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- PDB-5ns4: Crystal structures of Cy3 cyanine fluorophores stacked onto the e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ns4
タイトルCrystal structures of Cy3 cyanine fluorophores stacked onto the end of double-stranded RNA
要素
  • 50S ribosomal protein L5
  • RNA (34-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cy3 / fluorophores / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-96T / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL5
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Cyanine Fluorophores Stacked onto the End of Double-Stranded RNA.
著者: Liu, Y. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L5
B: 50S ribosomal protein L5
C: RNA (34-MER)
D: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,85212
ポリマ－62,2374
非ポリマー6168
水1,29772
1
A: 50S ribosomal protein L5
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6858
ポリマ－31,1182
非ポリマー5676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
2
B: 50S ribosomal protein L5
D: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1674
ポリマ－31,1182
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.757, 122.432, 51.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / TL4 / TthL5


分子量: 20590.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: rplE, rpl5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41201
#2: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10527.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-96T / 3-[(2~{Z})-2-[(~{E})-3-[3,3-dimethyl-1-(3-oxidanylpropyl)indol-1-ium-2-yl]prop-2-enylidene]-3,3-dimethyl-indol-1-yl]propan-1-ol / 2-[3-[1-(3-ヒドロキシプロピル)-3,3-ジメチル-1H-インド-ル-2(3H)-イリデン]-1-プロペニル(以下略)


分子量: 445.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C29H37N2O2
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM sodium cacodylate at pH 6.5, 100 mM Mg(CH3COO)2, 50 mM KF, 15% PEG 8000 drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979601 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979601 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.88 Å / Num. obs: 23654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 48.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09978 / Rrim(I) all: 0.1141 / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 6.26 / Num. unique obs: 2309 / Rrim(I) all: 0.1834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MJI

1mji


解像度: 2.4→46.88 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1195 5.07 %
Rwork0.2598 --
obs0.261 23593 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.67 Å2 / Biso mean: 37.1008 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 1325 7 72 3701
Biso mean--30.11 41.44 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5315404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49610.32511190.316124562575100
2.4961-2.60970.34541420.324124532595100
2.6097-2.74730.35871340.331124272561100
2.7473-2.91940.30411360.320224562592100
2.9194-3.14480.30231330.307424852618100
3.1448-3.46110.30021270.262624762603100
3.4611-3.96170.27311310.249424992630100
3.9617-4.99050.25751340.21982508264299
4.9905-47.09820.261390.23622638277799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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