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万見
- PDB-5nvj: SH3 domain from Mouse cortactin (C 1 2 1 crystal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nvj
タイトルSH3 domain from Mouse cortactin (C 1 2 1 crystal form)
要素Src substrate cortactin
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / cortactin / signaling / cancer / invadopodium
機能・相同性
機能・相同性情報


lamellipodium organization / site of polarized growth / Arp2/3 complex binding / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / modification of postsynaptic structure / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / regulation of mitophagy / postsynaptic actin cytoskeleton / profilin binding ...lamellipodium organization / site of polarized growth / Arp2/3 complex binding / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / modification of postsynaptic structure / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / regulation of mitophagy / postsynaptic actin cytoskeleton / profilin binding / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of actin filament polymerization / positive regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / focal adhesion assembly / podosome / proline-rich region binding / dendritic spine maintenance / regulation of axon extension / cortical actin cytoskeleton / cortical cytoskeleton / positive regulation of actin filament polymerization / extrinsic apoptotic signaling pathway / clathrin-coated pit / voltage-gated potassium channel complex / ruffle / neuron projection morphogenesis / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell motility / actin filament / intracellular protein transport / actin filament binding / cell junction / lamellipodium / cell cortex / actin cytoskeleton organization / postsynapse / dendritic spine / focal adhesion / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hs1/Cortactin / Cortactin, SH3 domain / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...Hs1/Cortactin / Cortactin, SH3 domain / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / CITRIC ACID / Src substrate cortactin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Twafra, S. / Dessau, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SH3 domain from Mouse cortactin (C 1 2 1 crystal form)
著者: Twafra, S. / Gil-Henn, H. / Dessau, M.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Src substrate cortactin
B: Src substrate cortactin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1306
ポリマ－13,6052
非ポリマー5254
水2,558142
1
A: Src substrate cortactin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2074
ポリマ－6,8031
非ポリマー4043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Src substrate cortactin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9232
ポリマ－6,8031
非ポリマー1201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.610, 35.430, 64.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 135.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-268-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Src substrate cortactin


分子量: 6802.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cttn, Ems1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q60598
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 1% benzamidine hydrochloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→44.7 Å / Num. obs: 40754 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 3626 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X69

1x69


解像度: 1.18→44.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 --
Rwork0.189 --
obs-36051 92.4 %
原子変位パラメータBiso max: 99.73 Å2 / Biso mean: 23.0236 Å2 / Biso min: 9.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 37 142 1136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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