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- PDB-5nx9: Crystal structure of Neanderthal Adenylosuccinate Lyase (ADSL) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nx9
タイトルCrystal structure of Neanderthal Adenylosuccinate Lyase (ADSL) in complex with its products AMP and fumarate
要素Adenylosuccinate lyase
キーワードLYASE / Adenylosuccinate Lyase / fumarase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / L-Aspartase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2SA / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FUMARIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Van Laer, B. / Kapp, U. / Soler-Lopez, M. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Molecular comparison of Neanderthal and Modern Human adenylosuccinate lyase.
著者: Bart Van Laer / Ulrike Kapp / Montserrat Soler-Lopez / Kaja Moczulska / Svante Pääbo / Gordon Leonard / Christoph Mueller-Dieckmann /
要旨: The availability of genomic data from extinct homini such as Neanderthals has caused a revolution in palaeontology allowing the identification of modern human-specific protein substitutions. ...The availability of genomic data from extinct homini such as Neanderthals has caused a revolution in palaeontology allowing the identification of modern human-specific protein substitutions. Currently, little is known as to how these substitutions alter the proteins on a molecular level. Here, we investigate adenylosuccinate lyase, a conserved enzyme involved in purine metabolism for which several substitutions in the modern human protein (hADSL) have been described to affect intelligence and behaviour. During evolution, modern humans acquired a specific substitution (Ala429Val) in ADSL distinguishing it from the ancestral variant present in Neanderthals (nADSL). We show here that despite this conservative substitution being solvent exposed and located distant from the active site, there is a difference in thermal stability, but not enzymology or ligand binding between nADSL and hADSL. Substitutions near residue 429 which do not profoundly affect enzymology were previously reported to cause neurological symptoms in humans. This study also reveals that ADSL undergoes conformational changes during catalysis which, together with the crystal structure of a hitherto undetermined product bound conformation, explains the molecular origin of disease for several modern human ADSL mutants.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase
C: Adenylosuccinate lyase
D: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,40330
ポリマ－220,8664
非ポリマー3,53826
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS and size exclusion chromatography confirm tetrameric structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40880 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area60870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.740, 107.490, 209.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAAA9 - 48012 - 483
21SERSERALAALABB9 - 48012 - 483
12SERSERTYRTYRAA9 - 47212 - 475
22SERSERTYRTYRCC9 - 47212 - 475
13SERSERALAALAAA9 - 48012 - 483
23SERSERALAALADD9 - 48012 - 483
14SERSERTYRTYRBB9 - 47212 - 475
24SERSERTYRTYRCC9 - 47212 - 475
15GLYGLYLEULEUBB8 - 48211 - 485
25GLYGLYLEULEUDD8 - 48211 - 485
16SERSERTYRTYRCC9 - 47212 - 475
26SERSERTYRTYRDD9 - 47212 - 475

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenylosuccinate lyase


分子量: 55216.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)
プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A384E0N4*PLUS, adenylosuccinate lyase

-
非ポリマー , 7種, 423分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-2SA / 2-[9-(3,4-DIHYDROXY-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YL)-9H-PURIN-6-YLAMINO]-SUCCINIC ACID / ADENYLOSUCCINIC ACID / アデニロこはく酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 463.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N5O11P
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG1000, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.38 Å / Num. obs: 86413 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 12466 / CC1/2: 0.356 / Rrim(I) all: 1.389 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NX8

5nx8


解像度: 2.3→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.908 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22654 4317 5 %RANDOM
Rwork0.19342 ---
obs0.19506 82019 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.97 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14840 0 227 397 15464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.97820654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.812333550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9251853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78923.61712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.837152791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.23115135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7543.8477433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7543.8467432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1965.7639279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1965.7649280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0384.3847888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0384.3847888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4786.36111376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.1645.42817290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.16145.42917284
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A300980.08
12B300980.08
21A287840.07
22C287840.07
31A302280.07
32D302280.07
41B285180.07
42C285180.07
51B307280.07
52D307280.07
61C285820.07
62D285820.07
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 315 -
Rwork0.321 5996 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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