PDB-5nxa: Crystal structure of Neanderthal Adenylosuccinate Lyase (ADSL)in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nxa

タイトル

Crystal structure of Neanderthal Adenylosuccinate Lyase (ADSL)in complex with its products AICAR and fumarate

要素

Adenylosuccinate lyase

キーワード

LYASE / Adenylosuccinate Lyase / fumarase

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Van Laer, B. / Kapp, U. / Soler-Lopez, M. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Molecular comparison of Neanderthal and Modern Human adenylosuccinate lyase.
著者: Bart Van Laer / Ulrike Kapp / Montserrat Soler-Lopez / Kaja Moczulska / Svante Pääbo / Gordon Leonard / Christoph Mueller-Dieckmann /

要旨: The availability of genomic data from extinct homini such as Neanderthals has caused a revolution in palaeontology allowing the identification of modern human-specific protein substitutions. ...

履歴

登録	2017年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nxa.cif.gz	712 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nxa.ent.gz	590.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nxa_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nxa_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	5nxa_validation.xml.gz	123.1 KB	表示
CIF形式データ	5nxa_validation.cif.gz	167.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	SASDEG5C SASDEH5C SASDEJ5C SASDEK5C SASDEL5C SASDEM5C SASDEN5C SASDEP5C SASDEQ5C SASDER5C 5nx8SC 5nx9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2432 2431 5eyt-1 2j91-d 5nx9-d 5eyv-1 3eps-d 1re5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Adenylosuccinate lyase

B: Adenylosuccinate lyase

C: Adenylosuccinate lyase

D: Adenylosuccinate lyase

E: Adenylosuccinate lyase

F: Adenylosuccinate lyase

G: Adenylosuccinate lyase

H: Adenylosuccinate lyase

ヘテロ分子

446 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylosuccinate lyase

B: Adenylosuccinate lyase

C: Adenylosuccinate lyase

D: Adenylosuccinate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS and size exclusion chromatography confirm tetrameric structure.
223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Adenylosuccinate lyase

F: Adenylosuccinate lyase

G: Adenylosuccinate lyase

H: Adenylosuccinate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS and size exclusion chromatography confirm tetrameric structure.
223 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	356.530, 74.210, 160.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	CYS	CYS	A	A	70 - 483	73 - 486
2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
1	2	SER	SER	LEU	LEU	A	A	9 - 482	12 - 485
2	2	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
1	3	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	8 - 484	11 - 487
2	3	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	8 - 484	11 - 487
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	8 - 484	11 - 487
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	8 - 484	11 - 487
1	5	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	8 - 484	11 - 487
2	5	GLY	GLY	LEU	LEU	F	F	8 - 484	11 - 487
1	6	SER	SER	CYS	CYS	A	A	9 - 483	12 - 486
2	6	SER	SER	CYS	CYS	G	G	9 - 483	12 - 486
1	7	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	8 - 484	11 - 487
2	7	GLY	GLY	LEU	LEU	H	H	8 - 484	11 - 487
1	8	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
2	8	GLU	GLU	CYS	CYS	D	D	70 - 483	73 - 486
1	9	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
2	9	GLU	GLU	CYS	CYS	E	E	70 - 483	73 - 486
1	10	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
2	10	GLU	GLU	CYS	CYS	F	F	70 - 483	73 - 486
1	11	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
2	11	GLU	GLU	CYS	CYS	G	G	70 - 483	73 - 486
1	12	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	8 - 483	11 - 486
2	12	GLU	GLU	CYS	CYS	H	H	70 - 483	73 - 486
1	13	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
2	13	SER	SER	LEU	LEU	D	D	9 - 482	12 - 485
1	14	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
2	14	SER	SER	LEU	LEU	E	E	9 - 482	12 - 485
1	15	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
2	15	SER	SER	LEU	LEU	F	F	9 - 482	12 - 485
1	16	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
2	16	SER	SER	LEU	LEU	G	G	9 - 482	12 - 485
1	17	SER	SER	LEU	LEU	C	C	9 - 482	12 - 485
2	17	SER	SER	LEU	LEU	H	H	9 - 482	12 - 485
1	18	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	8 - 484	11 - 487
2	18	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	8 - 484	11 - 487
1	19	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	8 - 484	11 - 487
2	19	GLY	GLY	LEU	LEU	F	F	8 - 484	11 - 487
1	20	SER	SER	LEU	LEU	D	D	9 - 484	12 - 487
2	20	SER	SER	LEU	LEU	G	G	9 - 484	12 - 487
1	21	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	8 - 484	11 - 487
2	21	GLY	GLY	LEU	LEU	H	H	8 - 484	11 - 487
1	22	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	8 - 484	11 - 487
2	22	GLY	GLY	LEU	LEU	F	F	8 - 484	11 - 487
1	23	SER	SER	LEU	LEU	E	E	9 - 484	12 - 487
2	23	SER	SER	LEU	LEU	G	G	9 - 484	12 - 487
1	24	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	8 - 484	11 - 487
2	24	GLY	GLY	LEU	LEU	H	H	8 - 484	11 - 487
1	25	SER	SER	LEU	LEU	F	F	9 - 484	12 - 487
2	25	SER	SER	LEU	LEU	G	G	9 - 484	12 - 487
1	26	GLY	GLY	LEU	LEU	F	F	8 - 484	11 - 487
2	26	GLY	GLY	LEU	LEU	H	H	8 - 484	11 - 487
1	27	SER	SER	LEU	LEU	G	G	9 - 484	12 - 487
2	27	SER	SER	LEU	LEU	H	H	9 - 484	12 - 487

