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- PDB-5nl6: The crystal structure of the two spectrin repeat domains from Ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nl6
タイトルThe crystal structure of the two spectrin repeat domains from Entamoeba histolytica
要素Calponin domain family protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Spectrin Repeats / Actinin / Entamoeba histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif ...Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Calponin domain family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Djinovic-Carugo, K. / Khan, M.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Calcium modulates the domain flexibility and function of an alpha-actinin similar to the ancestral alpha-actinin.
著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / ...著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / Marlovits, T.C. / Bhattacharya, A. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calponin domain family protein
B: Calponin domain family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4684
ポリマ－55,3122
非ポリマー1562
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimeric assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.084, 59.978, 187.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calponin domain family protein / alpha-actinin


分子量: 27655.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI7A_134780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N9TIJ7
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MgCl2 6H2O, 0.1M HEPES pH 6.5, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.9 Å / Num. obs: 33531 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4759 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→46.813 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1693 5.06 %
Rwork0.1834 --
obs0.1866 33449 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 8 472 4179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7025090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.412374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.11040.28121150.23172576X-RAY DIFFRACTION98
2.1104-2.17860.25841430.20482590X-RAY DIFFRACTION100
2.1786-2.25640.28341340.19152599X-RAY DIFFRACTION100
2.2564-2.34680.27931710.19822587X-RAY DIFFRACTION100
2.3468-2.45360.26431480.20082615X-RAY DIFFRACTION100
2.4536-2.58290.30561310.19832637X-RAY DIFFRACTION100
2.5829-2.74470.25031350.19582632X-RAY DIFFRACTION100
2.7447-2.95660.25711310.19612643X-RAY DIFFRACTION100
2.9566-3.25410.27441420.19382656X-RAY DIFFRACTION100
3.2541-3.72480.23731550.16822661X-RAY DIFFRACTION100
3.7248-4.69210.20581320.15612731X-RAY DIFFRACTION100
4.6921-46.82540.22981560.18012829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20260.13120.22810.98320.91671.0540.03550.1103-0.0057-0.0179-0.0008-0.10790.01080.0615-0.00330.15820.0072-0.01160.1178-0.00930.142719.587326.835234.358
20.5063-0.2635-0.31451.04421.11381.31940.00270.0695-0.1967-0.17440.0894-0.1102-0.203-0.02220.01340.2756-0.03720.01490.2221-0.06680.2462-6.1832-7.3153-9.638
31.07540.43490.56020.56030.82511.00720.05610.1583-0.1254-0.03890.1704-0.12490.04060.23850.02390.3144-0.00970.01370.3435-0.07490.29239.9718-12.4216-16.0461
41.3227-0.7872-0.5591.86590.39561.28080.1527-0.06090.0545-0.12310.0883-0.3646-0.00150.04330.04380.20910.02140.03860.3189-0.05550.266134.931121.18926.4444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 243:367))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 368:477))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 249:367))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 368:476))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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