PDB-5nlm: Complex between a UDP-glucosyltransferase from Polygonum tinctori...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nlm

タイトル

Complex between a UDP-glucosyltransferase from Polygonum tinctorium capable of glucosylating indoxyl and indoxyl sulfate

要素

indoxyl UDP-glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / UDPglucose:indoxyl glucosyltransferase GT-B UGT indigo

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Persicaria tinctoria (アイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Welner, D.H. / Hsu, T. / Dueber, J. / Adams, P.D.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国
Bakar Fellows Program		米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1605465	米国
Department of Defense (DOD, United States)		米国

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Employing a biochemical protecting group for a sustainable indigo dyeing strategy.
著者: Hsu, T.M. / Welner, D.H. / Russ, Z.N. / Cervantes, B. / Prathuri, R.L. / Adams, P.D. / Dueber, J.E.

履歴

登録	2017年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_ref_seq Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nlm.cif.gz	520.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nlm.ent.gz	439.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nlm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nlm_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nlm_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	5nlm_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	5nlm_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nlm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vceS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6su7-1 2acl-1 6dev-2 6su6-1 1bjg-1 2nsy-d 1mdf-d 1yy7-d 6su6-2 3qxb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: indoxyl UDP-glucosyltransferase

B: indoxyl UDP-glucosyltransferase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: indoxyl UDP-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: indoxyl UDP-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.000, 172.820, 48.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	indoxyl UDP-glucosyltransferase 分子量: 51904.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Persicaria tinctoria (アイ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: A0A2R2JFJ4*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-IOS / 3-SULFOOXY-1H-INDOLE / インドキシル硫酸分子量: 213.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO₄S / コメント: 毒素*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MgCl2*6H20, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月5日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→48.41 Å / Num. obs: 55926 / % possible obs: 97.97 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.08972 / Net I/σ(I): 15.58
反射シェル	解像度: 2.14→2.216 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.519 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 4759 / CC_1/2: 0.327 / % possible all: 84.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vce

2vce

解像度: 2.14→48.41 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	2780	4.97 %
R_work	0.2254	-	-
obs	0.2268	55921	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→48.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6986	0	33	104	7123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.516	9776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.689	4341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.1769	0.3877	113	0.3563	2162	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1769-2.2165	0.4162	123	0.3424	2361	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2165-2.2591	0.3502	127	0.3352	2506	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2591-2.3052	0.3606	119	0.3156	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3052-2.3554	0.3101	138	0.2982	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3554-2.4101	0.2975	149	0.2866	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4101-2.4704	0.3208	147	0.2798	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4704-2.5372	0.2958	141	0.2639	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5372-2.6119	0.285	142	0.2522	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6119-2.6962	0.3009	125	0.2628	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6962-2.7925	0.3123	132	0.2616	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7925-2.9043	0.2765	142	0.2634	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9043-3.0365	0.3038	143	0.2606	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0365-3.1965	0.271	130	0.2572	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1965-3.3968	0.2883	165	0.2575	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3968-3.659	0.264	156	0.2325	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.659-4.027	0.2239	154	0.1973	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.027-4.6094	0.1928	145	0.1683	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6094-5.8059	0.1915	144	0.1761	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8059-49.5733	0.2134	145	0.1915	2953	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6199	-1.3505	2.0908	3.0431	-2.0648	3.9386	0.1672	-0.252	0.583	0.0867	-0.148	-0.0705	-0.2347	0.2274	-0.0086	0.3025	-0.0135	0.0199	0.3314	-0.1033	0.3815	-36.3669	51.9572	3.1742
2	7.0109	0.2383	-1.0677	2.7538	0.1345	1.9186	-0.0272	-0.4494	-0.2565	0.1841	-0.0118	0.0183	0.1989	0.0897	0.0545	0.2813	-0.0219	-0.0322	0.279	0.0085	0.1816	-33.9894	39.3788	2.927
3	6.4344	1.2022	0.0795	3.7385	0.2494	1.4422	-0.1046	0.3901	0.1658	-0.2247	0.1687	-0.4574	0.0829	0.1711	-0.0442	0.2776	-0.0221	0.0688	0.3487	0.0047	0.2822	-19.336	44.9199	-6.0181
4	8.1184	-0.7563	0.7933	3.41	-0.0419	2.1745	0.0105	-1.0686	0.577	0.3423	0.0177	-0.2541	-0.0431	0.0298	-0.0403	0.2695	-0.0297	0.0376	0.4592	-0.1224	0.4107	-4.5382	49.794	6.0761
5	8.8077	1.1758	-0.1518	1.0462	-0.5241	2.3474	0.2726	1.6044	3.0277	-0.2177	-0.0183	0.2218	-0.5996	-0.0879	-0.0659	0.6102	0.0393	0.0065	0.4423	0.2777	0.9536	-23.1772	59.4397	-10.0723
6	3.7192	0.6137	0.4592	7.5984	1.632	3.3255	0.0453	-0.0023	0.8054	0.6462	-0.3935	0.4909	-0.6141	-0.2473	0.3503	0.5579	-0.0184	0.0144	0.3498	-0.0226	0.6909	-42.2863	81.7772	18.1827
7	5.6073	-1.3391	-1.3109	1.9808	-1.1974	7.3636	0.1845	0.3507	0.7715	0.6012	-0.0471	-0.8816	-1.3756	0.1056	-0.0877	0.8713	-0.0301	-0.0349	0.5072	0.1564	1.3505	-16.8214	98.8083	9.0461
8	6.7291	4.3841	0.137	6.1576	-0.0346	4.2282	0.0442	-0.2508	-0.2349	1.3801	-0.0353	-1.3174	-0.6117	0.731	-0.0155	0.934	-0.0379	-0.3122	0.5164	0.0429	1.0389	-23.4354	85.201	24.3478
9	8.2151	1.9995	2.0006	1.9989	1.9992	2.0004	-0.0201	0.1247	0.1137	0.7583	0.1346	-0.1288	-0.8379	-0.2842	0.0175	1.345	-0.7903	0.02	2.0721	0.1078	0.7783	-20.6033	39.561	0.8298
10	8.088	0.3484	-2.356	3.8408	-0.2864	1.9992	1.2117	0.1431	0.5186	-0.1947	-0.9521	0.2846	-0.2896	-0.0016	-0.2473	1.4085	-0.0995	0.3797	1.5985	-0.4313	2.6257	-38.4623	89.7943	17.9421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 436 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 437 through 477 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 274 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 275 through 355 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 356 through 477 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and resid 1002
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and resid 1001

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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