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- PDB-5noe: Anthranilate phosphoribosyltransferase from Thermococcus kodakaraensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5noe
タイトルAnthranilate phosphoribosyltransferase from Thermococcus kodakaraensis
要素Anthranilate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / tryptophan biosynthesis (トリプトファン) / phosphoribosyltransferase / archaea (古細菌) / zinc binding (亜鉛)
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2017
タイトル: Anthranilate phosphoribosyltransferase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis shows maximum activity with zinc and forms a unique dimeric structure.
著者: Perveen, S. / Rashid, N. / Tang, X.F. / Imanaka, T. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details / _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support / _refine_hist.d_res_low
改定 1.22024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5244
ポリマ－137,5244
非ポリマー00
水17,493971
1
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7622
ポリマ－68,7622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
2
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7622
ポリマ－68,7622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.870, 85.613, 180.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Anthranilate phosphoribosyltransferase /


分子量: 34381.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPERTHERMOPHILE
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
遺伝子: trpD, TK0253 / プラスミド: TkTpD-pET21a / 詳細 (発現宿主): E.coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL
参照: UniProt: Q9YGB4, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % / 解説: Rods
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96598 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→49.27 Å / Num. obs: 100253 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.91-1.984.61.0031.50.536195.9
7.4-49.274.40.0640.996198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gvq

2gvq


解像度: 1.91→49.27 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 4930 4.92 %
Rwork0.1872 --
obs0.1896 100170 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9613 0 0 971 10584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.313280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1515990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.93170.31091600.2863023X-RAY DIFFRACTION95
1.9317-1.95440.3331540.28543061X-RAY DIFFRACTION96
1.9544-1.97830.34891530.27033051X-RAY DIFFRACTION96
1.9783-2.00330.3011740.26613110X-RAY DIFFRACTION98
2.0033-2.02970.3021740.24433120X-RAY DIFFRACTION98
2.0297-2.05750.26841370.2233173X-RAY DIFFRACTION99
2.0575-2.08690.24791670.21943128X-RAY DIFFRACTION98
2.0869-2.1180.27941690.21783150X-RAY DIFFRACTION100
2.118-2.15110.28371640.21753135X-RAY DIFFRACTION98
2.1511-2.18640.25211490.21523185X-RAY DIFFRACTION99
2.1864-2.22410.281690.20763142X-RAY DIFFRACTION99
2.2241-2.26450.26591880.19913152X-RAY DIFFRACTION98
2.2645-2.30810.23661490.20153171X-RAY DIFFRACTION99
2.3081-2.35520.23761600.19323112X-RAY DIFFRACTION98
2.3552-2.40640.26181560.2053133X-RAY DIFFRACTION98
2.4064-2.46240.24851470.20533193X-RAY DIFFRACTION99
2.4624-2.5240.27451580.19653185X-RAY DIFFRACTION99
2.524-2.59220.2621460.1943214X-RAY DIFFRACTION100
2.5922-2.66850.25151700.1923179X-RAY DIFFRACTION100
2.6685-2.75460.22641750.19183182X-RAY DIFFRACTION99
2.7546-2.8530.26861890.19283195X-RAY DIFFRACTION99
2.853-2.96730.23691720.19633174X-RAY DIFFRACTION99
2.9673-3.10230.21991670.18713202X-RAY DIFFRACTION100
3.1023-3.26580.24711660.1883218X-RAY DIFFRACTION100
3.2658-3.47040.22791580.17223196X-RAY DIFFRACTION98
3.4704-3.73820.19431560.16193259X-RAY DIFFRACTION99
3.7382-4.11430.20261750.15623233X-RAY DIFFRACTION100
4.1143-4.70920.18661840.1463259X-RAY DIFFRACTION100
4.7092-5.93150.21641910.17423268X-RAY DIFFRACTION99
5.9315-49.28960.24271530.18233437X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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