PDB-5nkz: Crystal structure of H. polymorpha ubiquitin conjugating enzyme P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nkz

タイトル

Crystal structure of H. polymorpha ubiquitin conjugating enzyme Pex4p in complex with soluble domain of Pex22p

要素

Peroxin 22
Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa

キーワード

TRANSFERASE / Pex4 / Pex22 / Ubiquitin conjugating enzyme / Crystallization / Hansenula polymorpha / Peroxisome import

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome organization / peroxisomal membrane / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pichia angusta (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Danda, N. / Lunev, S. / Ali, A. / Groves, M.R. / Williams, C.

資金援助

オランダ, Qatar, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex.
著者: Groves, M.R. / Schroer, C.F.E. / Middleton, A.J. / Lunev, S. / Danda, N. / Ali, A.M. / Marrink, S.J. / Williams, C.

履歴

登録	2017年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nkz.cif.gz	247.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nkz.ent.gz	200.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nkz_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nkz_full_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示
XML形式データ	5nkz_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5nkz_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/5nkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/5nkz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5nl8C 2y9mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2i1l-1 5c1s-2 4mcj-3 4cim-d 6dwu-33 2i1l-2 1s4m-2 3lid-1 6dwf-1 3q0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa

D: Peroxin 22

C: Peroxin 22

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa

74.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa

C: Peroxin 22

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, 1:1 interaction stoichiometry of the Pex22S:Pex4p complex in vitro was confirmed by SLS analysis.
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Peroxin 22

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa

ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.683, 61.582, 78.441
Angle α, β, γ (deg.)	89.18, 78.02, 84.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	2 - 183	4 - 185
2	1	ALA	ALA	TYR	TYR	B	D	2 - 183	4 - 185
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	D	B	51 - 153	29 - 131
2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	51 - 153	29 - 131

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa / E2 ubiquitin-conjugating enzyme PEX4 / Peroxin-4 / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-protein ligase 分子量: 21671.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: PEX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60015, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質	Peroxin 22 分子量: 15625.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: PEX22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2T0X6

#1: タンパク質

Ubiquitin-conjugating enzyme E2-21 kDa / E2 ubiquitin-conjugating enzyme PEX4 / Peroxin-4 / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-protein ligase

分子量: 21671.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: PEX4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60015, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

#2: タンパク質

Peroxin 22

分子量: 15625.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: PEX22 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2T0X6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS Propane pH 7.8, 0.2 M sodium sulphate, 22 % w/v PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→48.0397 Å / Num. obs: 20450 / % possible obs: 95.02 % / 冗長度: 3.93 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 6.03
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 5.49 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 1822 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Pex4:Pex22 complex coordinates from S. cerevisae (PDB: 2Y9M(Williams et al. 2012); 33/57 % and 14/35 % identity/similarity, respectively) as starting model

