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万見
- PDB-6a68: the crystal structure of rat calcium-dependent activator protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a68
タイトルthe crystal structure of rat calcium-dependent activator protein for secretion (CAPS) DAMH domain
要素Calcium-dependent secretion activator 1
キーワードEXOCYTOSIS / exocytosis DCV transition
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of neuronal dense core vesicle membrane / catecholamine secretion / dense core granule / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / vesicle organization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / synaptic vesicle priming / exocytosis / positive regulation of exocytosis ...extrinsic component of neuronal dense core vesicle membrane / catecholamine secretion / dense core granule / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / vesicle organization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / synaptic vesicle priming / exocytosis / positive regulation of exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / establishment of localization in cell / protein transport / presynapse / cytoplasmic vesicle / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-dependent secretion activator / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / PH domain profile. ...Calcium-dependent secretion activator / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Calcium-dependent secretion activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Zhou, H. / Wei, Z.Q. / Yao, D.Q. / Zhang, R.G. / Ma, C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Analysis of the CAPS SNARE-Binding Domain Required for SNARE Complex Formation and Exocytosis.
著者: Zhou, H. / Wei, Z. / Wang, S. / Yao, D. / Zhang, R. / Ma, C.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent secretion activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6022
ポリマ－21,5631
非ポリマー391
水19811
1
A: Calcium-dependent secretion activator 1
ヘテロ分子

A: Calcium-dependent secretion activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2044
ポリマ－43,1252
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.305, 149.305, 81.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1101-

K

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent secretion activator 1 / Calcium-dependent activator protein for secretion 1 / rCAPS


分子量: 21562.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cadps, Caps, Caps1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62717
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18-25% (v/v) PEG 3350, 0.1M Succinic acid (pH 7.0-7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 12274 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rpim(I) all: 0.276 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.901→24.884 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Anomalous signal for residue 0 MET was very weak, and could not be identified as MSE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 559 4.87 %
Rwork0.2559 10926 -
obs0.2574 11485 93.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.88 Å2 / Biso mean: 49.1338 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→24.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 1 11 1294
Biso mean--40.53 23.43 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.741795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.957766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9009-3.19220.3941170.35112155227276
3.1922-3.65290.33921230.28942842296598
3.6529-4.59750.27441500.22929103060100
4.5975-24.88510.2421690.2313019318899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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