PDB-5nno: Structure of TbALDH3 complexed with NAD and AN3057 aldehyde

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nno

タイトル

Structure of TbALDH3 complexed with NAD and AN3057 aldehyde

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / ALDH / Trypanosoma brucei / glycosomal / oxaborole / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular aldehyde metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zoltner, M. / Zhang, N. / Horn, D. / Field, M.C.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Host-parasite co-metabolic activation of antitrypanosomal aminomethyl-benzoxaboroles.
著者: Zhang, N. / Zoltner, M. / Leung, K.F. / Scullion, P. / Hutchinson, S. / Del Pino, R.C. / Vincent, I.M. / Zhang, Y.K. / Freund, Y.R. / Alley, M.R.K. / Jacobs, R.T. / Read, K.D. / Barrett, M.P. ...

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nno.cif.gz	383.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nno.ent.gz	315.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nno_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nno_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5nno_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	5nno_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mypS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5myp-d 4kp2-1 2xal-d 6ys8-d 4djk-d 2r47-d 6fkv-d 4jx2-d 4ga6-d 3csl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.168, 62.524, 92.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 489 / Label seq-ID: 6 - 489

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase / TbALDH3 分子量: 59962.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: TbgDal_VI2840,Tb427.06.3050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9ZQX6
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-92N / 4-[(1-oxidanyl-3~{H}-2,1-benzoxaborol-5-yl)oxy]benzaldehyde 分子量: 254.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁BO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M LiSO4, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.862
1	1	L, -K, H	2	0.138

反射

解像度: 2.5→46.56 Å / Num. obs: 34306 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 7.8 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 3730 / CC_1/2: 0.968 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MYP

5myp

解像度: 2.5→46.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.827 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.76 / SU B: 26.014 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.075
詳細: INTENSITY BASED TWIN REFINEMENT HAS BEEN USED; HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27807	1736	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23389	-	-	-
obs	0.23613	32560	85.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.145 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.85 Å²	0 Å²	-4.06 Å²
2-	-	-13.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	21.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→46.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7512	0	126	200	7838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.988	10750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.991	3	17538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.651	5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.399	23.83	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.188	15	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.981	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.04	0.201	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.041	0.202	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	0.3	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.016	0.301	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.241	0.272	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.241	0.272	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.346	0.411	5829
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.967	2.748	8426
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.954	2.715	8410
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 30730 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	128	-
R_work	0.311	2260	-
obs	-	-	93.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3541	-1.0481	-0.3054	1.4457	0.3018	2.3653	-0.1412	-0.0664	0.0182	0.1116	0.0417	-0.0004	0.3063	-0.0208	0.0994	0.4243	0.0007	-0.0186	0.187	0.0266	0.0243	85.9981	-15.8237	136.1067
2	0.2044	-0.0945	0.3845	0.7186	0.4692	2.3277	0.0369	0.0547	-0.1327	-0.1132	0.3162	-0.2245	0.0148	0.3915	-0.3532	0.4818	0.0066	0.0157	0.338	-0.1167	0.268	91.6223	-8.0158	122.7223
3	0.4595	-0.0628	0.2037	0.5911	0.016	1.1643	0.0189	0.0618	-0.019	-0.0734	0.0207	0.0209	0.112	-0.025	-0.0396	0.3696	0.0112	-0.0041	0.2386	-0.0143	0.0033	80.3131	-1.412	120.6378
4	1.6698	1.2926	-0.9805	3.6279	0.7869	1.649	0.1586	-0.0336	0.3542	-0.0062	-0.0993	0.6483	-0.0193	-0.1312	-0.0593	0.3625	-0.0228	-0.0509	0.3565	0.0028	0.1618	66.5195	-0.8946	107.05
5	1.2789	-0.3378	0.8137	0.6038	-0.4012	1.6643	-0.0093	0.139	-0.0094	-0.0635	0.0016	0.0032	-0.1377	0.0789	0.0077	0.3758	-0.0251	0.0364	0.2347	-0.0114	0.0049	86.6913	12.4628	120.5049
6	1.7819	0.3832	1.4821	1.4186	-0.3562	1.6078	0.2237	0.0802	-0.4093	0.1137	-0.1452	-0.7604	0.0374	0.1261	-0.0785	0.6434	-0.0226	0.1306	0.4004	0.0507	0.5353	108.2819	27.6774	162.543
7	2.866	-0.0612	-0.6707	1.7046	0.1814	3.9561	-0.1179	0.1896	0.3869	-0.0895	0.0461	0.0569	-0.2309	-0.0929	0.0718	0.301	0.0032	0.0158	0.1218	0.0147	0.091	84.1468	31.7895	136.3957
8	0.4596	-0.0979	0.3882	0.6853	-0.0313	1.0141	-0.0159	-0.0183	0.0392	0.0696	-0.0051	-0.0553	-0.0465	0.0674	0.021	0.3388	-0.0099	0.0065	0.2437	0.0009	0.0072	92.6328	19.9592	149.9794
9	2.3211	0.3125	-0.2633	0.1693	0.5243	3.5063	-0.0051	-0.1865	-0.186	0.091	0.0046	0.0027	-0.0705	-0.0469	0.0004	0.4651	0.0077	0.0228	0.3148	0.025	0.0856	90.4724	22.7623	176.7286
10	0.5375	0.0842	-0.218	1.2182	-0.0048	2.1108	0.0004	-0.1252	-0.1647	0.4213	-0.1362	0.5158	0.41	0.0075	0.1357	0.601	-0.0278	0.0817	0.3553	0.0005	0.3345	90.7573	5.7106	171.3013
11	0.5511	0.3722	0.466	0.4934	-0.2067	1.5302	0.0817	0.0725	-0.0794	-0.0085	-0.0888	-0.0894	0.1986	0.3156	0.0071	0.3616	0.0672	-0.0005	0.2623	-0.027	0.0525	98.0447	5.8308	146.9946
12	2.7486	-2.9291	1.8244	3.1648	-1.9533	1.22	-0.099	0.0394	0.3649	-0.0097	-0.1222	-0.5042	-0.0343	0.1048	0.2212	0.8188	0.0415	0.0603	0.7078	-0.0099	0.4347	91.7008	-7.9189	103.8828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	307 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	349 - 468
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	469 - 489
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	6 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	45 - 285
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	286 - 329
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	330 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	383 - 463
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	464 - 489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)