PDB-5nuq: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nuq

タイトル

Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry

要素

Outer membrane protein F
Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / lipid asymmetry / lipoprotein / phospholipid translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry.
著者: Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

履歴

登録	2017年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nuq.cif.gz	931.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nuq.ent.gz	782.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nuq_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nuq_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5nuq_validation.xml.gz	84.8 KB	表示
CIF形式データ	5nuq_validation.cif.gz	113.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nuoC 5nupC 5nurC 2zfgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cvr-2 5c3r-d 5c3s-d 3v98-d 7bw0-d 3044 4x6g-2 2b5l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane protein F

B: Outer membrane protein F

C: Outer membrane protein F

D: Outer membrane protein F

E: Outer membrane protein F

F: Outer membrane protein F

G: Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA

H: Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA

ヘテロ分子

278 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane protein F

C: Outer membrane protein F

E: Outer membrane protein F

H: Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer membrane protein F

D: Outer membrane protein F

F: Outer membrane protein F

G: Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.491, 163.039, 230.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Outer membrane protein F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein IA / Porin OmpF 分子量: 37114.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: タンパク質	Probable phospholipid-binding lipoprotein mlaA 分子量: 26299.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: mlaA, ERS381432_02710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U8E5M0
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→94.242 Å / Num. obs: 72631 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.985 / R_pim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.27 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4398 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.494 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZFG

2zfg

解像度: 3.2→94.242 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3065	5662	7.82 %
R_work	0.2383	-	-
obs	0.2436	72392	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→94.242 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18952	0	100	0	19052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	26317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.055	11115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2364	0.4043	214	0.3365	2132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2364-3.2744	0.3956	204	0.3274	2202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2744-3.3144	0.3289	180	0.3143	2199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3144-3.3563	0.4182	182	0.2835	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3563-3.4005	0.3569	194	0.2658	2226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4005-3.4471	0.2984	189	0.2621	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4471-3.4963	0.3295	196	0.2693	2200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4963-3.5485	0.3118	164	0.274	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5485-3.604	0.3427	193	0.2779	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.6631	0.3286	179	0.2696	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6631-3.7262	0.3505	188	0.2442	2230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7262-3.794	0.3485	186	0.2464	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-3.867	0.3513	184	0.2489	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.867-3.9459	0.3168	184	0.2414	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9459-4.0317	0.2908	181	0.2291	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0317-4.1255	0.3336	198	0.2315	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1255-4.2287	0.3142	200	0.2237	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2287-4.343	0.3114	166	0.2116	2239	X-RAY DIFFRACTION	100
4.343-4.4708	0.2686	168	0.2163	2229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4708-4.6151	0.2653	188	0.2155	2255	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6151-4.78	0.2611	187	0.2103	2203	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-4.9714	0.282	188	0.2099	2222	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9714-5.1976	0.2731	210	0.2111	2214	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1976-5.4716	0.2828	193	0.2014	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4716-5.8144	0.2648	188	0.2157	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8144-6.2633	0.2699	197	0.2114	2242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2633-6.8934	0.2579	182	0.2053	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8934-7.8904	0.292	177	0.2048	2263	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8904-9.9394	0.2426	198	0.1946	2302	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9394-94.283	0.2762	204	0.2498	2389	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0223	-0.2026	-0.2681	1.214	-0.2688	1.3107	-0.0809	0.1363	-0.067	-0.0017	0.064	-0.1675	0.0221	0.0364	0.0207	0.4032	-0.0454	0.0513	0.2549	-0.0448	0.2294	-25.4579	-21.0446	4.6819
2	0.6365	-0.224	0.1147	0.7544	-0.4421	1.2128	-0.1364	-0.116	0.147	0.1699	0.0263	0.0732	0.0304	0.0375	0.0923	0.4716	-0.0268	-0.0131	0.2401	-0.0867	0.2874	-26.2191	-59.8195	30.2614
3	1.3366	-0.5877	0.1181	1.5799	0.3022	0.8642	-0.1397	-0.1618	0.1213	0.306	0.1015	-0.2128	0.1354	0.204	0.0309	0.5234	-0.0988	-0.0305	0.3184	-0.0576	0.2256	-20.0226	-5.6192	39.3918
4	1.2936	-0.1211	-0.4267	1.0284	-0.0562	0.2748	-0.0468	0.287	-0.0314	-0.2306	-0.051	0.0597	-0.0255	-0.0453	0.0988	0.4497	-0.0539	-0.0533	0.3606	-0.021	0.173	-20.6939	-75.5257	-4.3736
5	0.5271	-0.1055	0.2927	0.4025	0.0838	0.8377	-0.0951	0.0953	0.3466	0.1703	0.014	-0.2221	-0.6642	0.3095	0.0294	0.7771	-0.1457	0.1428	0.2755	0.0351	0.4303	-20.2687	16.74	8.0841
6	0.6627	-0.0815	-0.2823	0.9359	0.0376	0.4773	-0.2337	-0.0733	-0.3261	0.1508	-0.0093	0.0567	0.4707	-0.0254	0.132	0.7072	-0.0614	0.1316	0.2644	-0.0051	0.3501	-21.7535	-97.7178	26.8859
7	0.4271	0.2955	0.2512	0.5218	-0.2316	0.7772	-0.4277	-0.3787	-0.1609	0.2718	0.0503	0.0235	0.1528	-0.2745	0.1894	0.7657	0.0944	0.241	0.5584	0.055	0.3343	-42.0482	-85.6298	68.8215
8	0.2118	-0.4111	0.3542	1.1633	-0.0097	2.4892	-0.0548	0.2025	0.1066	-0.5467	-0.2621	-0.0519	-0.1922	0.0085	0.2772	0.4949	-0.0812	0.0281	0.4472	0.0758	0.3401	-41.0824	4.6151	-33.8766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 340)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 340)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1 through 340)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 340)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 1 through 340)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 1 through 340)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 11 through 210)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 12 through 210)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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