PDB-5o02: GII.17 Kawasaki323 protruding domain in complex with Nanobody Nano-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o02

タイトル

GII.17 Kawasaki323 protruding domain in complex with Nanobody Nano-4

要素

Capsid protein
Nanobody (VHH) Nano-4

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Protruding domain / capsid / VHH / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus 13-BH-1/2013/GII.17 (ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2017年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5o02.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5o02_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	5o02_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	5o02_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o02	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o03C 5o04C 5o05C 5ommC 5omnC 4x4cS 5f4mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n4r-d 5aq7-2 7ddz-d 1zxe-1 2rsl-d 4pvz-1 5dzs-2 4y7o-2 2huk-1 6ixp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

C: Nanobody (VHH) Nano-4

ヘテロ分子

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.470, 64.040, 70.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.260, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-760- HOH
2	1	A-1018- HOH
3	1	A-1033- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34085.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 225-528 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus 13-BH-1/2013/GII.17 (ウイルス) Variant: Kawasaki323 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7CJV4
#2: 抗体	Nanobody (VHH) Nano-4 分子量: 13586.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: Phen6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M calcium acetate, 10% (w/v) PEG8000, 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.965 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→45.06 Å / Num. obs: 55894 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.165 % / B_iso Wilson estimate: 17.71 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 11.55

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.69-1.8	2.93	0.427	2.26	8412	0.849	0.521	90.2
1.8-1.92	3.298	0.271	3.94	8524	0.928	0.324	97.6
1.92-2.07	3.31	0.17	6.28	7989	0.97	0.204	98.1
2.07-2.27	3.224	0.118	9.19	7392	0.981	0.142	98.3
2.27-2.54	2.983	0.085	11.92	6641	0.987	0.104	97.8
2.54-2.93	3.252	0.061	16.85	5915	0.994	0.073	97.8
2.93-3.59	3.219	0.044	23.48	4955	0.996	0.053	97.5
3.59-5.05	2.96	0.033	28.45	3844	0.997	0.041	96.5
5.05-45.06	3.378	0.032	31.51	2222	0.997	0.038	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.69 Å	45.06 Å
Translation	7.06 Å	45.06 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F4M and 4X4C

