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- PDB-1tud: ALPHA-SPECTRIN SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN, CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tud
タイトルALPHA-SPECTRIN SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN, CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48
要素ALPHA-SPECTRIN
キーワードCYTOSKELETON / CAPPING PROTEIN / CALCIUM-BINDING / DUPLICATION / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Viguera, A.R. / Serrano, L. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
著者: Viguera, A.R. / Blanco, F.J. / Serrano, L.
履歴
登録1996年2月29日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-SPECTRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1291
ポリマ－7,1291
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.950, 42.880, 54.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-SPECTRIN


分子量: 7129.172 Da / 分子数: 1 / 断片: SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN
変異: CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48, INS(M-D48), INS(SG-T4)
由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ...詳細: THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ASP 62 (C-TERMINUS) OF THE WT-SH3 SEQUENCE ARE LINKED BY TWO ADDITIONAL RESIDUES (SER 2, GLY 3). THE CHAIN IS CLEAVED BETWEEN ASN 47 AND ASP 48. MET 0 IS ADDED AT THE NEW N-TERMINUS.
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). ...THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ASP 62 (C-TERMINUS) OF THE WT-SH3 SEQUENCE ARE LINKED BY TWO ADDITIONAL RESIDUES (SER 2, GLY 3). THE CHAIN IS CLEAVED BETWEEN ASN 47 AND ASP 48. MET 0 IS ADDED AT THE NEW N-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→100 Å / Num. obs: 6591 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.043

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.77→6 Å / σ(F): 1
詳細: THE FIRST TWO RESIDUES OF THE NEW N-TERMINUS (MET 0, ASP 48) ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数
Rfree0.248 -
Rwork0.184 -
obs0.184 6467
原子変位パラメータBiso mean: 13.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数485 0 0 57 542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.447
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.143
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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