2y9m

解像度: 2.85→48.0397 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 60.112 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2837	980	5 %	RANDOM
R_work	0.23608	-	-	-
obs	0.2385	18451	95.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	-0.04 Å²	-2.49 Å²
2-	-	-0.81 Å²	5.69 Å²
3-	-	-	-3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→48.0397 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4639	0	0	0	4639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	4763
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.965	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.158	3	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.281	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.019	24.727	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.173	15	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.592	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.327	4.493	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.326	4.492	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.826	6.733	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.825	6.734	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.141	4.693	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.14	4.693	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.657	6.943	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.058	52.633	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.058	52.63	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11432	0.1
1	2	B	11432	0.1
2	1	D	6186	0.12
2	2	C	6186	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.78→2.852 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.476	64	-
R_work	0.453	1222	-
obs	-	-	87.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9994	-0.0512	-0.359	3.3485	-0.431	7.4353	-0.2284	0.4925	0.5508	-0.1938	0.0978	0.1426	-0.3797	-0.2543	0.1306	0.0916	-0.0346	-0.0011	0.1456	-0.1002	0.3438	-1.3187	27.0794	10.7215
2	1.5976	0.8038	-0.1246	2.4018	1.7813	6.1136	-0.0764	-0.3244	0.1822	0.0267	0.2243	0.0151	-0.1484	0.2388	-0.1478	0.043	-0.0244	0.0861	0.2832	-0.2668	0.3648	8.1971	25.7731	22.7209
3	4.1447	-2.4763	0.1534	3.8058	0.433	6.8617	0.3215	0.8453	0.7242	-0.5048	-0.3075	0.1681	-0.5254	-0.7798	-0.014	0.2413	0.015	0.0404	0.5316	-0.0654	0.653	-8.5157	10.2549	-3.2462
4	3.4337	-2.6714	-3.7216	7.2919	-0.1533	6.1191	-0.4633	0.0981	-0.4257	-0.0603	0.0683	0.6473	0.6046	-0.1832	0.395	0.1589	-0.0525	-0.0029	0.21	-0.1865	0.2956	-2.8913	2.6149	2.3558
5	2.1086	1.3569	2.1598	5.5217	4.2636	7.3715	0.0951	0.1898	-0.1798	-0.1322	0.0848	0.3654	0.3659	-0.2186	-0.1799	0.1471	-0.0623	0.0702	0.1982	-0.1307	0.3684	-1.3249	-9.8157	-5.0388
6	6.3252	-4.8482	-3.1417	6.5131	3.418	1.9252	-0.1487	-0.2829	0.0443	0.3052	0.1641	0.0506	0.1373	0.1329	-0.0154	0.0384	-0.0571	0.0837	0.1891	-0.2316	0.2996	2.2283	6.6435	7.1187
7	6.5754	-1.2169	0.9867	4.3356	-0.8886	0.942	0.1897	0.1561	-0.1805	0.1163	-0.0757	-0.0018	0.2513	0.2755	-0.114	0.1994	-0.0054	0.0894	0.1926	-0.1725	0.198	12.1947	-9.1466	-0.2209
8	5.1964	4.919	-5.8426	12.759	-9.7855	22.0142	-0.0108	0.1989	0.093	0.4747	0.363	0.3047	0.1391	-0.1222	-0.3522	0.0771	0.0534	-0.009	0.2784	-0.178	0.2022	13.8793	32.5933	49.0897
9	14.5877	-4.0007	1.3839	1.5444	0.5352	7.4085	-0.4703	-0.2179	-0.7032	0.1283	0.156	-0.171	0.2642	0.0357	0.3143	0.2902	-0.028	0.0713	0.201	-0.1159	0.5676	9.7431	36.1537	54.9576
10	5.2609	-2.5773	-2.6877	5.037	1.203	6.4171	-0.1771	-0.1951	-0.0257	0.383	0.2099	0.0205	0.1447	0.0523	-0.0328	0.1922	-0.017	0.0045	0.2955	-0.2456	0.219	7.7596	29.4849	46.0633
11	1.332	0.7294	-2.7449	10.8487	-7.9727	9.7579	-0.0633	-0.2187	-0.1576	-0.1448	-0.0627	0.19	0.3738	0.3914	0.1261	0.3049	-0.0102	-0.0009	0.4568	-0.231	0.5048	19.8009	28.3796	49.0955
12	1.178	-2.9887	-0.5251	8.6639	0.0901	1.7583	-0.0553	-0.1275	0.073	0.1219	0.1149	-0.2546	-0.0422	0.1967	-0.0597	0.2876	-0.0637	-0.0448	0.48	-0.0245	0.4457	23.8819	31.3111	46.9672
13	4.8403	1.4511	-1.7099	5.0375	0.1203	6.8981	-0.0219	0.2464	-0.1929	-0.0142	0.0558	0.1037	0.1096	0.0116	-0.0339	0.0799	-0.0297	0.0528	0.2011	-0.2418	0.3014	19.3708	-21.6337	-11.4643
14	8.091	0.6632	-0.4408	7.0418	-0.2495	0.0414	-0.216	-0.2198	-0.4182	0.2094	0.1866	-0.3026	-0.0306	0.0272	0.0294	0.1344	-0.0691	0.0583	0.22	-0.1965	0.2304	19.9376	-21.981	3.536
15	5.1227	-1.4738	-1.0998	4.3424	6.171	10.7803	0.0558	0.072	0.0662	0.5114	0.0357	-0.1967	1.1926	-0.3402	-0.0915	0.2283	-0.0249	-0.0446	0.2787	0.0209	0.3986	15.1591	-31.2415	0.1264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	52 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	79 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	120 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	150 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	51 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	62 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	71 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	121 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	134 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	50 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	107 - 140
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	141 - 154

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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