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万見
- PDB-5nm2: A2A Adenosine receptor cryo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nm2
タイトルA2A Adenosine receptor cryo structure
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードSIGNALING PROTEIN / room-temperature / serial crystallography / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / positive regulation of urine volume / sensory perception / response to caffeine / blood circulation / positive regulation of glutamate secretion / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / regulation of calcium ion transport / alpha-actinin binding / asymmetric synapse / axolemma / membrane depolarization / prepulse inhibition / cellular defense response / phagocytosis / neuron projection morphogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / astrocyte activation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / positive regulation of protein secretion / response to amphetamine / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / electron transport chain / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic membrane / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / dendrite / lipid binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Weinert, T. / Cheng, R. / James, D. / Gashi, D. / Nogly, P. / Jaeger, K. / Dore, A.S. / Geng, T. / Cooke, R. / Hennig, M. / Standfuss, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Serial millisecond crystallography for routine room-temperature structure determination at synchrotrons.
著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / Dore, A.S. / Geng, T. / Cooke, R.M. / Liang, M. / Prota, A.E. / Panneels, V. / Nogly, P. / Ermler, U. / Schertler, G. / Hennig, M. / Steinmetz, M.O. / Wang, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,18025
ポリマ－47,9971
非ポリマー7,18324
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.428, 179.599, 139.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 7種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.0, 0.05M sodium thiocyanate, 28-34% PEG400, 5 mM ZM241385, 2% (v/v) 1,6-hexanedio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→50 Å / Num. obs: 32392 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 1.948→2 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1670 / CC1/2: 0.461 / Rrim(I) all: 0.918 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IU4

5iu4


解像度: 1.948→41.373 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 1588 4.9 %
Rwork0.1746 --
obs0.1763 32381 87.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→41.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2998 0 395 132 3525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1554924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0022296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9484-2.01130.32351090.29141905X-RAY DIFFRACTION61
2.0113-2.08320.26751050.22731927X-RAY DIFFRACTION61
2.0832-2.16660.24391140.21852191X-RAY DIFFRACTION70
2.1666-2.26520.2231340.20792391X-RAY DIFFRACTION76
2.2652-2.38460.24121500.19623093X-RAY DIFFRACTION97
2.3846-2.5340.22791610.17443093X-RAY DIFFRACTION98
2.534-2.72960.19791590.163179X-RAY DIFFRACTION100
2.7296-3.00420.18362050.14893162X-RAY DIFFRACTION100
3.0042-3.43870.19881370.15763216X-RAY DIFFRACTION100
3.4387-4.33170.20091660.15363253X-RAY DIFFRACTION100
4.3317-41.38260.2211480.18973383X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1578-0.06170.29911.26720.27931.4251-0.0062-0.0329-0.012-0.043-0.02170.0810.0365-0.14430.02150.2984-0.0150.01310.3350.00790.2654-6.343-3.306320.9057
2-0.4588-1.4537-0.20943.3632-0.0521-0.3722-0.022-0.0866-0.0994-0.30020.0803-0.28680.11550.0693-0.02790.45070.0669-0.03580.4048-0.01650.808918.6728-44.779321.9325
30.4825-0.21030.09850.7951-0.78630.24470.06830.0853-0.237-0.2905-0.0471-0.03470.25430.075-0.04960.42290.0431-0.00080.2846-0.01530.34395.7123-20.711512.0624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 186 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 187 through 1080 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1081 through 305 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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