登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nw9 |
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タイトル | Crystal structure of the complex of Tdp1 with duplex DNA |
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要素 | - DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
- Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
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キーワード | HYDROLASE / protein-DNA complex / DNA repair / Nucleosidase / phosphotyrosine diesterase |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å |
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Model details | Tdp1 with product of nucleoside cleavage |
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データ登録者 | Richardson, J.M. / Ruksenaite, E. / Morris, E.R. |
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資金援助 | 英国, 1件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Biotechnology and Biological Sciences Research Council | BJ000884 | 英国 |
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis for DNA 3'-end processing by human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1. 著者: Flett, F.J. / Ruksenaite, E. / Armstrong, L.A. / Bharati, S. / Carloni, R. / Morris, E.R. / Mackay, C.L. / Interthal, H. / Richardson, J.M. |
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履歴 | 登録 | 2017年5月5日 | 登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE |
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改定 1.0 | 2018年1月10日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2018年1月17日 | Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title |
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改定 1.2 | 2018年6月27日 | Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] ..._pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] |
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改定 1.3 | 2019年10月16日 | Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell |
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改定 1.4 | 2024年1月17日 | Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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