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- PDB-5nsf: Structure of AzuAla -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nsf
タイトルStructure of AzuAla
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / nncA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-96Z / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.426 Å
データ登録者Martins, B.M.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2019
タイトル: Site-Resolved Observation of Vibrational Energy Transfer Using a Genetically Encoded Ultrafast Heater.
著者: Baumann, T. / Hauf, M. / Schildhauer, F. / Eberl, K.B. / Durkin, P.M. / Deniz, E. / Loffler, J.G. / Acevedo-Rocha, C.G. / Jaric, J. / Martins, B.M. / Dobbek, H. / Bredenbeck, J. / Budisa, N.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.title
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tyrosine--tRNA ligase
A: Tyrosine--tRNA ligase
C: Tyrosine--tRNA ligase
D: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,84814
ポリマ－145,4814
非ポリマー1,36810
水3,873215
1
B: Tyrosine--tRNA ligase
C: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3076
ポリマ－72,7402
非ポリマー5674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tyrosine--tRNA ligase
D: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5418
ポリマ－72,7402
非ポリマー8016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.140, 70.633, 77.624
Angle α, β, γ (deg.)85.70, 89.75, 83.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 36370.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物
ChemComp-96Z / (2~{S})-2-azanyl-3-(2,6-dihydroazulen-1-yl)propanoic acid


分子量: 217.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Cacl2, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.426→46.272 Å / Num. obs: 153410 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.67 % / Net I/σ(I): 22.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1168: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U7D

1u7d


解像度: 2.426→46.272 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 2088 5 %
Rwork0.1824 --
obs0.1853 41771 93.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.426→46.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9793 0 87 215 10095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89113548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.246267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4257-2.48210.2831340.20372560X-RAY DIFFRACTION92
2.4821-2.54420.29221440.21742740X-RAY DIFFRACTION96
2.5442-2.6130.29531420.21142682X-RAY DIFFRACTION96
2.613-2.68990.30721430.21642715X-RAY DIFFRACTION95
2.6899-2.77670.27851380.20292621X-RAY DIFFRACTION93
2.7767-2.87590.2731340.20052548X-RAY DIFFRACTION90
2.8759-2.9910.27661430.2132721X-RAY DIFFRACTION96
2.991-3.12710.281420.21832708X-RAY DIFFRACTION95
3.1271-3.2920.27861420.2062684X-RAY DIFFRACTION94
3.292-3.49810.26431330.19552530X-RAY DIFFRACTION90
3.4981-3.76810.25131390.17662645X-RAY DIFFRACTION94
3.7681-4.14710.22421430.1562715X-RAY DIFFRACTION95
4.1471-4.74670.19241330.1422533X-RAY DIFFRACTION90
4.7467-5.97830.1661430.16232708X-RAY DIFFRACTION96
5.9783-46.28060.20721350.17552573X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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