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- PDB-5nrm: Crystal structure of the sixth cohesin from Acetivibrio celluloly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrm
タイトルCrystal structure of the sixth cohesin from Acetivibrio cellulolyticus' scaffoldin B in complex with Cel5 dockerin S51I, L52N mutant
要素
  • DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S51I, L52N mutant
  • Endoglucanase
キーワードCELL ADHESION / cellulosome / cohesin / dockerin / type I cohesin-dockerin / Coh-Doc / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / CarboxypepD_reg-like domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain ...Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / CarboxypepD_reg-like domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S51I, L52N mutant / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bule, P. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.G.A. / Alves, V.D.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses generate novel specificities to assemble the components of multienzyme bacterial cellulosome complexes.
著者: Bule, P. / Cameron, K. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Smith, S.P. / Gilbert, H.J. / Bayer, E.A. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.G.A. / Alves, V.D.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S51I, L52N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9145
ポリマ－21,7932
非ポリマー1203
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.490, 59.950, 51.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase / scaffoldin


分子量: 14488.091 Da / 分子数: 1 / 断片: ScaB Type I cohesin domain UNP residues 1472-1611 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: cipV / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RPL0, cellulase
#2: タンパク質 DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S51I, L52N mutant


分子量: 7305.331 Da / 分子数: 1 / 断片: Type I dockerin domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: BglC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFJ7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 % / Mosaicity: 0.45 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 28% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→18.98 Å / Num. obs: 33539 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 76946 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.422.30.438368616330.5030.3560.5661.895.1
7.67-18.982.50.045082030.9950.0310.0518.792.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.4→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.053 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1590 4.7 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1796 31929 96.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.15 Å2 / Biso mean: 17.362 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.09 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 3 199 1732
Biso mean--15.89 24.68 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.9732161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90233521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9075217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61326.61362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58615269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.937152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 128 -
Rwork0.305 2305 -
all-2433 -
obs--94.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5690.01490.51080.4496-0.22870.87180.00120.0767-0.0279-0.0328-0.0057-0.00520.03840.05140.00450.0121-0.0017-0.01180.061-0.00250.019-42.244-57.09154.38
23.6587-0.6021.79411.66240.25083.0102-0.305-0.60680.48980.16640.0824-0.1227-0.3632-0.36260.22260.07710.0581-0.05970.164-0.08520.0961-29.048-46.21670.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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