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase / ASase 分子量: 55216.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens neanderthalensis (ヒト) 遺伝子: ADSL, AMPS / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A384E0N4*PLUS, adenylosuccinate lyase

#1: タンパク質

Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase / ASase

分子量: 55216.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)
遺伝子: ADSL, AMPS / プラスミド: pET14b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A384E0N4*PLUS, adenylosuccinate lyase

-
非ポリマー , 5種, 379分子

#2: 化合物	ChemComp-SSS / N-{[5-AMINO-1-(5-O-PHOSPHONO-BETA-D-ARABINOFURANOSYL)-1H-IMIDAZOL-4-YL]CARBONYL}-L-ASPARTIC ACID / N-{[5-AMINO-1-(5-O-PHOSPHONO-BETA-D-ARABINOFURANOSYL)-1H-IMIDAZOL-4-YL]CARBONYL}-L-ASPARTIC ACID 分子量: 454.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₄O₁₂P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR 分子量: 338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₄O₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20 % ethylene glycol, 10 % PEG8000, 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 0.12 M alcohols (Morpheus screen Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49 Å / Num. obs: 153910 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 42 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.6 % / Num. unique obs: 22475 / CC_1/2: 0.45 / R_rim(I) all: 1.39 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NX8

5nx8

解像度: 2.4→47.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25428	7694	5 %	RANDOM
R_work	0.22027	-	-	-
obs	0.22198	146181	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	1.68 Å²
2-	-	-2.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28814	0	248	361	29423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	29572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	27952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.976	39939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.613	3	64750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.814	5	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.511	23.559	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.47	15	5439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.131	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	32409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.3	5.085	14420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.299	5.085	14418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.89	7.627	17993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.89	7.627	17993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.83	5.469	15152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.83	5.468	15153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.935	8.041	21947
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.751	59.887	33067
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.751	59.887	33064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24100	0.09
1	2	B	24100	0.09
2	1	A	27148	0.07
2	2	C	27148	0.07
3	1	A	28248	0.07
3	2	D	28248	0.07
4	1	A	29498	0.07
4	2	E	29498	0.07
5	1	A	29982	0.07
5	2	F	29982	0.07
6	1	A	30146	0.07
6	2	G	30146	0.07
7	1	A	30174	0.06
7	2	H	30174	0.06
8	1	B	22430	0.1
8	2	D	22430	0.1
9	1	B	24318	0.09
9	2	E	24318	0.09
10	1	B	24228	0.1
10	2	F	24228	0.1
11	1	B	23854	0.09
11	2	G	23854	0.09
12	1	B	25258	0.08
12	2	H	25258	0.08
13	1	C	26620	0.09
13	2	D	26620	0.09
14	1	C	27184	0.07
14	2	E	27184	0.07
15	1	C	26954	0.08
15	2	F	26954	0.08
16	1	C	27160	0.07
16	2	G	27160	0.07
17	1	C	27288	0.07
17	2	H	27288	0.07
18	1	D	28372	0.09
18	2	E	28372	0.09
19	1	D	28242	0.08
19	2	F	28242	0.08
20	1	D	28326	0.08
20	2	G	28326	0.08
21	1	D	28504	0.08
21	2	H	28504	0.08
22	1	E	29324	0.08
22	2	F	29324	0.08
23	1	E	29092	0.08
23	2	G	29092	0.08
24	1	E	30420	0.07
24	2	H	30420	0.07
25	1	F	30064	0.08
25	2	G	30064	0.08
26	1	F	30080	0.08
26	2	H	30080	0.08
27	1	G	29916	0.07
27	2	H	29916	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	568	-
R_work	0.376	10805	-
obs	-	-	99.75 %

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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