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- PDB-5nvn: Crystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nvn
タイトルCrystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
キーワードTRANSLATION / translational regulation / translation initiation / cap-binding protein / eIF4E-binding protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / mTORC1-mediated signalling ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / rescue of stalled ribosome / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of translation / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Peter, D. / Sandmeir, F. / Valkov, E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: GIGYF1/2 proteins use auxiliary sequences to selectively bind to 4EHP and repress target mRNA expression.
著者: Peter, D. / Weber, R. / Sandmeir, F. / Wohlbold, L. / Helms, S. / Bawankar, P. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,94711
ポリマ－52,6244
非ポリマー3227
水3,981221
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3583
ポリマ－26,3122
非ポリマー461
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5888
ポリマ－26,3122
非ポリマー2766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.400, 83.390, 70.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 / eIF4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E homologous protein / Eukaryotic ...eIF4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E homologous protein / Eukaryotic translation initiation factor 4E-like 3 / eIF4E-like protein 4E-LP / mRNA cap-binding protein 4EHP / h4EHP / mRNA cap-binding protein type 3


分子量: 21979.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first six residues of the coordinate sequence belong to the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E2, EIF4EL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O60573
#2: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I


分子量: 4333.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first residue of the coordinate sequence belongs to the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4EBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 1.7 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.7 Å / Num. obs: 33907 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 2495 / Rsym value: 1.138 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JGB

2jgb


解像度: 1.9→41.695 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.85
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 1696 5 %Random selection
Rwork0.2264 ---
obs0.2277 33898 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3273 0 21 221 3515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5294608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0032053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8999-1.95580.35531410.30662670X-RAY DIFFRACTION100
1.9558-2.01890.3091410.26772684X-RAY DIFFRACTION100
2.0189-2.0910.28951390.25712643X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.17480.26971400.24592664X-RAY DIFFRACTION100
2.1748-2.27370.30871420.2422693X-RAY DIFFRACTION100
2.2737-2.39360.30541410.23632667X-RAY DIFFRACTION100
2.3936-2.54350.30021410.23712685X-RAY DIFFRACTION100
2.5435-2.73990.25561410.23442684X-RAY DIFFRACTION100
2.7399-3.01560.24731410.23582665X-RAY DIFFRACTION100
3.0156-3.45170.25121420.21892703X-RAY DIFFRACTION100
3.4517-4.34810.2161420.19242707X-RAY DIFFRACTION100
4.3481-41.7050.20011450.21342737X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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