PDB-5nwf: Enterococcus faecalis FIC protein (H111A).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nwf

タイトル

Enterococcus faecalis FIC protein (H111A).

要素

Fic family protein

キーワード

TOXIN

機能・相同性

Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Fic family protein

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Veyron, S. / Cherfils, J.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A Ca2+-regulated deAMPylation switch in human and bacterial FIC proteins.
著者: Veyron, S. / Oliva, G. / Rolando, M. / Buchrieser, C. / Peyroche, G. / Cherfils, J.

履歴

登録	2017年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nwf.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nwf.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nwf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/5nwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/5nwf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nv5C 6ep0C 6ep2C 6ep5C 6er8C 6erbC 5nuw PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nv5-3 5yjp-d 6qh9-1 5nv5-1 2pka-2 6shi-2 3hyg-2 6sv0-d 6shh-2 4kak-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fic family protein

B: Fic family protein

49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fic family protein

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fic family protein

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.669, 77.107, 103.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Fic family protein 分子量: 24569.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: D350_01176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6S0Y1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50mM Tris pH 8.0, 200mM NaCl, 1mM MgCl2 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-sodium citrate pH 5.6, 15% (w:v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→103.15 Å / Num. obs: 19240 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 61.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NUW

5nuw
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.6→61.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.449 / SU R_free Blow DPI: 0.281 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.278

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	993	5.16 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.194	19240	99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.1971 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.4786 Å²	0 Å²
3-	-	-	16.7185 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→61.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3344	0	0	170	3514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	3405	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	4583	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1261	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		106	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		477	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3405	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.26
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		430	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3974	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.74 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	130	4.64 %
R_work	0.232	2673	-
all	0.233	2803	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1438	0.2873	0.0733	1.9366	1.172	3.6694	0.152	-0.1715	-0.1702	0.3706	-0.074	-0.1081	0.4284	0.0106	-0.078	-0.063	-0.0658	-0.0744	-0.0685	0.0699	-0.105	22.2912	-9.224	-6.1784
2	1.47	0.435	-0.2883	2.1657	0.1506	3.3048	0.0897	0.1546	-0.4887	-0.162	-0.1355	0.0174	0.4883	-0.1212	0.0458	-0.0645	0.0562	-0.0811	-0.1466	-0.0361	-0.0308	10.319	-25.0224	-37.6451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)