2.55390.21231530.18172637X-RAY DIFFRACTION99
2.5539-2.68850.22641230.16982695X-RAY DIFFRACTION99
2.6885-2.85690.21441440.17662676X-RAY DIFFRACTION99
2.8569-3.07750.23581500.18882689X-RAY DIFFRACTION99
3.0775-3.38720.25911380.17112722X-RAY DIFFRACTION99
3.3872-3.87720.15981530.14712730X-RAY DIFFRACTION99
3.8772-4.88450.17491370.12672752X-RAY DIFFRACTION99
4.8845-56.05940.2211710.16922858X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.22841.0684-1.20925.4813-0.26433.6350.15770.0764-0.5382-0.4986-0.2897-0.61120.74280.70580.05610.45940.19460.00130.34340.07840.2502-36.914560.737114.511
25.72470.79170.04175.0034-1.40094.27910.0986-0.1733-0.16630.0251-0.1796-0.10870.24950.3070.05260.21020.0369-0.04050.16710.01850.0933-45.616270.24819.1294
32.04712.5474-1.07346.1266-0.42847.28620.1237-0.1262-0.09530.488-0.08670.22950.2361-0.0554-0.00250.20710.066-0.01730.16760.0320.1807-52.598176.301920.7199
47.82931.3887-1.6978.32781.44138.10410.0471-0.28840.04820.27660.10440.15150.0798-0.1133-0.10610.15440.0702-0.0320.17010.06230.0517-55.560380.620417.5136
52.20650.78080.12764.82041.11776.35030.0076-0.12390.1390.3245-0.07880.1608-0.122-0.17870.02780.19940.0520.00150.13460.01810.1195-56.361885.98914.3252
67.74211.8215-0.03496.05321.36395.49640.0647-0.41360.49340.3165-0.18420.2747-0.3618-0.44680.05370.2450.0749-0.05530.1695-0.00660.1364-62.510292.358312.304
73.52723.379-0.20653.4745-0.6291.9086-0.19570.15150.6342-0.3609-0.09810.0236-0.6967-0.04660.22020.3030.0367-0.10760.23970.04260.2719-58.431797.65817.1925
84.06020.44040.12043.8784-1.87175.1443-0.1604-0.20120.4747-0.1746-0.07510.6913-0.328-0.34330.1930.23610.0407-0.09980.2234-0.04990.3288-72.575497.66471.643
93.02323.27640.49966.6809-2.34472.74340.5664-0.19651.25280.8743-0.18490.6082-0.571-0.6136-0.33740.65850.2274-0.04680.85-0.24621.0908-82.882101.922413.1409
101.9424-0.9128-0.59643.1810.64961.56790.0574-0.2328-0.19950.3170.0326-0.16760.26340.0555-0.07250.2032-0.0191-0.0860.19130.05860.1516-65.438411.994616.6122
112.4832-0.73691.2912.5792-0.71671.746-0.0156-0.14050.22210.1094-0.00390.1889-0.0959-0.11380.02250.1158-0.0220.05210.1381-0.01120.1233-86.20237.38579.0634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 26 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 84 through 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 137 through 156 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 157 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 176 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 214 through 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 243 through 256 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 257 through 306 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 307 through 338 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 26 through 175 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 176 through 338 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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