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- PDB-5o0j: ADP-dependent glucokinase from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o0j
タイトルADP-dependent glucokinase from Pyrococcus horikoshii
要素ADP-dependent glucokinase
キーワードTRANSFERASE / ADP-dependent glucokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-dependent glucose/glucosamine kinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...ADP-dependent glucose/glucosamine kinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / ADP-dependent glucose/glucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Grudnik, P. / Dubin, G.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Science CenterUMO-2015/19/D/NZ1/02009 ポーランド
National Science CenterUMO-2012/07/E/NZ1/01907 ポーランド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for ADP-dependent glucokinase inhibition by 8-bromo-substituted adenosine nucleotide.
著者: Grudnik, P. / Kaminski, M.M. / Rembacz, K.P. / Kuska, K. / Madej, M. / Potempa, J. / Dawidowski, M. / Dubin, G.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-dependent glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7224
ポリマ－51,6901
非ポリマー1,0323
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.838, 74.714, 62.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ADP-dependent glucokinase / ADPGK


分子量: 51689.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
遺伝子: glkA, PH0589 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O58328, ADP-specific glucose/glucosamine kinase
#2: 化合物 ChemComp-8BR / 8-BROMO-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 8-ブロモアデノシン5′-りん酸


分子量: 426.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13BrN5O7P
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ammonium nitrate (0.2 M) and polyethylene glycol 3350 (20%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→46.19 Å / Num. obs: 46884 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 1.81→1.875 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / CC1/2: 0.732 / Rrim(I) all: 0.694 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1l2l

1l2l


解像度: 1.81→45.977 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 2099 4.48 %
Rwork0.1608 44780 -
obs0.1626 46879 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.75 Å2 / Biso mean: 28.8763 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→45.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 60 522 4228
Biso mean--24.54 38.48 -
残基数----453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9575128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7472313
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8102-1.85230.29591130.26822420253380
1.8523-1.89870.2941400.25792984312498
1.8987-1.950.32561410.25723016315798
1.95-2.00740.24961410.22422992313398
2.0074-2.07220.23721420.19013026316898
2.0722-2.14620.22191380.18232960309898
2.1462-2.23220.21441410.17873002314397
2.2322-2.33370.23871430.17563038318199
2.3337-2.45680.18191420.15093031317399
2.4568-2.61070.20041430.15593061320499
2.6107-2.81220.18971400.15612973311397
2.8122-3.09520.18851430.14983061320499
3.0952-3.54290.17861440.14393070321499
3.5429-4.46310.16881430.13043035317898
4.4631-45.99210.18771450.13993111325699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46160.2026-0.22410.68640.06141.0784-0.0113-0.1182-0.12580.01510.0043-0.1940.08760.1063-0.02980.158-0.00240.02280.09660.01570.246931.892731.513224.2899
22.8511-0.18050.49490.7615-0.35470.889-0.0153-0.1217-0.01650.0910.01130.0248-0.0199-0.00360.01530.18250.00330.01530.1247-0.0160.164621.31537.140728.7967
31.1597-0.7415-0.27611.70240.08781.5431-0.01140.0524-0.1367-0.0799-0.01950.1220.15370.02660.03640.1644-0.0238-0.00050.1407-0.00120.171416.422720.884917.7896
41.7753-0.1785-0.04611.8071-0.16541.58530.02710.24460.0189-0.2434-0.0227-0.1531-0.03630.1191-0.03170.15080.00790.04150.18160.02580.115126.999331.78014.9535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 86 )A5 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 215 )A87 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 216 through 337 )A216 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 338 through 457 )A338 - 457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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