PDB-5nmd: 868 TCR Specific for HLA A02 presenting HIV Epitope SLYNTVATL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nmd

タイトル

868 TCR Specific for HLA A02 presenting HIV Epitope SLYNTVATL

要素

Human T-cell Receptor, beta chain
human T-cell Receptor alpha chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / CD8+

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Sewell, A.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Dual Molecular Mechanisms Govern Escape at Immunodominant HLA A2-Restricted HIV Epitope.
著者: Cole, D.K. / Fuller, A. / Dolton, G. / Zervoudi, E. / Legut, M. / Miles, K. / Blanchfield, L. / Madura, F. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Bridgeman, J.S. / Miles, J.J. / Schauenburg, A.J.A. ...

履歴

登録	2017年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nmd.cif.gz	367.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nmd.ent.gz	300.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nmd_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nmd_full_validation.pdf.gz	494 KB	表示
XML形式データ	5nmd_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	5nmd_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/5nmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/5nmd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nmeC 5nmfC 5nmgC 5nmhC 5nmkC 2bnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ww1-d 3skn-5 3skn-2 3skn-4 6xqq-1 3rgv-2 2cde-2 4g8f-d 6fur-1 2nw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: human T-cell Receptor alpha chain

B: Human T-cell Receptor, beta chain

C: human T-cell Receptor alpha chain

D: Human T-cell Receptor, beta chain

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: human T-cell Receptor alpha chain

B: Human T-cell Receptor, beta chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: human T-cell Receptor alpha chain

D: Human T-cell Receptor, beta chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.470, 50.620, 114.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	SER	SER	A	A	2 - 201	1 - 200
2	1	LYS	LYS	SER	SER	C	C	2 - 201	1 - 200
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	1 - 242	1 - 242
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	D	D	1 - 242	1 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	human T-cell Receptor alpha chain 分子量: 22224.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Human T-cell Receptor, beta chain 分子量: 27440.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→43.81 Å / Num. obs: 60507 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4492 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BNU

2bnu

解像度: 2.07→43.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 11.417 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22319	3051	5 %	RANDOM
R_work	0.18857	-	-	-
obs	0.19039	57421	98.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	-1.41 Å²
2-	-	2.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→43.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6998	0	41	207	7246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.97	1.938	9872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	3	14582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.267	5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.445	24.56	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.929	15	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.492	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.25	3.252	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.249	3.251	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.621	4.858	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.621	4.859	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.912	3.584	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.783	3.555	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.28	5.212	5387
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.053	38.038	7725
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.016	37.935	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11822	0.1
1	2	C	11822	0.1
2	1	B	15486	0.09
2	2	D	15486	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.072→2.126 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	240	-
R_work	0.288	4224	-
obs	-	-	99.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0323	-1.7682	0.275	3.4569	-2.2941	5.8678	-0.0939	0.0514	-0.2729	-0.0461	-0.0716	-0.214	0.3573	0.4609	0.1655	0.0794	-0.0108	0.0156	0.0779	0.007	0.14	48.7464	-10.6079	28.7977
2	5.1598	-0.4058	-1.667	5.4904	1.8424	6.4084	0.22	0.2154	0.7439	0.027	-0.0697	-0.5749	-0.8384	0.3747	-0.1502	0.1995	-0.0687	-0.0816	0.1944	0.1543	0.2897	32.3201	16.6646	18.3434
3	2.3231	-1.171	0.4878	7.2342	0.7792	2.5258	-0.0825	0.0429	-0.116	0.0586	0.1081	0.0746	0.1127	-0.1736	-0.0257	0.0282	-0.0208	-0.0176	0.0252	0.0084	0.0316	36.0968	-10.3167	48.2205
4	2.7059	-0.3927	0.6314	1.4524	0.1942	6.1798	-0.1419	0.2145	0.127	0.1434	0.0909	0.0164	-0.2221	-0.327	0.051	0.035	0.0126	-0.0339	0.0549	0.0164	0.1051	21.5523	8.8974	28.6888
5	5.2522	0.6841	1.6936	2.3434	-1.4776	4.8704	-0.1032	0.0235	-0.1183	-0.1198	0.069	0.0131	-0.0778	-0.2741	0.0342	0.0707	0.0524	0.0606	0.176	0.0049	0.1284	60.0591	0.6644	11.0712
6	5.2072	1.2375	-0.0788	7.0144	0.464	4.2078	0.1438	-0.727	0.2937	0.4856	-0.0356	0.2799	-0.3235	-0.4963	-0.1082	0.1981	0.0212	0.0207	0.7022	0.0862	0.2624	76.0698	5.1211	40.9873
7	4.033	0.7247	1.0162	3.9881	0.5592	5.598	-0.1912	0.4039	0.0703	-0.3373	0.0904	-0.3829	0.0609	0.2441	0.1008	0.0935	0.0696	0.0531	0.2384	0.1421	0.2122	73.2785	17.3649	2.0855
8	2.7584	-0.4284	0.401	4.5148	-1.3803	2.5091	-0.0269	-0.3764	0.1392	0.1718	0.1205	0.1955	-0.2485	-0.3898	-0.0936	0.0341	-0.0038	-0.0192	0.3575	0.0418	0.2073	86.7237	9.5437	29.0522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	115 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	115 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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