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- PDB-5wx2: Crystal structure of porcine kidney D-amino acid oxidase mutant (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wx2
タイトルCrystal structure of porcine kidney D-amino acid oxidase mutant (I230A/R283G)
要素D-amino-acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDASE / FAD-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / dopamine biosynthetic process ...Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / dopamine biosynthetic process / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / presynaptic active zone / digestion / FAD binding / cell projection / peroxisome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Motojima, F. / Yasukawa, K. / Ohno, A. / Asano, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JST, ERATO 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tailoring D-amino acid oxidase from the pid kidney to R-stereoselective amine oxidase and its use in the deracemization of 4-chlorobenzhydrylamine
著者: Yasukawa, K. / Motojima, F. / Ohno, A. / Asano, Y.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
E: D-amino-acid oxidase
F: D-amino-acid oxidase
G: D-amino-acid oxidase
H: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,34544
ポリマ－313,8858
非ポリマー9,46136
水1,26170
1
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,08413
ポリマ－78,4712
非ポリマー2,61311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
2
C: D-amino-acid oxidase
D: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,70710
ポリマ－78,4712
非ポリマー2,2368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
3
E: D-amino-acid oxidase
F: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,82511
ポリマ－78,4712
非ポリマー2,3549
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
4
G: D-amino-acid oxidase
H: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,72910
ポリマ－78,4712
非ポリマー2,2588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area27510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.402, 270.896, 135.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-522-

HOH

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要素

#1: タンパク質
D-amino-acid oxidase / DAO


分子量: 39235.590 Da / 分子数: 8 / 変異: I230A, R283G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DAO / プラスミド: pUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00371, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物...
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 3350, 15% MPD, 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Bis-Tris-HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.17 Å / Num. obs: 62192 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / CC1/2: 0.926 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WGT

3wgt


解像度: 3→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 20.348 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25335 2943 4.7 %RANDOM
Rwork0.16519 ---
obs0.16945 59226 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.635 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.84 Å20 Å2-0 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----4.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21640 0 630 70 22340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01922941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.97431345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97347957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12652711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56823.5331084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.911153526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.84515160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02125241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.024923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6076.2710832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6076.26910831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8919.413529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.899.413530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1326.48412108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1316.48312105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1629.60217805
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.18169.38725860
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.18169.38825861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 219 -
Rwork0.224 4344 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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