PDB-5noe: Anthranilate phosphoribosyltransferase from Thermococcus kodakaraensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5noe

タイトル

Anthranilate phosphoribosyltransferase from Thermococcus kodakaraensis

要素

Anthranilate phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / tryptophan biosynthesis / phosphoribosyltransferase / archaea / zinc binding

機能・相同性

機能・相同性情報

anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2017
タイトル: Anthranilate phosphoribosyltransferase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis shows maximum activity with zinc and forms a unique dimeric structure.
著者: Perveen, S. / Rashid, N. / Tang, X.F. / Imanaka, T. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2017年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details / _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support / _refine_hist.d_res_low
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5noe.cif.gz	266.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5noe.ent.gz	216.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5noe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5noe_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5noe_full_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示
XML形式データ	5noe_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	5noe_validation.cif.gz	84.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5noe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5noe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nofC 2gvqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vqu-d 6kp6-d 1v8g-d 1khd-1 3r88-d 1khd-2 1sr5-d 3ows-d 5bk9-1 5hsx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anthranilate phosphoribosyltransferase

B: Anthranilate phosphoribosyltransferase

C: Anthranilate phosphoribosyltransferase

D: Anthranilate phosphoribosyltransferase

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anthranilate phosphoribosyltransferase

C: Anthranilate phosphoribosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Anthranilate phosphoribosyltransferase

D: Anthranilate phosphoribosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.870, 85.613, 180.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Anthranilate phosphoribosyltransferase 分子量: 34381.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPERTHERMOPHILE 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 遺伝子: trpD, TK0253 / プラスミド: TkTpD-pET21a / 詳細 (発現宿主): E.coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL 参照: UniProt: Q9YGB4, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Anthranilate phosphoribosyltransferase

分子量: 34381.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPERTHERMOPHILE
由来: (組換発現)

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
遺伝子: trpD, TK0253 / プラスミド: TkTpD-pET21a / 詳細 (発現宿主): E.coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL
参照: UniProt: Q9YGB4, anthranilate phosphoribosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96598 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→49.27 Å / Num. obs: 100253 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.91-1.98	4.6	1.003	1.5	0.536	1	95.9
7.4-49.27	4.4	0.064		0.996	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2gvq

2gvq

解像度: 1.91→49.27 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	4930	4.92 %
R_work	0.1872	-	-
obs	0.1896	100170	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→49.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9613	0	0	971	10584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	9797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3	13280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.151	5990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1750

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.9317	0.3109	160	0.286	3023	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9317-1.9544	0.333	154	0.2854	3061	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9544-1.9783	0.3489	153	0.2703	3051	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9783-2.0033	0.301	174	0.2661	3110	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0033-2.0297	0.302	174	0.2443	3120	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0297-2.0575	0.2684	137	0.223	3173	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0575-2.0869	0.2479	167	0.2194	3128	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0869-2.118	0.2794	169	0.2178	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.1511	0.2837	164	0.2175	3135	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1511-2.1864	0.2521	149	0.2152	3185	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1864-2.2241	0.28	169	0.2076	3142	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2241-2.2645	0.2659	188	0.1991	3152	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2645-2.3081	0.2366	149	0.2015	3171	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3081-2.3552	0.2376	160	0.1932	3112	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3552-2.4064	0.2618	156	0.205	3133	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4064-2.4624	0.2485	147	0.2053	3193	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4624-2.524	0.2745	158	0.1965	3185	X-RAY DIFFRACTION	99
2.524-2.5922	0.262	146	0.194	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5922-2.6685	0.2515	170	0.192	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6685-2.7546	0.2264	175	0.1918	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7546-2.853	0.2686	189	0.1928	3195	X-RAY DIFFRACTION	99
2.853-2.9673	0.2369	172	0.1963	3174	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9673-3.1023	0.2199	167	0.1871	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1023-3.2658	0.2471	166	0.188	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2658-3.4704	0.2279	158	0.1722	3196	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4704-3.7382	0.1943	156	0.1619	3259	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7382-4.1143	0.2026	175	0.1562	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1143-4.7092	0.1866	184	0.146	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7092-5.9315	0.2164	191	0.1742	3268	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9315-49.2896	0.2427	153	0.1823	3437	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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