5f4m

4x4c

解像度: 1.72→45.06 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	2703	5 %
R_work	0.1503	-	-
obs	0.1518	54046	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.32 Å² / B_iso mean: 20.9462 Å² / B_iso min: 6.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→45.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3325	0	29	515	3869
B_iso mean	-	-	43.64	33	-
残基数	-	-	-	-	428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	4960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.071	1322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.7513	0.303	140	0.2605	2665	2805	97
1.7513-1.785	0.2382	141	0.2364	2665	2806	97
1.785-1.8214	0.2573	140	0.2024	2664	2804	97
1.8214-1.861	0.2392	142	0.1916	2701	2843	98
1.861-1.9043	0.2193	141	0.1803	2681	2822	98
1.9043-1.9519	0.2198	143	0.1701	2707	2850	98
1.9519-2.0047	0.2268	141	0.1651	2685	2826	98
2.0047-2.0637	0.2002	143	0.1617	2711	2854	98
2.0637-2.1303	0.1937	144	0.1524	2732	2876	98
2.1303-2.2064	0.1832	141	0.1496	2692	2833	98
2.2064-2.2948	0.17	142	0.1506	2696	2838	98
2.2948-2.3992	0.1933	143	0.1518	2724	2867	98
2.3992-2.5257	0.1846	142	0.1541	2685	2827	98
2.5257-2.6839	0.2142	143	0.1554	2723	2866	97
2.6839-2.8911	0.18	142	0.1526	2700	2842	98
2.8911-3.182	0.1655	144	0.1445	2725	2869	98
3.182-3.6422	0.1501	142	0.1353	2698	2840	97
3.6422-4.5881	0.1408	141	0.1162	2690	2831	96
4.5881-45.0758	0.1511	148	0.1359	2799	2947	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7055	0.193	0.2189	1.2686	0.8918	1.3169	0.0108	0.0943	-0.0767	-0.0686	0.0198	-0.1019	0.0361	0.0684	-0.0097	0.077	0.0089	0.0162	0.1092	0.0002	0.0876	-15.9811	-63.1776	204.5607
2	1.3689	0.417	0.2285	0.5665	0.1684	0.7923	0.0342	0.1012	-0.2507	-0.0778	0.0166	-0.1118	0.0463	0.0486	-0.0443	0.0968	0.0258	0.0112	0.1024	-0.0286	0.1143	-14.2817	-73.4175	201.6517
3	0.7518	0.6471	0.2837	1.5544	0.3394	0.4461	0.0173	-0.0225	0.0119	0.0554	-0.0186	-0.0139	-0.003	0.0332	-0.0005	0.0779	-0.0022	0.0129	0.1124	0.0005	0.0621	-13.7728	-51.0198	219.7183
4	3.2904	4.788	2.9882	6.9674	4.3483	2.7137	-0.5516	0.7342	0.2049	-0.7296	0.3543	0.0809	-0.6963	0.7527	0.3243	0.2763	-0.0392	0.0447	0.2507	0.0006	0.1671	2.3049	-26.7987	223.5207
5	1.7354	-1.6663	-1.4202	6.23	-2.5431	4.4885	-0.3401	0.0608	0.3423	-0.0024	0.0926	-0.1771	-0.6062	0.7805	0.2276	0.1764	-0.0715	-0.0219	0.2236	-0.0119	0.1489	12.6698	-21.4852	244.088
6	7.7142	6.3941	7.1982	5.3353	6.0139	6.7805	-0.0396	-0.0159	0.2119	-0.2451	-0.0259	0.0751	-0.3148	-0.0713	0.146	0.1939	0.027	-0.0075	0.1402	-0.0242	0.1191	-0.3918	-23.2417	230.71
7	8.6237	-3.0829	7.8748	2.9436	-3.5899	8.6309	-0.2296	0.0116	0.0892	0.0302	0.0998	-0.0489	-0.2639	-0.1902	0.1465	0.1157	0.0041	0.0174	0.1196	-0.0389	0.0728	-3.5198	-31.6177	232.1295
8	6.5934	0.3517	0.1206	2.2778	-0.5845	4.9444	-0.1001	-0.4329	-0.1271	0.3468	0.0308	-0.5668	0.3648	0.324	0.0517	0.1686	0.019	-0.0461	0.1199	-0.0026	0.1438	4.0836	-36.6521	239.5696
9	4.1896	-0.0545	5.4894	3.1152	-0.0052	7.2548	0.1004	-0.3574	-0.043	0.2317	-0.0665	0.2146	0.165	-0.494	-0.0403	0.1335	0.0098	0.0291	0.1734	-0.0103	0.112	-7.2286	-30.7435	242.008
10	4.5883	0.4674	0.2059	4.3949	2.6498	1.5987	-0.0845	-0.4213	-0.0569	0.1681	-0.0788	0.2549	0.0409	-0.3191	-0.0082	0.1201	0.0061	0.0177	0.1445	-0.0288	0.0841	-3.4357	-25.3464	242.577
11	4.2462	-2.8855	5.6695	3.0896	-3.5572	7.7358	-0.1322	0.1686	0.2574	-0.0416	-0.0035	0.0528	-0.3339	0.1794	0.194	0.2175	0.0211	-0.0463	0.1805	0.0022	0.1434	-2.4684	-21.686	234.6013
12	3.6584	1.7067	2.5489	1.7508	1.7093	2.8813	0.0103	-0.1503	-0.0576	0.138	-0.0326	0.0234	0.0563	-0.0509	0	0.1196	0.0172	0.019	0.1109	-0.0009	0.0566	-1.319	-33.0757	237.2116
13	3.0744	2.1883	1.7869	4.1297	2.1993	4.6125	-0.2852	0.1369	-0.0921	-0.2844	0.2012	-0.2284	0.0015	0.3746	0.0932	0.1042	0.0166	0.0166	0.0923	-0.0033	0.0687	2.0218	-35.1873	227.9151
14	7.5453	-0.4126	4.5946	7.8913	-2.0918	3.2285	-0.1021	0.0742	0.0365	-0.0566	0.3547	-0.44	-0.5018	0.985	-0.1766	0.1091	0.0058	-0.0011	0.2668	-0.0549	0.1317	14.3607	-26.792	240.6376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 315 )	A	225 - 315
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 316 through 426 )	A	316 - 426
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 427 through 528 )	A	427 - 528
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 1 through 7 )	C	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 8 through 17 )	C	8 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 18 through 28 )	C	18 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 29 through 39 )	C	29 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 40 through 51 )	C	40 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 52 through 64 )	C	52 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 65 through 73 )	C	65 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 74 through 83 )	C	74 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 84 through 108 )	C	84 - 108
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 109 through 117 )	C	109 - 117
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 118 through 124 )	C	118 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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