PDB-5nlt: CvAA9A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nlt

タイトル

CvAA9A

要素

CvAA9A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Collariella virescens (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Frandsen, K.E.H. / Poulsen, J.-C.N. / Tandrup, T. / Schnorr, K. / Tovborg, M. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and electronic determinants of lytic polysaccharide monooxygenase reactivity on polysaccharide substrates.
著者: Simmons, T.J. / Frandsen, K.E.H. / Ciano, L. / Tryfona, T. / Lenfant, N. / Poulsen, J.C. / Wilson, L.F.L. / Tandrup, T. / Tovborg, M. / Schnorr, K. / Johansen, K.S. / Henrissat, B. / Walton, ...

履歴

登録	2017年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nlt.cif.gz	298.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nlt.ent.gz	240.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nlt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nlt_validation.pdf.gz	495.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nlt_full_validation.pdf.gz	509.3 KB	表示
XML形式データ	5nlt_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	5nlt_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nkwC 5nlnC 5nloC 5nlpC 5nlqC 5nlrC 5nlsC 5achS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ydc-4 6ydc-2 6ydf-1 2vcn-d 6ydd-1 2vcf-d 5l86-1 5za7-d 3v8e-2 5tjx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CvAA9A

B: CvAA9A

C: CvAA9A

D: CvAA9A

E: CvAA9A

F: CvAA9A

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: CvAA9A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.000, 59.420, 115.450
Angle α, β, γ (deg.)	102.67, 98.89, 89.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIC / Beg label comp-ID: HIC / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	A	A	1 - 223	1 - 223
2	1	ASP	ASP	B	B	1 - 223	1 - 223
1	2	ASP	ASP	A	A	1 - 223	1 - 223
2	2	ASP	ASP	C	C	1 - 223	1 - 223
1	3	ALA	ALA	A	A	1 - 224	1 - 224
2	3	ALA	ALA	D	D	1 - 224	1 - 224
1	4	ASP	ASP	A	A	1 - 223	1 - 223
2	4	ASP	ASP	E	E	1 - 223	1 - 223
1	5	ALA	ALA	A	A	1 - 224	1 - 224
2	5	ALA	ALA	F	F	1 - 224	1 - 224
1	6	GLN	GLN	B	B	1 - 225	1 - 225
2	6	GLN	GLN	C	C	1 - 225	1 - 225
1	7	ASP	ASP	B	B	1 - 223	1 - 223
2	7	ASP	ASP	D	D	1 - 223	1 - 223
1	8	GLN	GLN	B	B	1 - 225	1 - 225
2	8	GLN	GLN	E	E	1 - 225	1 - 225
1	9	ASP	ASP	B	B	1 - 223	1 - 223
2	9	ASP	ASP	F	F	1 - 223	1 - 223
1	10	ASP	ASP	C	C	1 - 223	1 - 223
2	10	ASP	ASP	D	D	1 - 223	1 - 223
1	11	ASP	ASP	C	C	1 - 226	1 - 226
2	11	ASP	ASP	E	E	1 - 226	1 - 226
1	12	ASP	ASP	C	C	1 - 223	1 - 223
2	12	ASP	ASP	F	F	1 - 223	1 - 223
1	13	ASP	ASP	D	D	1 - 223	1 - 223
2	13	ASP	ASP	E	E	1 - 223	1 - 223
1	14	ALA	ALA	D	D	1 - 224	1 - 224
2	14	ALA	ALA	F	F	1 - 224	1 - 224
1	15	ASP	ASP	E	E	1 - 223	1 - 223
2	15	ASP	ASP	F	F	1 - 223	1 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	CvAA9A 分子量: 27791.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Collariella virescens / 由来: (組換発現) Collariella virescens (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / Variant (発現宿主): MT3568 / 参照: UniProt: A0A223GEC9*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 33.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4 0.1M NaCl 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 90992 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.16 % / CC_1/2: 0.991 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.69 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 6493 / CC_1/2: 0.643 / R_rim(I) all: 0.828 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ACH

5ach

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 6.044 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24441	4376	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19792	-	-	-
obs	0.20034	80720	89.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0.99 Å²	0.79 Å²
2-	-	0.43 Å²	-0.26 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10532	0	46	1031	11609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	11091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	9890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.949	15157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.847	3	22965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.848	5	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.179	24.812	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.434	15	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.917	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	12746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.11	2.502	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.109	2.501	5465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.202	3.745	6839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.201	3.746	6840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.593	2.703	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.532	2.678	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.95	3.913	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.176	20.656	13477
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.081	20.468	13056
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25940	0.08
1	2	B	25940	0.08
2	1	A	25772	0.09
2	2	C	25772	0.09
3	1	A	26086	0.09
3	2	D	26086	0.09
4	1	A	26102	0.08
4	2	E	26102	0.08
5	1	A	25970	0.09
5	2	F	25970	0.09
6	1	B	25494	0.1
6	2	C	25494	0.1
7	1	B	25730	0.07
7	2	D	25730	0.07
8	1	B	26016	0.09
8	2	E	26016	0.09
9	1	B	25600	0.08
9	2	F	25600	0.08
10	1	C	25856	0.08
10	2	D	25856	0.08
11	1	C	25902	0.09
11	2	E	25902	0.09
12	1	C	25608	0.09
12	2	F	25608	0.09
13	1	D	25980	0.08
13	2	E	25980	0.08
14	1	D	25942	0.08
14	2	F	25942	0.08
15	1	E	25998	0.09
15	2	F	25998	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	197	-
R_work	0.42	3627	-
obs	-	-	54.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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