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- PDB-5nkn: Crystal structure of an Anticalin-colchicine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nkn
タイトルCrystal structure of an Anticalin-colchicine complex
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / colchicine / Lcn2 / lipocalin / NGAL / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LOC / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A. / Barkovskiy, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz-Zentrum Berlin ドイツ
引用ジャーナル: Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: An engineered lipocalin that tightly complexes the plant poison colchicine for use as antidote and in bioanalytical applications.
著者: Barkovskiy, M. / Ilyukhina, E. / Dauner, M. / Eichinger, A. / Skerra, A.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3422
ポリマ－19,9431
非ポリマー3991
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.680, 46.680, 136.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 19942.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188
#2: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.2 M (NH4)2SO4, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris/HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89429 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月29日 / 詳細: coated Si mirror
放射モノクロメーター: Si - 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.811→46.68 Å / Num. all: 8323 / Num. obs: 8323 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 85451
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.2-2.3290.411.90.1360.4330.4199.4
2.32-2.469.40.3352.30.1110.3530.335100
2.46-2.63100.243.20.0780.2530.24100
2.63-2.8410.50.1654.60.0530.1740.165100
2.84-3.1111.10.1067.10.0330.1110.106100
3.11-3.4811.30.0828.40.0250.0860.082100
3.48-4.0211.20.07780.0240.0810.077100
4.02-4.9210.90.078.80.0220.0730.07100
4.92-6.9610.50.04613.50.0150.0480.046100
6.96-46.688.70.02920.30.010.0310.02999.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.81 Å46.7 Å
Translation1.81 Å46.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DTQ

3dtq


解像度: 2.2→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 15.49 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.257
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 420 5.1 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.201 7858 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.6 Å2 / Biso mean: 36.407 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 29 36 1459
Biso mean--25.34 28.06 -
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9781986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97433179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4025171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50524.92869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35615247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.51155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02347
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 21 -
Rwork0.244 554 -
all-575 -
obs--98.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.843 Å / Origin y: 12.749 Å / Origin z: -13.133 Å
111213212223313233
T0.0585 Å20.0177 Å20.015 Å2-0.0348 Å2-0.0553 Å2--0.2815 Å2
L2.2299 °20.6316 °2-2.1459 °2-1.6113 °20.2487 °2--2.7168 °2
S0.2693 Å °0.0726 Å °-0.134 Å °-0.0468 Å °-0.1483 Å °-0.1237 Å °-0.3571 Å °-0.1238 Å °-0.1211 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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