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- PDB-5o00: Ure2p5 from Phanerochaete chrysosporium cocrystallized with 1-(S-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o00
タイトルUre2p5 from Phanerochaete chrysosporium cocrystallized with 1-(S-glutathionyl)-2,4-dinitrobenzene.
要素Glutathione transferase Ure2p5
キーワードTRANSFERASE / Glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / DINITROPHENYLENE / Glutathione transferase Ure2p5
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Roret, T. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ure2p5 from Phanerochaete chrysosporium cocrystallized with 1-(S-glutathionyl)-2,4-dinitrobenzene.
著者: Roret, T. / Didierjean, C.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase Ure2p5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,15813
ポリマ－26,4361
非ポリマー1,72212
水2,378132
1
A: Glutathione transferase Ure2p5
ヘテロ分子

A: Glutathione transferase Ure2p5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,31526
ポリマ－52,8722
非ポリマー3,44324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.466, 73.466, 94.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutathione transferase Ure2p5


分子量: 26436.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7B368

-
非ポリマー , 5種, 144分子

#2: 化合物 ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン


分子量: 612.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N6O12S2
#3: 化合物 ChemComp-NIN / DINITROPHENYLENE


分子量: 168.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 3.5M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979502 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→47.47 Å / Num. obs: 19688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2820 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.284 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2722: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F0C

4f0c


解像度: 2.03→38.048 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1767 953 4.85 %
Rwork0.1576 --
obs0.1585 19651 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→38.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 107 132 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7152654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3241102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0301-2.13710.21631430.19012615X-RAY DIFFRACTION100
2.1371-2.2710.18381670.15632606X-RAY DIFFRACTION100
2.271-2.44630.20831260.14332660X-RAY DIFFRACTION100
2.4463-2.69250.17161290.13462632X-RAY DIFFRACTION100
2.6925-3.08190.18041310.13842670X-RAY DIFFRACTION100
3.0819-3.88230.14581340.13722696X-RAY DIFFRACTION100
3.8823-38.05490.18031230.18752819X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58-0.0164-0.03220.1847-0.08430.23510.1269-0.2446-0.11320.3391-0.10680.1291-0.0839-0.00040.11960.2664-0.0190.03340.2253-0.05920.14957.007227.098918.5767
20.07280.0402-0.01060.0237-0.0070.00370.03250.0844-0.1832-0.0938-0.03860.06090.16380.04190.00020.5194-0.08010.05490.4487-0.15620.8255-5.743320.083514.5533
30.35250.01040.11370.2644-0.22010.36920.0163-0.06730.05-0.0038-0.0395-0.0297-0.01310.00560.00010.1359-0.012-0.0030.1371-0.00510.133711.731123.03487.2747
40.4965-0.14420.05320.2308-0.17030.2970.039-0.0576-0.17520.0755-0.0097-0.17320.03760.05450.00140.15190.0069-0.02570.16290.02570.200519.27528.602910.9107
50.0062-0.0039-0.01880.2056-0.01520.0305-0.0719-0.06380.19230.58590.06390.34010.07390.17-0.0260.3649-0.05830.08490.2547-0.00970.22356.424817.439525.095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 133 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 134 through 210 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 211 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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