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- PDB-5nx3: Combinatorial Engineering of Proteolytically Resistant APPI Varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nx3
タイトルCombinatorial Engineering of Proteolytically Resistant APPI Variants that Selectively Inhibit Human Kallikrein 6 for Cancer Therapy
要素
  • (Amyloid-beta A4 protein) x 3
  • Kallikrein-6
キーワードHYDROLASE / Serine_protease / inhibitor / complex / Hydrolase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue regeneration / cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process ...tissue regeneration / cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / regulation of neuron projection development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / signaling receptor activator activity / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of cell differentiation / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / protein autoprocessing / positive regulation of protein metabolic process / neuromuscular process controlling balance / collagen catabolic process / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / regulation of presynapse assembly / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / intercellular bridge / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / myelination / Mitochondrial protein degradation / response to interleukin-1 / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / protein maturation / axonogenesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / platelet alpha granule lumen / secretory granule / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production
類似検索 - 分子機能
Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / PH-like domain superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Kallikrein-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.296 Å
データ登録者Shahar, A. / Sananes, A. / Radisky, E.S. / Papo, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: A potent, proteolysis-resistant inhibitor of kallikrein-related peptidase 6 (KLK6) for cancer therapy, developed by combinatorial engineering.
著者: Sananes, A. / Cohen, I. / Shahar, A. / Hockla, A. / De Vita, E. / Miller, A.K. / Radisky, E.S. / Papo, N.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-6
B: Amyloid-beta A4 protein
D: Amyloid-beta A4 protein
C: Amyloid-beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9384
ポリマ－42,9384
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.058, 77.752, 91.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme


分子量: 24417.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Amyloid-beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 2945.086 Da / 分子数: 1 / Fragment: Inhibitor domain, UNP Residues 294-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P05067
#3: タンパク質 Amyloid-beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 6324.029 Da / 分子数: 1 / Fragment: Inhibitor domain, UNP Residues 306-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P05067
#4: タンパク質 Amyloid-beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 9251.103 Da / 分子数: 1 / Fragment: Inhibitor domain, UNP Residues 289-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P05067
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M tri-Na Citrate pH 5.6, 20% 2-propanol , 20% Polyethylene Glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→48.965 Å / Num. obs: 18865 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 2 % / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.51
反射 シェル解像度: 2.296→2.378 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 1770 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.3521 / % possible all: 95.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AAP & 1LO6

1aap

1lo6


解像度: 2.296→48.965 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 945 5.01 %
Rwork0.1749 --
obs0.1774 18857 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.296→48.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2539 0 0 142 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9123577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5622020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005471
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2961-2.41710.30541470.2401243997
2.4171-2.56850.26221450.21822501100
2.5685-2.76690.27361380.22570100
2.7669-3.04530.24121240.20192551100
3.0453-3.48580.24931140.17392594100
3.4858-4.39130.19681350.1515253597
4.39130.1821420.14572722100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0621-0.5483-0.88772.807-1.44313.60040.07740.196-0.1561-0.022-0.0240.16210.0866-0.1924-0.05190.18350.0072-0.01030.1641-0.02040.1381-1.336753.6752-34.7693
20.1710.24880.40573.48761.12643.46750.0260.43340.116-0.07020.1448-0.07260.33240.527-0.17220.20560.0520.00130.2211-0.04360.2429.119953.9454-37.7388
31.98791.33980.8574.8521.06774.26030.05480.21850.1762-0.3165-0.07310.0591-0.06110.0773-0.05010.140.10640.02920.1775-0.02840.12925.324556.435-36.1147
46.411-0.659-0.5813.21-0.1974.09410.20550.5541-0.1948-0.2716-0.04490.1279-0.2501-0.3676-0.18230.26750.0586-0.02830.12130.02130.1739-2.56160.5488-42.7492
55.56720.91470.32766.5786-0.10972.9438-0.1547-0.01410.56410.10750.35451.0415-0.5771-0.588-0.16180.52920.02880.01340.2775-0.00710.1805-6.93665.9591-23.7952
64.32561.03160.7791.42830.07575.673-0.0428-0.2062-0.42070.1580.08620.05260.4938-0.1126-0.01710.2781-0.00490.01820.16050.04510.1904-3.535948.5534-24.1231
77.45261.70541.57829.1156-2.38141.7253-0.1427-0.90550.93811.09910.20940.1998-1.05730.0654-0.08260.48730.0851-0.07670.381-0.1210.34366.08665.4608-12.5772
83.52190.31380.01193.5341-0.42114.6709-0.0747-0.38680.04880.43970.09710.05370.0443-0.34850.01520.26530.05410.00710.19270.00730.1885-1.786757.4689-21.9237
93.1571-2.42521.87736.3872-0.12071.6738-0.0606-0.73440.14580.26010.1319-0.1481-0.2391-0.2769-0.01220.46790.12740.01280.2763-0.00190.18833.21751.7783-12.8904
103.28940.5474-1.38674.02361.35992.1337-0.03460.15620.5539-0.00690.1484-0.2394-0.8692-0.2878-0.11150.3610.0196-0.01980.15450.00280.27894.013469.8288-31.5296
114.51624.1623-1.98734.71590.21788.9584-0.0317-0.11460.13980.3296-0.48480.49070.1944-0.53140.36130.24120.0044-0.06680.2914-0.08740.2887-21.407270.6032-34.5477
125.61650.1735-2.11247.5115-0.08817.5679-0.1639-0.17040.25490.0165-0.0205-0.2094-0.1507-0.01050.21390.21710.0017-0.07590.20480.00910.1724-15.617272.5751-38.3169
138.366-3.07510.34918.074.25292.85830.19620.18840.2827-1.0193-0.4676-0.1378-1.013-0.51110.11570.4619-0.0449-0.01990.3320.06450.2472-13.454379.6693-44.8398
146.5728-5.00331.39686.7612-1.04584.660.2024-0.07980.2910.1137-0.4406-0.57270.46650.38830.21620.2203-0.029-0.05350.29180.05850.28817.595644.347-22.9008
156.6992-3.97551.02422.39420.02768.54760.43370.35180.2548-0.4143-0.4841-0.55170.39260.56530.01830.23290.0547-0.01580.29220.02830.292920.414542.3502-24.7418
165.58462.10831.76547.9656-3.66293.26690.74981.18970.3779-1.0072-0.7753-0.2466-0.78470.6787-0.03620.57590.24440.14910.70550.0560.453128.049539.5169-29.8768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 123 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 124 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 141 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 165 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 180 through 215 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 216 through 225 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 226 through 244 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 18 through 47 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 48 through 57 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 3 through 24 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 25 through 47 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 48 through 55 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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